朝中鄂敏为其女被降之事屡屡进言，引得皇帝烦躁，又逢瓜尔佳氏行事不检点，甄嬛借皇帝对玉娆的垂爱之情，让玉娆对皇帝透露甄家冤屈。皇帝将纯元皇后的一块玉佩赐给玉娆，欲纳玉娆为妾；另一边，玉娆与慎贝勒允禧日渐情深。瓜尔佳氏最终被惩治：鄂敏在狱中绝望自裁，家中成年男子斩首，未成年男子流放，妻女没为官奴；甄家终得平冤，甄嬛主动请皇帝不要给年迈的父亲过高的官职，皇帝遂封甄远道为四品典仪，乃是闲职。瓜尔佳·文鸳（祺贵人）逃出冷宫，先是吃了皇后的闭门羹，又向皇帝为家人求饶不得，又大骂甄嬛狐媚，在大雨中被苏培盛命令侍卫乱棍打死，拖去乱葬岗。皇后漠然对待瓜尔佳氏之死，陵容深感兔死狐悲。甄嬛指点欣贵人的阿玛调查刚被升为知府的陵容父亲安比槐受贿一事，果然通过瓜尔佳氏败落之事牵出安比槐受贿白银十万余两，陵容欲求情，却被皇帝拒绝，只好向皇后求救。皇后提点陵容，不必非要真怀孕也可得宠，陵容明白皇后的意思。甄嬛和玉隐为分散皇帝对玉娆的注意，安排了王府侍女采苹入宫侍寝，采苹即刻被皇帝封为“瑛答应”，并很快晋封为常在。太后身体健康每况愈下，为防止突发意外，决定提前留一道遗诏以保皇后后位。为成全玉娆和允禧，更担心一旦太后故去，必得守三年国丧，夜长梦多，甄嬛故意让皇帝看见二人两情相悦，皇帝拂袖而去。玉娆在皇帝面前以情动人，表明自己只肯为人正妻，不愿作他人之妾。皇帝不能为玉娆废后，又感她与允禧二人深情，只得退步。慎贝勒与玉娆终成眷属，慎贝勒生母熙太嫔晋为太妃，内务府按多罗郡主之礼为玉娆置办嫁妆，好不风光。

皇帝难得逗甄嬛多说几句话，却也奇怪为什么浣碧居然会拒绝皇帝的恩宠。甄嬛希望能铲除瓜尔佳氏一族，为家人和眉庄报仇，并愿意等待最佳时机。众人在圆明园牡丹台赏舞，浣碧事先在果郡王矜缨中动过手脚，故意洒酒弄湿果郡王衣衫，果郡王起身时小像从怀中掉出。恒亲王以为小像是甄嬛，叶澜依解围说小像可能是玉娆或者浣碧。皇帝认定小像不可能是玉娆，对甄嬛起了疑心。浣碧挺身承认小像是自己的，被当场赐婚与果郡王。果郡王表示早有心仪女子，却因故不能成亲，只能接受浣碧为侧福晋。甄嬛以酒醉遮掩悲伤。皇帝告诉果郡王，沛国公之女孟静娴爱慕其多年成病，都成了老姑娘，欲成全静娴同为果郡王侧福晋。允礼无奈接受，并请旨除浣碧、静娴外，自己终身不再另娶，还要浣碧入府主持家事。甄嬛为成全浣碧，力争使其成为自己义妹，成为果郡王侧福晋，其母牌位入甄氏祠堂。浣碧更名钮祜禄·玉隐，以钮祜禄家二小姐的身份如愿以偿嫁入果郡王府，她和生母的名字也能进入族谱，甄远道夫妇也因此得以与女儿相见，叶澜依却感叹果郡王不幸，娶的两个都不是自己爱的。甄嬛为玉隐准备了丰厚的嫁妆，不让她输给沛国公家。洞房花烛夜，果郡王喝得烂醉如泥，被背进玉隐的房间，静娴却感慨自己独守空房的日子才刚刚开始。

陵容故意叫侍女宝鹊引来眉庄，又以言语刺激温实初，温实初为求能留在眉庄身边，不惜自宫。即将临盆的眉庄眼见这一幕惨剧，气血逆转，导致难产，温实初被抬进产房助产，皇帝紧急晋封眉庄为惠妃，眉庄产下一女，取名静和，却出现血崩之状，死在温实初怀中。甄嬛痛不欲生。陵容表面自责，推出宝鹊做替死鬼。皇帝钟情玉娆，百般示好，玉娆却不予理睬，躲避皇帝。温实初伤心眉庄之死，将家传玉壶放入眉庄棺中，整日借酒浇愁，自请为眉庄守陵三年。甄嬛开始重用温实初的徒弟卫临。太后因眉庄之死迁怒陵容，并说皇后只是一时糊涂，方法欠妥，但绝非主谋，皇帝只得少见陵容。陵容独自祭拜眉庄，为甄嬛失去挚友露出邪恶的笑容。皇帝夸赞甄嬛协理六宫有方，宫中一个月的开销就节省了数千两银，甄嬛却吃醋说皇上多纳几个嫔妃进来，一万两都不够花，皇帝顺势开玩笑要纳浣碧为禧常在，浣碧大惊失色拒绝。

叶澜依暗中派阿绿通知浣碧、玉娆速请甘露寺其他尼姑来为甄嬛解围。唇战之时，皇帝闻讯赶来。慎贝勒允禧关键时刻赶来力证甄嬛清白，玉娆为甄嬛夜闯皇后宫中，引起皇帝注目。为求真相，皇后主张滴血认亲，皇帝执意执行。验血之时，皇后使计在水中做了手脚，甄嬛差点落入皇后圈套，幸而及时发现。叶澜依带尼姑莫言进宫佐证甄嬛与温实初清白，玢儿也力证二人并无私情，自己是被迫进宫作伪证的。滴血验亲无果，皇后心中有鬼，被迫拉出宫女绘春充当自己的挡箭牌。大殿之上，甄嬛毫不留情地揭发了祺贵人之父陷害自己父亲的实情，祺贵人见事已至此，为了遏制甄嬛，也为了保全家人，索性担下一切罪责，拒绝说出皇后是幕后主谋。皇帝迁怒皇后，命她在宫内养病，交出六宫大权。皇帝传旨：祺贵人扰乱宫闱，打入冷宫；康常在、贞嫔二人捕风捉影，以讹传讹，罚俸六个月。皇帝自觉委屈了甄嬛，任由她其余人等，甄嬛遂下令将斐雯、静白乱棍打死。祺贵人眼见实情败露，仍旧不依不饶。

陵容嗓子坏了，也失了宠，贞嫔、康常在也趁机跑来延禧宫贴符咒、撒符水，闹得天翻地覆，陵容想拿出主位的架子却也无济于事。皇后躲在暗处观察陵容的动向，对贞、康二人的刁难不予理睬。冬天严寒，连内务府送的炭都少了好多，贞、康二人又送来最劣质的炭，熏得延禧宫乌烟瘴气。袖手旁观的皇后终于出手，派剪秋赶到延禧宫处罚了贞、康二人的宫人，并送来了一大筐上好的炭和几条棉被，暗示陵容要想办法复宠。陵容为了复宠，开始节食并练习冰嬉舞，因抹了太医院调制的纤润膏，体力不支晕倒。甄嬛得知陵容不择手段欲与自己争宠，失望之下决意不再过问此事，但命人在宫中谈论汉朝赵飞燕用过的“息肌丸”，这种药可令身子迅速轻盈且不会损伤容貌，但会导致不育。一心想要速成的陵容听说后，主动找皇后去要，并毫不犹豫地用了，皇后暗自高兴。除夕，红梅丛中一穿着红衣、化妆成梅仙的陵容翩然而出，宛若“冰上飞燕”。皇帝如痴如醉，众人又惊又愕。陵容复宠。甄嬛小妹玉娆在宫中初遇慎贝勒允禧，两人一见钟情。槿汐被皇后调去教导新进宫的宫女，听说宝华殿来了一批外面的姑子，但也没来得及细问。果郡王旧病发作，又不幸坠马。甄嬛苦于不能探望，便成全浣碧去王府小住照顾。浣碧衣不解带，更对王府中人刻意周全，赢得满府赞许，果郡王康复，浣碧回宫伺候。景仁宫大殿上，祺贵人道出甄嬛与温实初私通，并让昔日甄家婢女玢儿（甄家败落后被卖给瓜尔佳府上为奴并嫁给管家陈四为妻）、永寿宫侍女斐雯以及甘露寺女尼静白出面举证，一石激起千层浪，宫中诸妃嫔议论纷纷：安嫔表面上袒护甄嬛，实则步步紧逼；端妃敬妃洞若观火，驳斥伪证；贞嫔康常在捕风捉影，处处嚼舌根。叶澜依借故回宫休息，并设计试探出静白是在说谎。

甄嬛产后复原，探知苏培盛与槿汐之事为敬妃出卖，遂对敬妃动之以情，晓之以理，答允将胧月长留敬妃身边；敬妃再次对甄嬛死心塌地，并与甄嬛联手对付皇后等人。皇后感叹，甄嬛因一对儿女保住一生荣华，已难以撼动她在皇帝心中的地位。甄嬛被正式册封为贵妃，后宫妃嫔朝贺，王公大臣们也送来贺礼，果郡王又一次别出心裁，将凝晖堂中的合欢皆送给甄嬛。叶澜依在御花园碰到甄嬛，假意邀请甄嬛、浣碧到自己的春禧殿小坐。途径一偏僻处，叶澜依突然抽出匕首抵住甄嬛脖颈，斥责甄嬛对果郡王的薄情。甄嬛告诉叶澜依自己对果郡王的真实感情，也知道叶氏对果郡王有情；叶氏识得甄嬛手腕上带着允礼送的珊瑚手钏，此物乃允礼至爱。叶氏明白允礼与甄嬛之间的深厚感情，放走甄嬛。甄嬛看出，叶澜依是个至情至性之人。甄嬛生下双生子，皇后倍感地位岌岌可危，找来陵容、祺贵人二人商量对付甄嬛的方法，岂料此二人早已水火不容，互相讥讽，皇后大怒，斥责二人没本事一致对外，倒有本事起内讧。祺贵人憎恨陵容身份地位却与自己争宠，如今连位分都爬到了自己上头，命人在陵容的汤药中下药，导致陵容失声。为博甄嬛红颜一笑，皇帝派人接甄嬛小妹玉娆进宫做伴，一别数年，玉娆已经出落得亭亭玉立，被安排住进了永寿宫的偏殿。

温实初发觉甄嬛所怀乃双生子，认为其腹大之事已可掩饰过去。甄嬛请求皇帝和太后先不要说出双生子之事。甄嬛腹大逾于常人，后宫流言顿起，皇后借他人之口暗示皇帝甄嬛腹中胎儿来历不明，但甄嬛早已料到皇后这一手，皇帝未与理睬，反而斥责了皇后。甄嬛则借机分清敌我，借皇帝之手大肆铲除异己。槿汐因被揭破与苏培盛之事大受打击，甄嬛极力劝解，槿汐终于振作。中秋家宴即将到来，甄嬛得知果郡王即将从盛京归来，悲喜难言。中秋宴席上，浣碧打扮得格外夺目，以期得到果郡王注目。甄嬛身体不适，提出去外面走走，与果郡王私下相见，甄嬛故意态度冷淡。叶澜依尾随在后，暗中听到二人对话，认为是甄嬛辜负了果郡王，因而憎恨甄嬛。回宫路上甄嬛被叶澜依暗算，以猫扑向其肚腹。甄嬛受惊吓难产，艰难之下痛苦诞下龙凤胎。皇帝喜获一双儿女，即刻下旨：永寿宫熹妃晋熹贵妃，于皇子满月之日同册嘉礼；熹贵妃出月后赐协理六宫之权。皇帝为龙子赐名弘曕，公主赐名灵犀。槿汐也被正式赐给苏培盛为妻，二人欣喜过望。甄嬛产后受凉咳嗽，原来是宫女斐雯忘关窗户，又辩解了几句，皇帝下旨掌嘴，斐雯自此怨恨甄嬛。剪秋遇到斐雯，见其脸上有被打过的痕迹，遂加以利用。

眉庄假意丢了镯子偶遇皇帝，重得恩幸。眉庄屡被宠幸，一朝声称有孕，太后大喜。眉庄有孕后身份尊贵，陵容为赢取太后好感百般讨好眉庄，更意图通过眉庄接近皇帝；眉庄假意见她，过后便称不适，众人更以为陵容不祥。皇后见甄嬛临产、眉庄有孕，自己更势单力薄，索性假称头风发作，对后宫诸事不闻不问。敬妃因过于疼爱胧月，对甄嬛回宫后亲近胧月的举动心生芥蒂。皇帝为使甄嬛开怀，一意孤行令胧月回到甄嬛身边，反而使胧月更加不愿接近生母，敬妃疼惜不已，为留住胧月在身边，只得向皇后求助。皇后看出敬妃心思，趁机挑拨离间。苏培盛与槿汐“对食”之事被敬妃揭发，皇后率端妃、敬妃至永寿宫搜查，搜出秽乱后宫的证物，二人被重责罚入慎刑司受苦。甄嬛眼见得心腹宫女被带走，深知皇后意图，求皇帝宽宥二人未果，不便出面再求，只得不顾有孕之身，亲自前往慎刑司，让槿汐珍重自身，并请端妃出面相助。端妃引经据典，建议皇帝将此事大事化小，最终苏、崔二人被释放，只被罚俸一年以示警告，二人感激主子的大恩大德，关系更加密切。皇帝看出二人彼此间有真心，遂不再过问。

甄嬛从苏培盛处得知，祺嫔和安嫔都是皇后亲信，但二人貌合神离，祺嫔肤浅张狂，更容易控制，也更被皇后器重，安嫔很是失意。甄嬛决定先扳倒祺嫔，让欣贵人好好配合。皇帝答应让甄远道痊愈后与甄嬛团聚，甄嬛舒心。皇帝与甄嬛探望自称生病的祺嫔，却发现她责打欣贵人的宫女佩儿；欣贵人频频暗示，皇帝终于动怒冷落祺嫔，以以下犯上等罪名降其为贵人，禁足蕉芦馆，欣贵人如愿成为储秀宫主位。祺贵人到皇后面前诉苦，反被皇后责骂；祺贵人憎恨陵容的讥讽，皇后一党开始内斗。皇帝命苏培盛请来钦天监副使季惟生观看天象，季惟生认为“危月燕冲月”已过，但有井木犴与鬼金羊二星发暗，为不祥之兆，暗示安嫔的命理不祥，与太后等人相冲，需以静修为宜。皇帝深信不疑，决定远离陵容，并晋升季惟生掌管钦天监正使一职。太后深感皇帝身边少贤妃，力劝眉庄侍寝。眉庄心中不愿，太后为使事成，令皇帝去看望眉庄，并让孙姑姑拿给眉庄一壶暖情酒，必要时服下。眉庄暗召温实初前来哄其喝下暖情酒，二人相好。皇帝因星象一事刻意疏远陵容。眉庄告诉温实初自己有了他的孩子，并恳求实初保住自己和孩子的命。

甄嬛发觉所经之路上的六棱石被人换成了长满牛毛藓的鹅卵石，心知遭人算计，而牛毛藓多附着在矮子松周围的石子上，不知到底是储秀宫的祺嫔还是欣贵人所为。甄嬛于是告知皇帝不适，皇帝大怒，命苏培盛彻查此事。温实初得知眉庄为救甄嬛手腕受伤，赶来救治时无意表露爱意，眉庄欣喜害羞。祺嫔分外嫉恨甄嬛，和欣贵人一起假意登门拜访，言语间不断冲撞，最后拂袖而去；甄嬛无意间发现祺嫔不能怀孕的秘密——她身上戴着的一串麝香珠乃是皇后所赐。甄嬛用矮子松试探欣贵人，欣贵人与祺嫔结怨已久，向甄嬛示好，依附甄嬛。甄嬛找来昔日的侍女佩儿，甄嬛离宫后佩儿被派去储秀宫欣贵人处，经常被主位祺嫔毒打，说祺嫔和欣贵人不合已久，又提到菊青死得蹊跷，疑似被安嫔毒死，甄嬛将计就计，命佩儿暗查祺嫔和欣贵人。陵容偶遇甄嬛，带着含有麝香的香囊接近甄嬛，意图使其小产，讨好之余不忘挑拨甄嬛与祺嫔的关系，暗示牛毛藓一事为祺嫔所为，甄嬛提防之余也觉得陵容的话有几分可信。祺嫔装病邀宠，把皇帝从欣贵人房中请走，惹得皇帝不快，欣贵人敢怒不敢言。甄嬛用糙米薏仁汤巧罚祺嫔，赢得太后赞许，在宫中树立了威望。祺嫔有苦难言，暗恨甄嬛。