Desde la década de 1520, los objetivos del Santo Oficio fueron ampliándose a los pequeños grupos de protestantes, eramistas y otras desviaciones de la ortodoxia. A partir de 1551, la Inquisición empezó a publicar su propio Índice de libros prohibidos, mucho más extenso que el aprobado por la Curia Romana. Esta actuación inquisitorial actuó como «cordón sanitario» de ideas heréticas y libró a los reinos españoles de los sangrientos conflictos religiosos que asolaron toda Europa en los siglos XVI y XVII.
En su «Apologie», Orange siente total indiferencia por los judíos, pero critica a la Inquisición por acosar a los protestantes españoles. Lo que Orange ignora, o quiere ignorar, es que este grupo fue minoritario
Precisamente fue a raíz de la propaganda escrita por un líder protestante, Guillermo de Orange, cuando la Inquisición española adquirió su fama de tribunal monstruoso. En su «Apologie», Orange siente total indiferencia por los judíos, pero critica a la Inquisición por acosar a los protestantes españoles. Lo que Orange ignora, o quiere ignorar, es que este grupo fue minoritario. Se ha calculado en 2.700 el número de protestantes perseguidos por la Inquisición española entre 1517 y 1648, de los cuales la mayoría eran franceses, británicos flamencos y alemanes.
De esa cifra, apunta el investigador protestante E. Schafer que las condenas en firme afectaron a 220, entre los cuales solo doce fueron quemados. Una cifra nimia en comparación con lo que estaba ocurriendo en países como Inglaterra o Francia, que vivieron auténticas guerras civiles entre católicos y protestantes durante casi dos siglos. En el entorno calvinista que se movía Orange ocurría otro tanto de lo mismo.
No obstante, Orange no fue el único en criticar la intolerancia que se vivía en España. Antes que él, John Foxe, un inglés exiliado en Holanda en tiempos de la católica María Tudor, escribió un libro ilustrado sobre la intolerancia a través de la historia, cuya parte dedicada al Santo Oficio estaba repleta de errores y de mentiras. Como muchos otros autores, Foxe cita a víctimas de la Inquisición creyendo que son protestantes, pero en realidad la mayoría eran judíos o mahometanas, los cuales suponían el grueso de los muertos en la hoguera.
5.000 muertos
Fue así la persecución protestante –mínima en España– la que llamó la atención en la Europa anglosajona sobre un tribunal encargado de juzgar un amplio grupo de «pecados». Los procesos afectaban a grupos tan distantes como los blasfemos, bígamos, heterodoxos, abusadores de menores, homosexuales e incluso falsificadores de moneda y plagiadores de libros. Según los estudios de Jaime Contreras y Gustav Henningsen, entre 1540 y 1700 el Santo Oficio persiguió a 49.000 personas (Joseph Pérez eleva el número total a 125.000 procesos durante sus 350 años en España) de los cuales el 27% fue procesado por blasfemias y palabras malsonantes; el 24%, por mahometismo; el 10%, por falsos conversos; el 8%, por luteranos; el 8%, por brujería y distintas supersticiones; y el resto por otros asuntos como la sodomía, la bigamia, la solicitud de los sacerdotes, etc.