端妃权衡皇后与华妃两股势力后，夜访甄嬛，对其点明利害并结成同盟。华妃得知甄嬛有孕，惊怒交加，怨恨端妃当年骗她喝下滑胎药致使不能再孕，对端妃羞辱报复不止，端妃实为替皇帝和太后背黑锅，意在阻止华妃生下有年家血统的自私，遂不卑不亢，正色以对，华妃拂袖而去，命内务府加倍苛待端妃。华妃怀疑身边的御医不可靠，请来哥哥年羹尧为自己举荐贴心可靠的大夫。曾在年羹尧军中效力的名医陈大夫前来为华妃诊脉，太后身边的孙姑姑旁敲侧击，让陈大夫明白华妃无法怀孕的缘由；陈大夫在华妃面前不敢吐露半句口风，与宫中其他太医一样选择沉默，反而说华妃还能怀上皇嗣，并开了坐胎药的方子，华妃大喜并赏赐陈大夫大笔金银。皇帝回宫，得知甄嬛有孕，大喜过望，封甄嬛为莞嫔。皇帝感叹自己膝下子嗣炎凉，嘱咐皇后好生照顾甄嬛，不得伤害，皇后胆战心惊。陵容赠甄嬛一瓶家传的舒痕胶，告知此药去疤效果极好。而陵容却在此药膏内放入大量的麝香，孕妇长久使用必将伤及腹中胎儿；甄嬛懵然不知，仍视陵容为真心姐妹。甄嬛被正式册封为莞嫔，与敬妃同日行册封礼，在宫中地位与日俱增。

江太医给华妃诊脉，华妃询问自己何时才能怀孕。江太医深知华妃无孕的缘由，但也只能三缄其口。甄父最终被贬为都察院御史，位降几级，甄嬛为父担忧。眉庄身体好转，温实初前来诊脉；眉庄偶然发觉所用茶碗被人更换，怀疑遭华妃等人陷害染疾，只是时过境迁，此时根本无力搬倒华妃。富察贵人有孕，恃宠生娇，皇后格外照顾，更提议皇帝厚待富察，引华妃嫉恨。齐妃送给皇后一只大猫，名叫松子，皇后十分喜欢，私下告诉陵容，松子处在发情期，喜欢扑东西。皇后邀嫔妃们赏花，陵容利用富察所用香粉招致松子性情大发，扑向富察肚子。甄嬛此刻被人暗中推倒，险些撞倒富察；甄嬛为救富察，自己倒地，脖颈被猫爪抓破。皇后命太医为富察和甄嬛诊疗，富察受惊后不幸小产。另一边，太医诊脉后得知甄嬛已经怀孕，太后和皇后大喜，华妃却恼怒异常。眉庄和甄嬛分析富察流产之事并非意外，而是人为，要甄嬛倍加小心。端妃路过花园，捡到了香粉盒，交给了太后，太后命人把惹祸的猫抓来，用香粉引得猫发狂，暗示皇后此事与她有关，皇后大惊；太后表示此事关乎皇家血脉，命皇后必须保住甄嬛腹中皇嗣。

苏培盛欲传旨责罚华妃，陵容指使宫女，提前把消息透露给华妃。华妃焦急无奈，曹贵人提议以治愈时疫的药方夺回宠爱。华妃找来江太医，窃取了温实初研制了一半的药方献给皇帝。这药方虽存有不足，却暂时控制了疫情的发展。华妃功大于过，皇帝龙颜大悦，即刻下令恢复了华妃协理六宫之权，但同时下旨晋封华妃的老对头敬嫔为妃，作为华妃的辅助。甄嬛愈感力不从心，皇后也甚为忧虑。甄嬛看望眉庄时遇到温实初，眉庄看出实初对甄嬛仍存有超乎寻常的关心，心中怅然若失。华妃联合哥哥年羹尧，让直隶总督赵之垣弹劾甄嬛父亲甄远道是不敬之功臣，违背圣意。皇帝找来甄嬛在养心殿商谈甄父事宜，甄嬛明知此事有鬼，只于言语间点到为止，焦急中自叹能力有限。陵容此刻却应诏于殿外等候皇帝，皇帝以心烦为由打发陵容独自回去。陵容误以为甄嬛在背后作梗，对其怨恨进一步加深。是日，皇帝翻了陵容的牌子。陵容满心欢喜，精心打扮准备侍寝。未承想皇帝因惦念甄嬛心切，再次改变主意去了碎玉轩，陵容因此遭到富察贵人及宫人的耻笑。陵容认定甄嬛必是与自己争宠，伤心欲绝，姐妹情谊出现裂隙。皇后恰逢时机地安慰落寞的陵容，无助的陵容更加靠拢皇后。

甄嬛得太后信任，窥见皇后并不得太后欢喜，又被皇帝冷落，每日靠习字打发时间。太后喜爱甄嬛，着意调教，令其习书法抄经文，沉稳心性。富察贵人借怀孕恃宠而骄，得罪了甄嬛、华妃等人。曹贵人本想挑起华妃与甄嬛之间的争执，却反被甄嬛利用。初春之际，宫中时疫发作，宫女太监不断染病而死，人人自危。皇后要求华妃等人清扫各自宫苑。歹毒的华妃指使周宁海把时疫宫人用过的器皿赠与禁足中的眉庄，眉庄染疾。甄嬛欲求皇帝救助眉庄，皇帝却为京城百姓安危和朝政烦心，无暇接见。甄嬛求助温实初照料眉庄，实初为守承诺，冒险照拂病重的眉庄，眉庄感动。温实初为助甄嬛巩固地位，苦寻治疗时疫的良方。甄嬛派出的人找到陷害眉庄的太医刘畚，刘畚亲口承认华妃为幕后主使。皇帝疑心刘畚是甄嬛有意安排的，甄嬛感到心寒。皇帝宽恕眉庄，解除其禁令，恢复惠贵人位号，并降华妃为年嫔。

年羹尧进宫面圣，见果郡王却不起身行礼，性情豁达的果郡王不以为意。皇上对年羹尧甚为器重，朝廷委任官员悉听他的主意；年羹尧居功自傲，不知收敛，皇帝略表不满。皇帝与甄嬛讨论朝政朋党之事，甄嬛博古通今，又深知前朝后宫俱为一体，不扳倒年羹尧就不能扳倒华妃，甚得皇上心意。陵容精心绣了件寝衣送给皇帝，却看见皇帝贴身穿着甄嬛绣制的寝衣，心中狐疑，认为甄嬛意在与自己争宠。皇后察觉，挑拨陵容与甄嬛的关系。翌日，几个姐妹们聊天时，陵容从毫无心机的淳儿口中得知皇帝根本没把自己赠送的寝衣当回事儿，黯然离去。甄嬛为淳儿向陵容道歉，差人送去玉钗一双，陵容误会甄嬛此举是有意向自己炫富。与此同时，皇帝更加宠爱淳儿，陵容备受冷落，皇后告诉陵容，甄嬛其实一直在利用她。陵容找茬责骂菊青，菊青在无人处流泪，路过的槿汐好言宽慰，被宝鹃撞见，告诉了陵容，陵容更加相信菊青是甄嬛的奸细。

甄嬛与陵容同时受到华妃的戏谑和侮辱。陵容回到住处委屈流泪，甄嬛劝其忍字当头。陵容敬畏皇后，赢得其好感。皇后在陵容身上看到自己百般忍耐的影子，更加欣赏陵容。华妃在宫中不断挑起纷争，皇帝虽感厌恶却碍于局势不予理睬。甄嬛陪皇帝赏雪练字，淳常在捧梅花而入，引得皇帝注目。淳儿言语天真，十分得皇帝宠幸。陵容本就自卑，又见皇帝赠给甄嬛的蜀锦玉鞋，心生妒忌。淳儿得宠，言语天真，无意间得罪了陵容；陵容心胸狭窄，认定淳儿是仗着甄嬛之势故意欺凌自己。皇后听说陵容身体不适，假意探访，却发现陵容藏于枕下的秘密——一个身上扎满银针的小人偶！皇后斥责陵容不应背后诅咒华妃，陵容担心此举被皇后告发，皇后却借机拉拢陵容。陵容掌掴自己的侍女宝鹃，怀疑是她告密，宝鹃大呼冤枉，并说可能是莞贵人送来的菊青出卖的。

皇帝有意遏制华妃，平衡后宫势力，故将蜀锦制成玉鞋赠与甄嬛。果郡王离京游蜀，亲手绘制夕颜花图案蜀锦，期待来日有机会赠与心上人。华妃得到皇帝赏赐的蜀锦十分高兴，却听说上面绘制的是寓意不祥的夕颜花，大发雷霆，把蜀锦全都赏给了甄嬛。华妃穿着素净给太后请安，将皇帝赏赐甄嬛蜀锦玉鞋一事告诉太后，言语间醋意大发。太后为社稷之长久考虑，命人把自己头上戴着的凤穿步摇赠与华妃已表安慰。送走华妃后，太后请来皇帝，侧面告诫皇帝对待后宫佳丽需雨露均沾，更强调了华妃的地位，皇帝心知肚明。年羹尧平定西陲，还朝请安。庆功席上他自恃是朝廷的功臣，霸气十足，字里行间渗透着不屑，在皇帝面前更加肆无忌惮，根本没把皇帝放在眼里，甚至要求苏培盛给自己斟酒夹菜；皇帝强忍不满，表面应和。华妃对哥哥的跋扈表示担心，年羹尧却不以为意。皇后得知年氏家族的强大势力，不禁黯然神伤。华妃忌讳皇帝对陵容的赏识，特意设局请陵容为其吟曲，甄嬛陪陵容同行。

甄嬛暗中派人告知皇帝风波始末，皇帝盛怒之下斥责华妃，夺回其对温宜的抚养权，将公主归还曹贵人。华妃大怒，对甄嬛放出狠话。事态平息，众人离去，甄嬛借机夜探眉庄。眉庄失宠孤苦，对皇帝的绝情失望至极。甄嬛回宫时惊动侍卫，恰巧果郡王在旁协助其避过盘查。甄嬛发现自己的小像被果郡王所得，心怀感激的同时却刻意避开果郡王的情意。浣碧身上蜜合香的气味使甄嬛更加确定她与曹贵人勾结。甄嬛夜审浣碧，告诉她自己就是她同父异母的亲姐姐，并念及多年姐妹之情，对此前发生的事情不予追求。甄嬛答应浣碧，一定为其求得所想一切，浣碧知错，感激涕零。夏末秋初，圣驾回宫，落魄的眉庄被送回存菊堂继续禁足。存菊堂物是人非，眉庄心中无限凄凉。回到紫禁城的第一晚，皇帝按规矩应宿在皇后宫中；皇帝却思念甄嬛，命人送去同心结一枚。皇后此时突然意识到甄嬛来日的威胁会比华妃更大，紧紧搂住皇帝不放。

华妃为防皇帝起疑殃及自身，指使御膳房的太监小唐出面顶罪。皇后认定此事乃是华妃所为，望皇帝不要顾念旧情，严惩华妃；皇帝心知肚明，却碍于年羹尧之势，下令杖杀小唐灭口，草率平息此事。西北战事告捷，皇帝急欲恢复华妃协理六宫之权。甄嬛以稳固朝政为由出面劝阻，皇帝答应暂缓处理此事。浣碧精心打扮欲引起皇帝注意却弄巧成拙。甄嬛无力阻止年氏家族强盛之势，又察觉浣碧渐生叛离之心，深感腹背受敌。甄嬛疑心木薯粉一事乃浣碧暗中勾结曹贵人所为，遂以胭脂水粉和蜜合香相送试探曹琴默。曹琴默暗防甄嬛，丢掉所有礼物，唯独留下了蜜合香。华妃获知兄长年羹尧凯旋还朝后，满以为皇帝会恢复自己的权位，却得知甄嬛于背后劝阻皇帝另其复位之事搁浅，华妃大发雷霆。甄嬛刻意让槿汐在宫中散布自己将要探望被禁足的眉庄的消息。她假扮浣碧出宫，特意命浣碧留守宫中。浣碧不知是计，偷偷向曹贵人通风报信。曹贵人怂恿华妃即刻搜查眉庄寝宫，在闲月阁门口与芳若对峙，却一无所获。

宫中夜宴，甄嬛触景生情悄然离席，却在桐花台与果郡王不期而遇。允礼向其道出生母舒太妃身世，尽露哀怨之情，感叹世态炎凉；甄嬛新生好感，婉转相劝，令允礼舒缓心结。甄嬛返回宴席，宫女报知曹贵人女儿温宜公主吐奶，帝后等人颇感意外。华妃发觉皇帝格外爱惜温宜公主，于是心生一计，命曹贵人抱来温宜由她抚养，一方面为争宠，并彰显自己的贤德；另一方面好方便其进一步控制、打压曹贵人。眼见女儿受苦，曹琴默有苦难言，暗恨华妃。温宜病势加重，皇帝担忧不已，日夜守在华妃宫中。太医疑心温宜食物伤胃，查出孩子所食的马蹄羹被人换成了木薯粉，甄嬛继而被人怀疑下毒。皇帝责问甄嬛夜宴当晚离席良久是否有人可为其作证；甄嬛知宫规森严，若说与果郡王在一起则罪行更重；危急关头，久病的端妃出面为甄嬛作证，化险为夷。皇帝虽有疑惑，但为平众议，让皇后全权处理，皇后下令责打公主的乳母和侍女。此番事后，曹贵人心疼女儿被华妃利用，心生叛意。