甄嬛痛苦中早产下一女，取名绾绾（与纯元皇后的小名菀菀同音），封号胧月，皇帝兴奋不已，主动提出重新封她为妃。甄嬛内心对皇帝绝望，也深知自己身为罪臣之女，无法在宫中立足，自请离宫到甘露寺修行，以保胧月平安。甄嬛拜托敬妃收养女儿胧月，替自己抚养女儿长大成人。公主出生三天后，甄嬛毅然离宫，槿汐、浣碧主动随行，眉庄、温实初为其送行，被接回宫来的四阿哥弘历也在碎玉轩门前长跪送行，碎玉轩其他宫人皆被遣往别处伺候。甄嬛迁居甘露寺，带发出家，法号莫愁，入寺后备受欺凌，众尼姑皆以她是被皇帝厌弃之人，让她做砍柴、挑水、洗衣等粗活，明里暗里更是百般的欺负折磨。莞嫔离宫，皇后趁机提议晋封祺贵人为嫔，又否决了皇帝晋封眉庄为嫔的提议，安插陵容、祺嫔等人好生伺候皇帝，在宫中大肆扩张势力，同时又赐给祺嫔珍贵的红玛瑙串，陵容明明认出那是会导致不孕不育的红麝香珠却不敢说破，祺嫔爱不释手，天天佩戴。眉庄为甄嬛的离去伤心不已。温实初因其御医的特殊身份，获准往来宫中及甘露寺两地之间，暗中保护甄嬛。果郡王获知甄嬛出宫修行，赶来甘露寺探访，为甄嬛带来女儿胧月的画像，安慰甄嬛思女之情。甄嬛感激。

皇帝表面上恢复了甄嬛嫔位的待遇，并允许她出碎玉轩，却让侍卫严加监视，形同囚徒，祺贵人等势利小人更是对她不屑一顾。眉庄获知甄嬛怀孕却仍被禁足，欲以探望，却因宫规森严而不能前往，求见皇上宽恕甄嬛也没有任何效果，她嘱咐温实初要替自己照顾好甄嬛。鄂敏继续在皇帝面前谗言、诋毁甄嬛父亲甄远道，张廷玉等重臣也受鄂敏蒙蔽，弹劾甄远道不臣之心，皇帝心生戒备，最终下旨将甄远道革职收监，其家眷圈禁府中，甄氏败落。太后为甄嬛腹中的龙子考虑，担心她得知家族之事身体不妥，命孙姑姑传信安抚甄嬛。陵容受皇后旨意，派新来的太监小贵子故意将甄父被大臣鄂敏告发革职入狱的消息告诉甄嬛，甄嬛一惊之下动了胎气。事成之后，陵容把小贵子毒死灭口。陵容派人在甄父的牢房里投放老鼠，甄父被咬伤，感染了鼠疫，生命垂危。甄嬛带孕求见皇帝，皇帝正在给纯元皇后写信，态度冷淡，坚决不肯原谅甄嬛的“大不敬”之罪，且表示已经决定将甄家流放宁古塔，只是不必给披甲人为奴；一句“菀菀类卿”让甄嬛知道，原来皇帝此前对自己的万般宠爱只因自己的容貌与纯元相似，一时之间痛心无比，受到刺激早产。甄远道病体康复，与家人一道北上宁古塔，府邸被查抄，家中仆役皆被卖为奴婢。

禁足于碎玉轩的甄嬛伤心欲绝，而此时的碎玉轩犹如冷宫一般，连外面送来的食物都是馊的。众人备受欺凌，甄嬛因病重晕倒。流朱为替甄嬛求医，强闯碎玉轩大门，却遭到侍卫阻拦；流朱救主心切，绝望之下扑向侍卫手中的刀刃，血流不止，侍卫不得已向皇帝报告实情。皇帝闻讯震怒，斥责侍卫失职，下令杖责侍卫首领，将内务府苟总管免职，命温实初速救甄嬛和流朱；流朱终因伤势过重死去。甄嬛醒来后意外发现自己怀孕，为保腹中胎儿平安，请求皇后照顾自己身孕，承担一切后果。皇后不愿答应，太后告诫她不可一错再错，更不许她拿乌拉那拉氏家族的荣华富贵开玩笑。皇后奉太后懿旨在麟趾门思过，陵容宽慰皇后，说娘娘不喜欢的孩子就不应该降生，陵容由此更得皇后器重。甄嬛得知流朱为救自己而死，悲痛万分。温实初告诉甄嬛，她所使用的舒痕胶中含有大量不易察觉的麝香，这才是导致她当年小产的根本缘由。甄嬛始知陵容恶毒。

除掉华妃之后，陵容向皇后说起皇帝称甄嬛为 “莞莞”一事，皇后感到甄嬛带来的威胁，因为“莞莞”是已故纯元皇后的小名，甄嬛的封号也是由此而来，心生妒意。皇后唆使祺贵人让其父瓜尔佳鄂敏在前朝挑拨皇帝与甄远道之间的关系。鄂敏奏报皇帝，甄远道家中有文字狱主犯钱名世的诗集，皇帝心生芥蒂。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察觉到甄嬛爱读政要史书，内心不悦，有意疏远。皇帝为了制衡各方势力，对平乱有功的臣子并未赋予太多实权，对功臣之女也并不十分宠爱，但也不冷落，太后赞赏皇帝的做法，皇帝再次提起隆科多之事，并希望皇额娘不要干政。册封礼前，甄嬛发现礼服有破损，便草率地穿着内务府送来的替代礼服前往受礼现场。皇后当场指认甄嬛身上的衣服系已故纯元皇后的旧衣，皇帝更是错认甄嬛为纯元；皇帝被揭破秘密，尴尬恼怒，指责甄嬛冒犯纯元皇后，将其囚禁于刚刚修缮完毕的碎玉轩，非召不得出，日常份例皆按答应的标准，并下令杖毙了内务府总管姜忠敏，就连当初做过甄嬛教引姑姑的芳若也被打发到了太后身边。甄嬛始知自己原来一直都是纯元皇后的替身，彻底心碎。眉庄冒死奔走于皇后与太后宫中为其求情，但两宫都不愿意出面干预此事。

碎玉轩被焚，甄嬛搬至咸福宫与眉庄同住，祺贵人则搬回储秀宫。皇帝命皇后和敬妃全权审理肃喜。肃喜招供，皇后下旨赐死年氏，年氏见只有皇后懿旨，没有皇上圣旨，不肯就死。甄嬛来到冷宫，替年氏送行。她亲口告诉年氏，皇帝和太后当年为了防备年氏一族势力过强，便在华妃专用的欢宜香中添加了大量麝香，致使其终身不孕，并导致甄嬛昔日流产的事实。年氏听闻真相，绝望撞墙而死。皇帝为示自己对年氏的厚爱，许她以贵妃名位入葬，谥号敦肃。甄嬛虽然恨毒了华妃，此时却只觉得兔死狐悲。襄嫔得风寒无人照看，太医院奉太后密旨在其药物中下了失神之药，致其噩梦连连，不断梦见华贵妃冤魂来索命，最终惊惧而死。端妃奉旨抚养温宜公主，填补了不能生育的缺憾。眉庄为了让温实初多来，故意不定时定量服药，让伤口愈合得慢一些。允䄉在宗人府内大骂皇帝以妻儿之命要挟，甄嬛念其是个懂得照顾妻儿的好丈夫、好父亲，更感激当初允䄉之妻探望之恩，提出给年幼的弘暄封一个闲职。年羹尧家中搜出大肆恭维年羹尧的“反书”《西征随笔》，皇帝看后大怒，下令将该书的作者，年羹尧的幕僚汪景琪枭首示众，首级悬于菜市口十年，亲属一律流放，甄远道私下对鄂敏道出了对汪家人的同情，更担心百姓因此噤若寒蝉。宫中妃嫔之位多有空缺，皇帝决定册封甄嬛为妃，陵容在一旁假装贺喜，被皇帝一同册封为嫔，欣常在入宫多年，一并册封为贵人。

太后赞许皇帝的做法，提醒皇帝不必宠爱襄嫔，也不要再让莞嫔再参与政事，同时提到了隆科多，招致皇帝反诘，太后预感隆科多情况不妙。端妃告知甄嬛后宫如政局，不可凭一己之力改变，另外还需特别防范襄嫔。襄嫔野心勃勃，刚刚封嫔就开始觊觎妃位，更是把甄嬛作为假想敌，意图为女儿挣得好前程。选秀女的年份已到，未免宫中纷扰，皇帝提议推迟选秀；皇后建议不必大肆选秀，只在功臣家眷中选取四名适龄女子入宫即可，皇帝欣然接受。雪天，温宜公主在御花园玩耍时滑倒，端妃挺身相救。端妃私下对甄嬛说自己非常喜欢温宜，但心疼她居然有这样的生母。新进宫的祺贵人瓜尔佳·文鸳之父瓜尔佳·鄂敏与甄嬛父亲同在都察院为官，进宫前鄂敏就对女儿寄予厚望，祺贵人便要求与甄嬛同住，借以博得了皇帝的关注。祺贵人在宫中与年答应狭路相逢并受了气，三番五次地向皇帝挑唆，皇帝顾念旧情，又赶上年羹尧尾七，不予追究。襄嫔借题发挥，要求皇帝赐死年答应，皇帝、太后、皇后发觉此人居心险恶。落魄的年答应和颂芝在宫里偷偷为年羹尧烧纸，年氏感慨后半生只得老死后宫，怨恨皇帝薄情，更恨甄嬛害得自己寥落至此。新春将至，皇后请众妃嫔看戏，祺贵人感激皇后之余失口提到家里两个庶出的妹妹很不讨她喜欢，戳到了皇后的痛处，祺贵人连忙下跪请罪。皇后大度，不与祺贵人计较，却也看出她肤浅轻狂，更加欣赏陵容的温顺懂事。甄嬛发现自己宫外屡屡受到年答应宫中内监肃喜的窥探，于是设计一举捣毁年氏势力；眉庄在旁相助，不惜推倒火烛，烧伤自己。纵火者当场被抓，皇帝相信是年答应指使纵火，欲烧死居于碎玉轩的莞嫔和祺贵人。

年羹尧获知同党敦亲王被皇帝捉拿，写了一纸请安奏折呈送皇帝，情急之下把“朝乾夕惕”四字写成了“夕阳朝乾”，皇帝看后大怒。皇帝不断让身边大臣向自己列举年羹尧的各项罪名，意在借助他人之口，彻底铲除年氏一族。年羹尧最后因不恪守为臣之道等罪名被皇帝革了川陕总督和一等公爵位，贬为杭州将军，两个儿子的官职和爵位也一并革除，其亲信和部将或是革职，或是调离。华妃得知此消息大为震惊，不顾宫规前往养心殿替哥哥求情；皇帝避而不见，华妃磕头请求皇帝的原谅。眉庄始知甄嬛用心良苦，二人和好如初。陵容在皇帝面前不忘假意表达自己与甄嬛的姐妹情谊，皇帝不知真情，反而更加怜爱陵容。眼见华妃失势，曹贵人不得不另寻靠山。皇后面前，曹贵人告发华妃此前种种罪行。皇后命人彻查华妃多年恶行。年羹尧前往杭州上任途中迁延观望，指使人为其保留川陕总督的职务，再被贬为城门看守。华妃亲信太监周宁海不堪大刑之苦，供认出陷害莞嫔和惠贵人、谋杀淳贵人、收受贿赂多项罪名。皇帝大怒，但还是顾念旧情，心有愧疚，只是降华妃为年答应，芝答应也重新做回宫女，与年答应一起住在翊坤宫。曹贵人因告发年氏罪行，不仅无罪，反而有功，被晋封为襄嫔。年羹尧自恃有功，身穿御赐黄马褂看守城门，皇帝大怒，下旨将其赐死，其子问斩，年答应磕头求情无果。甄夫人进宫觐见，甄嬛提醒母亲，做事不可张扬，并提出要收浣碧为义妹，日后让她嫁个好人家。

皇帝指示甄远道和鄂敏铲除敦亲王与年羹尧之事，却又说要先平息后宫里的争风吃醋，二人满头雾水。皇帝在九州清晏大殿设宴，甄嬛碍于皇帝极力容忍华妃，却不能容忍芝答应的无理；皇帝一怒之下，贬甄嬛去蓬莱洲幽禁。皇后冷眼旁观，觉察此事有异，但也担心甄嬛如果真的失宠会使敦亲王和年羹尧更加嚣张。皇后提醒陵容务必陪伴甄嬛同赴蓬莱洲；陵容只能以避开华妃锋芒为由，执意跟随甄嬛。天凉了，眉庄命人给甄嬛捎来衣物，甄嬛得知眉庄仍关怀自己，心里得到些许安慰。莞嫔和安贵人被幽禁，华妃势力更大，皇后深表忧虑，众妃嫔都在皇后面前表忠，皇后眼见能独揽大权，十分高兴。皇帝差遣果郡王协助自己查明敦亲王与年羹尧谋反篡位的证据，一举拿下敦亲王等叛党，废敦亲王为庶人，幽禁宗人府，敦亲王福晋及其子女也一并废为庶人，幽禁府中，同时废八王允禩、九王允禟为庶人，幽禁宗人府，改名阿其那和塞思黑，即“猪”和“狗”。远在蓬莱洲的甄嬛得知消息内心稍感宽慰。平定乱党之后，甄嬛从蓬莱洲回宫，皇帝亲自接待，两人颇有默契。皇后越发担心甄嬛日益强大，要陵容牢牢盯紧甄嬛，有什么举动及时向她汇报。

皇帝携众妃到圆明园避暑。甄嬛在避暑山庄遇见自幼不得父爱的四阿哥弘历，对其怜爱有加。皇帝在大殿听取大臣们历数年羹尧的不是，华妃闻讯焦急，担心年氏家族地位不保，又发现颂芝刻意勾引皇上，虽然生气，但无奈之下也只得听取周宁海的建议，引荐颂芝，将其拱手献给皇帝以求解围。颂芝得到皇帝宠幸，获晋为“芝答应”。皇后听说颂芝没有经过官女子就直接封了答应，嘴上说皇上想怎么办就怎么办，心里则极为不快。华妃为长远打算，强忍心中怒火，小心看着皇帝脸色行事，表面上装得贤良淑德。华妃耳闻皇帝召见大臣议事，唯恐与哥哥年羹尧有关，便交代颂芝侍寝时试探口风，被皇帝推托。皇帝找来甄嬛共议对付年羹尧之良策。甄嬛明白皇帝用意，欲与其联手演出好戏。华妃、曹贵人、颂芝等人与甄嬛狭路相逢，甄嬛表面对华妃毕恭毕敬，却出言讥讽颂芝，令其难堪。华妃看在眼里，私下与曹贵人商议要给甄嬛颜色看看。另一边，甄嬛在与曹贵人、欣常在聊天时故意讽刺颂芝，曹贵人把这些话原封不动地转告给了华妃。

甄嬛拉拢曹贵人，但也知道这种联盟不会长久，便主动提出要做温宜公主的义母。甄嬛真诚找到眉庄，希望对方能够理解自己的做法，眉庄质问甄嬛此举意在如何；甄嬛不便说出实情，令眉庄误会进一步加深，姐妹关系逐渐疏远。华妃复宠，甄嬛与陵容面合心不合，不让分毫。皇后拉拢陵容，继续挑拨甄嬛与眉庄的关系。眉庄冷待甄嬛，甄嬛伤心不已。华妃复位，皇帝虽对其恩宠有加，但华妃内心却隐约感到不安，日日患得患失。皇帝对华妃身边的宫女颂芝颇有好感，华妃敢怒不敢言。甄嬛的母亲云氏和小妹玉娆进宫觐见，甄嬛欢喜非常，母女三人说不完的知心话。陵容眼见眉庄与甄嬛关系淡漠，乘胜追击，设苦肉计用自己的血配制药膳给甄嬛送去以期打动甄嬛；甄嬛看出倪端，不为所动。