眉庄失宠，处境凄凉。甄嬛暗中求助于芳若，忆及自己与眉庄多年的情意，并跪求芳若照应失宠的姐妹。宫中新到螺子黛，皇帝独独赏赐了皇后、华妃与甄嬛；华妃深感地位岌岌可危，痛恨甄嬛。而甄嬛将一部分螺子黛转送给了芳若，皇帝见芳若描眉所用为螺子黛，明白甄嬛的心意。华妃一心要除甄嬛，费尽心机却只除掉了沈眉庄，斥责曹贵人不尽心尽力，曹贵人深知此事之难却又不敢申辩。甄嬛探访陵容，从绢子上发现对方有争宠之心，于是顺水推舟劝其接近皇上。陵容以一曲《金缕衣》引来皇帝侧目，华妃心生憎恨。皇后察觉到陵容心生不安，欲将其据为己有。甄嬛眼见陵容伴皇帝而去，心生伤感。陵容凭歌声擅宠，一时风光无限，昔日对其欺凌之人纷纷奉承；陵容陶醉于权势之余，亦感念甄嬛的扶持。皇后对陵容的谦虚态度颇有好感，让剪秋多加照顾。陵容晋封为常在，自信心倍增，把皇帝赏赐的衣料尽数赠与甄嬛；浣碧不满陵容所为，觉得自己容貌等条件丝毫不逊于她，更使脸色给陵容看。此举平添了甄嬛与陵容之间的嫌隙。

甄嬛与皇帝夜访眉庄，华妃不敌甄嬛盛宠，只得退让。眉庄遭人陷害，被宫女茯苓当众揭破假孕真相。太医院院判章弥前来诊脉，查出眉庄并无身孕。皇帝勃然大怒，下令幽禁眉庄于闲月阁，褫夺封号，降为答应。茯苓惨遭灭口，死无对证；太医刘畚被人收买，携赏银躲过追杀，连夜出逃，侥幸逃脱。甄嬛明知此事乃华妃、曹贵人等人一手策划，却苦于无计可施，爱莫能助，只得通知父亲找人活捉刘畚，方能为眉庄洗清冤屈。眉庄获罪一事恰逢前朝西北战事告急，甄嬛急于求见皇帝为眉庄洗冤，却遭到华妃阻挡。皇帝在屋内隔窗相望，心生怜悯；而屋内的曹贵人趁机挑起皇帝更多疑心。敬嫔探访眉庄时意外发现其食物遭人投毒，眉庄生还渺茫。皇帝探望甄嬛，离开甄嬛寝宫时，看到摆在宫门前的残败花朵，知道必是内务府刁难，当即责罚了内务府总管黄规全；皇后顺水推舟，借机将黄规全撤换。岂料此事出在甄嬛宫中，黄规全乃是华妃远亲，华妃对甄嬛恨之入骨。

甄嬛一舞艳惊四座，更得圣宠。岂料华妃早有准备，借《楼东赋》婉转复宠。人人都以为皇帝怜悯华妃是二人情深意浓，甄嬛却何尝不知，皇帝此举意在利用年氏一族协助自己来稳固大清的江山。华妃复宠后，皇帝为顾朝政不免冷落了甄嬛，甄嬛颇识大体，深得皇帝赏识。雷雨之夜，甄嬛受惊吓睡不着，皇帝赶去陪着。皇后听闻此事，想起自己的儿子大阿哥弘晖去世当天也是这般情景，头风发作。安陵容父亲随军护送西北银粮遭劫丢了银粮，被皇上降旨关押入狱。陵容孤苦无助，祈求甄嬛、眉庄相助。甄、沈二人因位卑不敢干政且能力有限，未能救出安父。陵容权衡利弊之后选择投靠皇后。华妃听闻安比槐之事，即刻说服皇帝将其处死；皇后态度则与华妃相左。皇帝找来甄嬛商议此事，甄嬛借古喻今，皇帝最终宽恕了安比槐。岂料，皇后身边的掌事宫女剪秋一早将宽恕之事告知陵容，让陵容误认为此事是皇后起的作用。陵容感激皇后之余，不免重新权衡自己与眉庄、甄嬛之间的关系，认定皇后才是自己在宫里最可依靠的。夏日炎炎，甄嬛与皇帝耳鬓厮磨。浣碧故意打扮得花枝招展，意图惹皇帝注意；岂料她的小心思早已被甄嬛看出端倪。

皇帝欲晋眉庄为嫔，皇后建议待眉庄生产后再为其晋封，皇帝称赞皇后顾虑周全；眉庄因其贤惠得体，获赐“惠贵人”封号。眉庄有孕不方便侍寝，唯恐甄嬛落单，又怜悯陵容孤苦，便接她来行宫避暑。陵容眼见眉庄与甄嬛得势，心中失落异常。甄嬛和陵容偶遇四阿哥弘历，四阿哥是皇帝做亲王时与宫女李金桂意外所生，彼时九龙夺嫡，皇帝因此被先帝训斥，四阿哥也因此被迁怒冷落，一直被养在圆明园，身边只有乳母伺候，几乎没有机会见到皇阿玛。甄嬛怜惜他，教导他要自立自强。温宜公主周岁生辰之际，后宫大宴，生母曹贵人与怀孕的眉庄大受奉承，久病在床甚少露面的端妃也出席贺宴，十分疼爱温宜，并对甄嬛产生好感。甄嬛离席更衣时在水边浣足取乐，偶遇果郡王；果郡王知道她便是小像上的人，心中倾慕，甄嬛却嫌其放荡不羁，态度冷淡。回到宴席后，曹贵人故意施计让甄嬛当众作已故纯元皇后生前擅长的惊鸿舞，欲以大不敬之罪令甄嬛失宠。甄嬛急中生智，与眉庄、陵容三人歌、舞、琴相和，博得皇帝赏识；而在场的其他人却各怀鬼胎，纷纷指责甄嬛舞姿有模仿纯元之嫌，毫无新意可言。正当甄嬛一筹莫展时，果郡王吹奏笛子入席，以悠扬的笛声助甄嬛一臂之力；甄嬛灵感突发，翩翩起舞，皇帝为其倾倒，曹贵人弄巧成拙。

皇帝携带皇后、莞贵人、沈贵人等人前往圆明园行宫避暑。皇帝因顾及年羹尧权位及旧情，不得不带上华妃一同前往行宫，又顾及端妃体弱多病，也带她一同前往行宫疗养。果郡王允礼应诏入宫陪皇帝射箭取乐，其一箭双鸽的精湛箭术勾起皇帝心中多年的忌讳。允礼察觉出皇帝的不满和质疑，当即表态自己会韬光养晦般存活于世，必定远离朝政。甄嬛前往皇帝处伴驾，曹贵人借机挑拨离间，暗示皇帝当日遇见甄嬛时假借果郡王之名，恐引起甄嬛对允礼产生倾慕之情，而非皇帝本人。生性多疑的皇帝立即对甄嬛心存芥蒂，责问甄嬛是在何时对自己有情，甄嬛以余氏欺凌皇帝解围为由，巧妙地周旋过去。眉庄有宠无孕，深感无依无靠，便召来同乡太医刘畚索取生男秘方。甄嬛告诫眉庄需谨慎，眉庄让甄嬛尽可放心，刘畚乃自己同乡，并无不妥。恰逢温宜公主满周岁，皇后准备好好操办。曹贵人设宴邀请甄嬛、眉庄等人，席间眉庄恶心呕吐，众人皆认为其怀孕，皇帝更是喜出望外。太医刘畚当场确认眉庄已有一个多月的身孕，皇后关照眉庄让其安心养胎。

余氏惨死，华妃却幸灾乐祸。曹贵人派人把余氏尸体送回本家并料理后事，华妃以此看出她老练稳重。甄嬛和槿汐怀疑余氏背后有人指使，便布下迷魂阵，待此人自投罗网。陵容发觉丽嫔深信鬼神之说，便让小允子扮成女鬼，先是吓坏了富察贵人，皇帝此时又不在宫中，宫中更是流言四起，都说是惨死的余氏冤魂来索命。丽嫔深感不安，甄嬛又趁势把丽嫔吓得当场说出自己是余氏的幕后主使；华妃深感不安，欲带走丽嫔。甄嬛与眉庄一起拖延时间，不惜与华妃当面对峙。关键时刻皇后赶到，带走了魂飞魄散、满口呓语的丽嫔。华妃惊怒交加，曹贵人赶来宽慰华妃，指出所谓“闹鬼”实为人为，而且疯子的话是不能信的。华妃会意，先行向太后禀报此事。皇帝安慰受惊的甄嬛。事后，太后从丽嫔口中得知真相，为保皇家颜面，太后命皇后将丽嫔废入冷宫。因此事涉及华妃，皇帝一时震怒，下令暂时夺去华妃协理六宫的权力。太后见眉庄心细谨慎，让皇后多加培养。华妃被冷落后，曹贵人因生有温宜公主而未受连累。没了华妃的掣肘，曹贵人利用女儿在皇帝面前邀宠，渐生摆脱华妃控制之心，无奈因其出身一般，终是有心无力。浣碧在宫中郁郁寡欢，因思母心切，不顾宫中禁忌，私自在假山后烧纸祭母，被曹贵人当场逮到，此事也成为其日后利用浣碧的把柄。

眉庄深恨华妃却不能轻举妄动，甄嬛唇亡齿寒，更警惕华妃。甄嬛身体倦乏贪睡，心生疑惑，温实初发现是有人在甄嬛汤药中加入会致人痴呆的毒药。甄嬛惊怒之下与众人设计抓出内奸花穗与小印子，审问后二人招认是失宠的余氏指使的。华妃听说二人被抓，大为震怒，丽嫔建议将余氏灭口，曹贵人极力反对，并建议让余氏咬死此事，以免华妃干系。甄嬛告知皇帝余氏陷害自己的歹毒行为，同时道出当日倚梅园中余氏冒名顶替自己之事，皇帝大怒，将余氏废为庶人，打入冷宫赐死，余氏不肯就死，大闹冷宫。皇帝出巡，太后和皇后凤体抱恙，华妃唯恐避之而不及，宫中无人能管此事，甄嬛也不愿再问。陵容为报答甄嬛，撞着胆子前往冷宫，告诉苏培盛用弓弦勒死余氏，给她个痛快。苏培盛命小厦子动手，小厦子痛恨余氏，下手极重，将她的脖子几乎勒断了一半。事后，陵容前来告诉甄嬛这一消息时，却听到眉庄对自己行为的怀疑和不解，不禁伤感，更觉自卑，独自离去。陵容第一次与眉庄、甄嬛之间产生隔阂。

华妃见甄嬛受宠，又与眉庄交好，便挑拨两人关系，孰料眉庄并不所动，甄嬛与之坦诚相待，两人情意更甚从前。甄嬛为保平安，恳求皇帝不要专宠自己，以免六宫妒恨。皇帝依言去长春宫看望齐妃，甄嬛心中失落；齐妃多年不得皇帝宠幸，笨嘴拙舌，不得章法，皇帝十分厌烦，决定来看望甄嬛；甄嬛以“四郎”相称，更得恩宠。华妃离间不成，便决定先除掉眉庄，以免后患。她以让眉庄学习六宫事宜为借口，故意刁难眉庄，眉庄为顾大局，不与之相争。皇帝给太后请安，太后建议皇帝雨露均沾，不要专宠莞贵人一个。皇帝心中不爽，又不敢顶撞，听说丽嫔来过，便知端倪，借故撤了丽嫔的绿头牌。华妃独大，皇后也不便插手，只能睁一眼闭一眼。华妃又施一计，趁夜深眉庄回宫途中，故意叫人引开眉庄身边的侍女，独留眉庄一人在千鲤池旁。华妃身边太监周宁海把眉庄推入池中，眉庄不懂水性，几乎淹死。眉庄被人救起送回宫中，敬嫔悉心照顾，寸步不离，皇帝也赶来探视。华妃此时穿戴整齐，带着熬好的补药前来探望，说要责罚沈贵人的宫女未能照顾好自己的主子。众人皆看出华妃是有备而来，沈贵人落水一定是她派人做的。次日，眉庄醒来明白告知甄嬛，一定是华妃所为，只是苦无证据，需暂时隐忍，但要与华妃斗到底，甄嬛担忧。皇帝、皇后、敬嫔都看出其中端倪，但也只好不了了之。

侍寝之夜，皇帝赐浴汤泉行宫，皇后大度，以身体抱恙为由未一同去行宫，有意成全皇帝和甄嬛。新婚之夜，甄嬛以一双红烛祈求白头到老，皇帝感动。次日，甄嬛早早来到皇后宫中请安，皇后甚是满意，与甄嬛投缘。而在碎玉轩，皇帝已赐下“椒房”恩宠，更体贴甄嬛心意，按民间嫁娶“撒帐”和“子孙饽饽”习俗讨甄嬛欢心，两人感情更加深厚。甄嬛一连七天受宠，华妃在宫中醋性大发，身边的曹贵人劝她静观其变，侍女颂芝则用杨贵妃赐浴华清池之典故比喻甄嬛，宽慰华妃，而华妃本人则如临大敌。康禄海获知甄嬛得宠，想重回身边伺候，被甄嬛拒绝，这一幕被丽嫔看到，丽嫔大怒，怒斥康禄海并让他给自己掌嘴。甄嬛好言相劝，但丽嫔为此与甄嬛结怨，华妃趁机把康禄海的徒弟小印子派到了余氏身边。众妃在皇后宫中闲谈，华妃矛头指向甄嬛，并让众妃嫉恨甄嬛专宠。皇后为平衡后宫，制止华妃，甄嬛对皇后甚为感激。余氏被降位后心中不忿，日日在住处诅咒甄嬛，甄嬛听说后并不以为意。

甄嬛如约在雨中等着那个自称“果郡王”的人到来，结果却失落而回。余答应路过时见到甄嬛，颇感意外。皇帝见过太后便匆匆赶往御花园赴约，却已人去楼空。皇帝染了风寒，病倒数日。病愈后的皇帝惦记甄嬛，瞒着华妃独自前往御花园。窥伺皇帝行踪尾随至御花园的余氏遇见甄嬛，趁机欺凌并口出狂言。皇帝出面维护甄嬛，贬余氏为官女子，命苏培盛将余氏迁至远处。甄嬛此刻大吃一惊，呆立原地久久未动。眼前这个人并非果郡王，而是九五之尊的皇帝！皇帝喜爱甄嬛，破例在未侍寝前晋封甄嬛为贵人。碎玉轩无掌事太监，甄嬛趁机推荐小允子，皇帝恩准。甄嬛得皇帝关注之事传遍六宫，皇后早有戒备，并不觉得意外，唯独华妃对此嗤之以鼻。眉庄、陵容前来道喜，众人纷纷逢迎。甄嬛对皇帝动情，决意接受挑战，与温实初商定瞒下装病一事，慢慢“病愈”。期间，甄嬛与皇帝下棋谈书，调香烹茶均投其所好，皇帝愈发对甄嬛钟情。内务府见风使舵，把之前克扣的份例和物品都补给了甄嬛，反而被流朱一顿抢白。