敦亲王请求为已故的生母温僖贵妃加贵太妃尊号，年羹尧也在此时上表提及此事，皇帝知道二人勾结，勃然大怒，但认为还不是铲除二人的最佳时机。皇帝告知甄嬛往事，温僖贵妃与舒妃争宠败落，为先帝所厌弃。甄嬛请封诸位太妃与敦亲王生母并立，更顾全果郡王生母颜面，同时为太后尊崇徽号。为安抚年氏一族，甄嬛亲自请求皇帝复华妃位份，并决意委曲求全。皇后得知甄嬛干涉朝政，劝诫皇帝小心为妙；皇帝却认为敦亲王等事乃家事，对甄嬛表示信任。年妃复宠，年羹尧进宫朝见，偶遇甄嬛，目中无人的年羹尧自然不会把一个小小的莞嫔放在眼里，放话绝不与陷害年家之人善罢甘休。皇后见甄嬛势力日益强大，焦虑不安。皇帝采用甄嬛意见，恢复年世兰“华妃”的封号；但华妃此时却已如惊弓之鸟般患得患失。皇帝找来甄远道，告知他暗中协助自己搜集年羹尧的罪状，并建议他入宫看望女儿，甄远道为避嫌疑，婉拒了皇帝的提议。皇帝向太后说起晋封太妃一事甄嬛出力不少，太后提醒皇帝后宫嫔妃不得干政，并告诫皇帝对待六宫要雨露均沾，以免引起不必要的麻烦。眉庄从太后口中得知是甄嬛建议皇帝复华妃之位的，十分恼怒，不再理会甄嬛。

陵容讨好甄嬛遇冷。皇后警告陵容要与甄嬛和好，才能安身立命。甄嬛以“人彘”之事逼疯富察贵人，同时威慑齐妃和曹贵人；曹贵人迫于甄嬛的压力，暂时向其低头，把年妃收受宫外贿赂之事告知甄嬛。富察贵人疯了，甄嬛暗示太医不必好好医治，皇帝下令将富察封在宫里，不许出来。齐妃猜到富察贵人之事为甄嬛所为，主动前往碎玉轩赔礼，甄嬛闭门不见，但还是原谅了齐妃。敦亲王允䄉劳军归来戎装进殿，御史张霖弹劾其大不敬之罪，下朝路上被敦亲王报复打昏，引起文臣激愤；敦亲王称病拒绝上朝，皇帝为难。甄嬛向皇帝提议借福晋之手劝敦亲王上门道歉，并自请前往说服福晋相助。皇帝根据甄嬛的的提议，安抚敦亲王，加封其子弘暄为贝子，女儿为和硕恭定公主，并由太后抚养其女儿以作人质。福晋明知女儿是被扣为人质，却也无可奈何。敦亲王不解内情，在福晋劝服下勉强道歉。甄嬛以茶叶之事告知皇帝，宫中贡品都是先入年羹尧与敦亲王府邸，剩余的才送入宫中，建议皇帝不必动怒，而将此事刻意宣扬出去，使年羹尧和敦亲王等人失尽人心。皇帝欣赏甄嬛政治才能，允许她单独与自己商议政事。

甄嬛在众人的协助下，引来前往倚梅园祈福的皇帝；皇帝眼见蝴蝶围绕甄嬛纷纷飞舞，美不胜收，即刻为其倾倒，甄嬛得宠翻身，皇后、陵容、齐妃、富察贵人各怀鬼胎，心神不宁。甄嬛欲擒故纵，连续多日借口拒绝皇帝宠幸，却反而更加得到皇帝的眷顾。皇帝拿她无计可施，便找来果郡王商议，不料尚未娶妻的果郡王一语道破皇帝的心意，皇帝内心宽解，果郡王却十分落寞。准噶尔使者入宫求亲，且必须是皇室嫡亲公主，皇帝认定“攘外须得安内”，将先帝幼女朝瑰公主封为固伦公主，嫁给准噶尔英格可汗；甄嬛向皇后提议曹贵人细心，适宜协助公主准备嫁妆。皇后见皇帝对甄嬛言听计从，甚为担忧，却苦无良策应对。曹贵人眼见痛不欲生的朝瑰公主和她同样是贵人出身的生母，兔死狐悲，心惊不已。英格可汗娶得朝瑰为妻，不料数月后便暴毙，公主按当地习俗下嫁给老可汗之子即新任可汗为妾。甄嬛转述公主近况，以温宜前途撼动曹贵人。甄嬛为了家族前途，终于同意皇帝夜宿碎玉轩。

甄嬛失宠卧病，备感凄凉，唯得敬妃与眉庄二人照料。眉庄认为甄嬛虽对皇帝失望，却做不到无情。皇后眼见年妃甄嬛两人都已失宠，陵容又在自己掌控之中，异常得意。敦亲王福晋怜悯甄嬛，独自前来探望；此举犹如雪中送炭，让甄嬛倍感意外。入夜，甄嬛遥闻屋外有人以笛声吹奏《长相思》，寻声而去却是果郡王；二人感叹世事多变，彼此慰藉。甄嬛虽感知果郡王情意，却碍于身份，告诫浣碧不要与果郡王过分接近。眉庄为使甄嬛振作，带她去冷宫看失子失宠的芳贵人和疯了的丽嫔，以二人之遭遇为前车之鉴，提醒甄嬛为家族兴衰和自我生存做好长远打算。长街上，落寞的甄嬛撞倒齐妃，富察贵人煽风点火，说甄嬛的孩子冲了富察的孩子，还害得齐妃失去了三阿哥，如今失子失宠实属咎由自取。齐妃在富察贵人调唆下命失势的甄嬛跪于长街，并让宫女翠果掌掴其脸面。甄嬛终于认清眼前残酷的现实，为了重获皇帝的喜欢，要浣碧等人在冬天找来蝴蝶，众人却疑心甄嬛疯癫。浣碧只得求助果郡王，果郡王愿意满足甄嬛的一切要求，为她从昌平温泉寻来蝴蝶。

陵容一朝得宠，炙手可热，不仅被封为贵人，更得御赐金缕衣。在皇帝面前，陵容不忘以歌声和柔顺讨好皇帝，并时时为皇后说好话。众妃嫔欲与陵容争宠，却被皇后相继弹压，陵容感激之余，也发现自己被众人孤立，只得更加依附皇后。富察贵人借机挑拨陵容与甄嬛的关系，陵容出面解围，讥讽富察；甄嬛对陵容争宠一事心存芥蒂，陵容潸然泪下，道出自己受制于人的苦衷，甄嬛被其假象所蒙蔽。眉庄在宫中长街偶遇皇帝，劝说皇帝探视甄嬛，皇帝犹豫再三，前往碎玉轩。甄嬛伤心过度不能自拔，含泪睡去；皇帝看见以为甄嬛仍深怨自己，伤感愧疚之下再不踏足碎玉轩，甄嬛完全失宠。甄嬛与槿汐前往延庆殿探望端妃，端妃备受年妃多年迫害，连身边的宫女太监都敢欺负她（甄嬛之前的掌事太监康禄海就曾经伺候过端妃），她只得遣散了大部分宫人，只留下一个宫女吉祥，感叹其遭遇，请来温实初尽力救治端妃，端妃洞若观火，认为年妃的确是想压制一下甄嬛的锐气，但绝不希望甄嬛在她主持后宫期间出事，甄嬛小产未必是她的责任。陵容颇得皇帝欢心，浣碧看后不满，语出讥讽；陵容表面并不在意，内心却更恨甄嬛。

温实初给甄嬛诊脉，察觉她体内有用过少量麝香的症状，甄嬛让流朱去内务府取来年妃宫里的欢宜香。陵容熟识各类香料，闻出其中麝香的成分，也借机撇清了自己。温实初恨自己无力，不能让心爱的甄嬛免受今日之苦。不料此话却被前来探望甄嬛的眉庄听到，眉庄大惊失色，强忍悲伤黯然离去。皇帝前来探望甄嬛，甄嬛仍旧对欢宜香一事耿耿于怀，两人心生隔阂，皇帝拂袖离去。为宽解皇帝连失两子的抑郁，皇后安排宫中宴饮，并找来乐师调教陵容唱歌。甄嬛失子后日日身着素服，不施脂粉，以泪洗面，皇帝自责不已，躲避甄嬛。宫中大宴，众妃花样百出，竭尽全力亦无法使皇帝高兴。皇后故意让甄嬛看见妃嫔的媚态，让她以为皇帝早已喜新厌旧。即便如此，皇后仍察觉甄嬛失子亦无法动摇其在皇帝心中的地位，无奈只得使出杀手锏。宴饮之上，一蒙面女子若仙女般荡舟而出，靡靡之音令皇帝倾倒，此人正是陵容。年妃欲见皇帝而不能，正巧看到陵容得宠，气得回宫大发雷霆。温宜哭闹声引起年妃恼怒，疯癫般地抢夺温宜；曹贵人反抗不得，恨之入骨。

甄嬛久跪小产，皇帝与皇后闻讯策马赶回宫中。甄嬛失子，皇帝自责不已，皇后假意安慰。华贵妃得知甄嬛小产，虽自认为无责，但在曹贵人劝说下只得脱簪请罪。皇帝大怒，废其贵妃之位，褫夺封号，降为妃位，并责罚其每日正午跪于翊坤宫门外两个时辰思过。皇帝顾及朝政与年羹尧的势力，不能依甄嬛所愿杀掉年妃，甄嬛心灰意冷。年妃在烈日下罚跪思过，又自觉委屈，体力不支晕倒。年羹尧得知妹妹失宠后上书谏言，向皇帝直言冷落妹妹会使年氏一族寒心，令其地位不稳。皇帝处于两难境地，找来果郡王探其口风，果郡王以“不在其位，不谋其政”为由推脱，消除了皇帝的疑心。甄嬛沉浸在失子之痛中，不能自拔，槿汐劝慰，甄嬛埋怨皇帝的言语被前来探望的皇帝听到，止步不前。皇帝心中郁结，来到太后处，诉说是自己当年赐给年妃的欢宜香导致甄嬛流产的，自责不已，太后宽慰皇帝。

齐妃祈求皇后宽恕，皇后借机夺取抚养三阿哥的权力。齐妃无奈授人以柄，只得听命于皇后，又深恨甄嬛让自己失去了儿子。槿汐感觉此事有诈，告诫甄嬛要留意陵容，甄嬛却不以为然。皇后与皇帝离宫祈福，华贵妃独掌六宫，大权在握。甄嬛有孕在身，体弱不适，华贵妃令太监周宁海前去碎玉轩请甄嬛到翊坤宫听事；甄嬛自知此行凶多吉少，为了避免与华贵妃发生冲突，以大局为重，只得前往。华贵妃借口甄嬛怀有身孕恃宠而骄，责罚其烈日之下跪于宫外诵读《女诫》，眉庄挺身而出保护甄嬛，被责罚一同下跪；陵容假意口头哀求，言语更加冒犯华贵妃。浣碧在一边焦急万分，连忙赶去太后宫中报信，奈何太后病重不能见人，只得求助于进宫看望太后的果郡王。烈日炎炎下，甄嬛体力不支晕倒在地；果郡王不顾禁忌，擅闯翊坤宫救出甄嬛。华贵妃发觉甄嬛下跪处有血迹，大吃一惊。果郡王抱甄嬛回到碎玉轩，手中全是血，甄嬛似有小产迹象。苏培盛赶赴天坛告知皇帝甄嬛出事了。

西南战事大胜，年氏一族风光无限，皇帝更是另眼相看，答应晋华妃位份。华妃意在后位，咄咄逼人使皇后在众妃面前颜面扫尽。皇后探知皇帝一时不会对付年氏一族，只得自己加紧谋划。内务府预先备下皇贵妃服制送与华妃试探其态度，华妃不疑有诈，欣然收下。皇帝闻风不悦。年羹尧以军功自傲压制朝中文官，兴建王府穷奢极欲。年羹尧夫人发病，年羹尧命人强行请走宫中所有御医为爱妻诊治；皇后深夜头风病发，却找不到一个御医，皇帝闻讯大怒。次日百官闻风谏言，皇帝却一味宽纵，更出言安慰年羹尧。年羹尧更加骄纵，百般压制甄远道。甄嬛夜读《郑伯克段于鄢》试探皇帝心意。翌日，华妃满心欢喜等候晋升，却得知皇帝仅晋封自己为贵妃，而非位同副后的皇贵妃，华妃这时才意识到自己太过心急。皇后以甄嬛腹中胎儿之事点醒齐妃，齐妃感受到空前的威胁。陵容偶遇落寞的齐妃，暗示齐妃孕妇忌讳夹竹桃。护子心切的齐妃正中陵容的圈套，亲自做了掺有夹竹桃汁液的栗子糕叫人送给甄嬛，被陵容当场假意揭穿，但建议甄嬛不要禀告皇上，因为齐妃不得宠，被赐死了也没有大碍，但她的儿子三阿哥弘时却是实际上的皇长子，万一日后登基，势必为额娘报仇，所以最好是禀告皇后。皇后急召齐妃，令她下跪自首。

皇帝来见眉庄，见眉庄仍有心结且态度冷淡，皇帝讨个没趣，去探望甄嬛。甄嬛装睡，被皇帝察觉。皇帝发觉甄嬛的伤痕已经淡了许多，感叹甄嬛美貌世间无双。皇帝提到江慎、江诚两位太医收受宫女太监贿赂，毫无医德可言，甄嬛借机举荐温实初，并告知皇帝治疗时疫的方子乃二江窃取而来，皇帝起了杀意，派手下血滴子暗中除掉二江。华妃得知此事替二江向皇帝抱屈，皇帝表示定会厚葬两人，捉拿凶手。皇帝为甄嬛绘制“姣梨妆”，皇宫内外盛行。甄嬛生辰之际皇帝大摆宴席，引来众妃嫉妒。果郡王真心一片，别出心裁，用满湖盛开的莲花博得甄嬛一笑；席间更吹奏《凤凰于飞》之曲，表达皇帝与甄嬛夫妻恩爱、和鸣铿锵之意。华妃听闻淳儿即将获封贵人，心生杀机；曹贵人暗叹华妃不分主次，自乱阵脚。淳儿捡拾风筝时无意撞见华妃收取官员贿赂，曹贵人使计令淳儿暴露，华妃派周宁海杀人灭口。曹贵人报信于甄嬛，为自己谋得后路。甄嬛听说淳儿熟识水性，不可能失足溺水，便知其死因蹊跷，决意报仇。