熹妃钮祜禄·甄嬛回宫后极尽荣宠，住进奢侈的永寿宫中，六宫侧目。甄嬛明白这是皇后欲擒故纵之计，表面上装作贤良，实则败坏她的名声，引得前朝后宫非议。内务府往永寿宫调来一批新进宫人，眉庄特意把小允子派回到甄嬛身边。四阿哥弘历依附之余更孝顺讨好甄嬛，甄嬛也以生母之份格外疼爱弘历，彼此各取所需。眉庄与甄嬛姐妹重逢，喜极而泣。安陵容蓄意讨好，甄嬛不动声色，一一应对。甄嬛偶见叶澜依，感其特立独行，同时知道她身份卑微，被人陷害致不能生育。皇后见甄嬛与从前大不相同，要除掉她更为困难，便挑拨甄嬛女儿胧月的养母敬妃与甄嬛的关系。甄嬛母女相聚，胧月因故不认生母，甄嬛大感伤心，深怨皇帝。甄嬛与眉庄闲聊宫中事，才知人事大变，皇后一家独大，手下祺嫔与安嫔都颇得皇帝宠爱，敬妃空有个协理六宫的名头，实际上什么也说不上话，与当年华妃在时别无两样。太后传旨召见二人。甄嬛精心设计，言语间承受住了太后的责问，重赢太后欢心。甄嬛在眉庄的陪同下返回宫中，途径储秀宫时，险些从轿中跌落。

太后明白此举必是皇后所为，但一旦彻查则势必有损皇家颜面，于是召来皇帝、皇后，以弘历之遭遇点醒皇帝，促成甄嬛回宫一事以平衡后宫势力。皇后发动前朝大臣上奏阻拦未果。舒太妃听闻儿子惨死，一连数日水米不进，甄嬛前去探望，告知自己怀了允礼骨肉，设计回宫是为了给允礼报仇，太妃虽舍不得未出世的孙子，但也只好默认。甄嬛回宫前，皇后知道此事已无法阻拦，故意怂恿皇帝大兴土木迎接甄嬛回宫，并主动拿出库房里珍藏多年的珍宝，引得前朝言官和后宫妃嫔非议。为使甄嬛顺利回宫，皇帝决定为甄嬛改姓钮祜禄氏，由汉军正蓝旗（下五旗）抬为满军镶黄旗（上三旗），封为熹妃，并称其为皇四子弘历的生母，生下四阿哥后自请离宫前往甘露寺，为国祈福祝祷，不仅不是废妃，还是有功之人。但甄嬛只比四阿哥大七岁，皇帝索性为甄嬛添了十岁，称三十二岁，甄嬛这才得以回宫。甄嬛等人回到甘露寺，准备从此地起驾回宫，甘露寺群小只得毕恭毕敬，一改往日盛气凌人之态。果郡王逃出准噶尔生还，赶往凌云峰探望额娘，太妃见儿子活着，不知是悲是喜，却告诉他甄嬛要回宫，但并未说出孩子是允礼的，以免事端。允礼急忙回宫拜见皇帝，却被皇帝指派去甘露寺接回熹妃。果郡王与甄嬛重逢，大感命运弄人。甄嬛见不能回头，依旧狠心决定回宫。果郡王力求一生保护甄嬛周全。甄嬛于甘露寺洗去从前困苦，由果郡王以半副皇后銮驾接回宫中。临行之时，众尼跪送，甄嬛送给静岸两本手抄佛经，免去静白的监寺一职，并“赏”了她二十大板，任命莫言为监寺。

皇帝回宫后，隐瞒与甄嬛私会的消息，皇后满腹狐疑。不久，甄嬛称自己已经怀孕一个多月（实为两个月）；苏培盛奉旨请温实初亲自为其把脉，温实初明白甄嬛回宫复仇的用意，知道相劝也是无果，只能鼎力相助。皇帝得知甄嬛怀孕，将甄嬛家人接回京中，又意欲接甄嬛回宫。皇后听到甄嬛有孕的消息感到震惊，悔恨自己一时大意，让甄嬛钻了空子。为阻止甄嬛回宫，皇后亲手策划了一系列好戏：先是进香时香柱断裂不止，然后自己佯装失足落水扭了脚，另一边安插手下人趁在太后的寿康宫里举行萨满法事时纵火，闹得宫里是非不断。陵容候机在皇帝旁边煽风点火，并请来钦天监正使，以“危月燕冲月”之名暗示甄嬛怀孕有不祥之兆，皇帝决定暂缓甄嬛回宫一事，眉庄和苏培盛担心回宫一事就此被撂下，焦急万分。四阿哥弘历珍惜被皇阿玛接回宫中的机会，不分昼夜地读书，皇后十分忌惮。四阿哥汤中被人下了毒，嬷嬷误食后惨死，四阿哥害怕被暗算，逃离寝宫，恰巧被眉庄碰上，把弘历带到太后跟前。

果郡王逾期未归，甄嬛发现自己有了一个月的身孕，欣喜之际却从温实初口中得知允礼已惨死他乡的噩耗：允礼乘坐的船只被人动过手脚，船至江心便进水沉没，允礼葬身长江，只是不知道是当地藏人还是准噶尔细作所为，只怕皇上也有嫌疑。甄嬛有孕，求死不得，为保住腹中允礼的孩子，为复仇雪恨，甄嬛决意设计回宫。槿汐为促成甄嬛回宫，甘愿自我牺牲，找到皇帝身边大太监苏培盛，作其“对食”妻子；苏培盛深受感动，答应助甄嬛一臂之力。苏培盛以二月二龙抬头为太后祈福为由，请皇帝入甘露寺进香，眉庄也在一侧打边鼓。皇帝欣然前往，听说甄嬛竟然要干各种粗活，还生了重病，怒斥众姑子，亲自赶往凌云峰。甄嬛费尽心机获得皇帝的注目，加之皇帝本就对其余情未了，两人迅速复合，甄嬛在寺中侍寝。苏培盛威胁众尼姑，绝不许将此事张扬出去。

除去了齐妃，皇后在后宫的地位更加牢固，到处是自己的势力。齐妃的宫女翠果冒死向太后说出真相，随即被皇后害死。太后看在眼里内心焦急，找来皇后对其进行教诲，岂料皇后如今已是羽翼丰满，言语中不断冲撞太后。太后虽然希望皇后一直出在自己家族，但也担心皇后自己害死自己，更担心皇帝因为她而绝了后嗣。叶氏因九寒汤一事受屈，皇帝晋其为宁贵人，但叶氏根本不在乎这些称谓。果郡王允礼奉皇帝旨意出巡滇藏，与甄嬛相约回来后两人以假死药出逃。果郡王刚赴滇藏，眉庄借为已故嫔妃超度的名义前往甘露寺看望甄嬛，并谈及宫中的现状，也趁机教训了拜高踩低的静白。甄嬛感觉这个由头有古怪，再三追问下，眉庄只好告诉甄嬛：甄父病危，自己想出宫却又没有机会，只好略施小计，寻个由头赶到了甘露寺。甄嬛明白此举应为瓜尔佳氏所为，恨自己不能出力，更担心自己也已经成了皇后的下一个目标，眉庄劝甄嬛自保为先。

凌云峰禅房中，甄嬛终于决定和相爱的果郡王在一起，二人许下终身之约。皇帝新宠叶氏入宫后即封为答应，但驯马女的身份比官奴还要低，且即使是宫女晋封也要从官女子起，皇帝此举显然违背祖制，引起后宫中太后、皇后和众嫔妃的不满，太后命内务府安排叶答应住在寿康宫旁边的春禧殿，以便监视，却不知这位新宠根本不在乎这些。宫中妃嫔都是百般讨好皇帝，叶澜依却对其不理不睬，像极了当年的华妃，更得皇帝喜爱，也更被各宫嫉恨。叶澜依一连数夜侍寝，每次都在皇帝熟睡后偷偷服用避孕的药物。御花园中，叶澜依巧遇果郡王，欣喜不已，并对其吐露心声，说自己将永念允礼昔日救命之恩，希望来日报答，果郡王让叶氏自己珍重。叶澜依至景仁宫给皇后和各宫妃嫔请安，完全不把众人放在眼里，各宫十分不满。齐妃怒斥叶答应对皇后不敬，皇后暗中点拨齐妃小心叶氏，齐妃明白皇后用意，认为叶氏得宠有孕，必将影响自己儿子的前途。齐妃命太医配好九寒汤送给叶氏服用，叶氏明知有诈，毅然喝下汤药导致腹痛难当。皇帝得知叶氏从此失去生育能力后大为震怒，命人彻查究竟。种种证据指向齐妃，齐妃百口莫辩，只得向皇后哭诉求情，此举正中皇后的圈套，皇后告诉齐妃她已不会赢得皇帝欢心以及“子凭母贵”的道理，齐妃深知自己的罪行会连累儿子前途：自己被赐死尚不足惜，弘时也会彻底失去即位的可能。齐妃托付皇后照顾弘时，绝望自缢。皇帝认为齐妃系畏罪自杀，死后无封。皇后收养皇长子弘时。眉庄同情叶氏遭遇前来拜访，得知叶氏根本不爱皇帝，无意得宠，但也劝告她不要乱说话。

陵容在宫中少了很多对手，为讨好皇帝使尽浑身解数，导致皇帝纵欲过度高烧不退。太后知晓后大怒，但听说当天正好是甄嬛的生日，便知此事与陵容无关，宽恕了她，但还是嫌安嫔、祺嫔妖媚，不许二人侍疾。皇后宫中，陵容主动请罪，皇后好言安慰，祺嫔却不依不饶，皇后看出二人有嫌隙。果郡王入宫侍疾，太后也不顾自己病体沉重前往养心殿探望，发现皇帝病中呼唤甄嬛昵称“嬛嬛”，深受触动，惶恐不安。皇后发觉陵容已不似从前那么容易掌控，竭力用祺嫔制衡陵容。允礼、甄嬛二人携手北游，于山中撞见一遭毒蛇咬伤中毒的男子；甄嬛机智救助了该男子，通过男子的言语及手部特征等断定此人擅长拉弓射箭，应该是准噶尔人。男子仰慕甄嬛的聪明伶俐，对其印象深刻。剪秋无意中撞见齐妃偷偷来景仁宫探望三阿哥，并对儿子的前途野心勃勃，三阿哥也表示要努力当上皇帝，尊额娘为太后。皇后多年来一直用堕胎等手段残害皇嗣，并大力栽培弘时，就是为了日后成为唯一的皇太后，大权独揽。皇后得知后，决定将齐妃除掉。皇帝病愈后对后宫旧人失去了兴致，前往圆明园闲逛时，偶遇百骏园驯马女叶澜依，其桀骜不驯的独特气质，马上的飒爽英姿，像极了当年的华妃，皇帝被深深吸引，封其为答应，迁入宫中居住。叶澜依昔日身患重病，多亏果郡王相助才得活命，虽无法侍奉在侧却一直有爱慕之意，听说被皇帝看中，自然是五雷轰顶。

凌云峰常有狸猫出没伤人，甄嬛等人深夜被吓醒，果郡王及时赶来，赶走了狸猫，这件事更加深了甄嬛对猫的恐惧。皇帝在铲除年氏一族及其党羽后，开始着手处置隆科多。隆科多是先帝孝懿仁皇后的弟弟，孝懿仁皇后又是皇帝的养母，所以他是皇帝名义上的舅舅，更是太后昔日的情人，皇帝始终认为此事让自己颜面无存，决心将其铲除。太后虽然不同意皇帝的做法，但身为母后，她必须要保护儿子的江山社稷。为了成全儿子，不让昔日情人被自己的儿子赐死，也为保皇族声誉，亲自密访隆科多，骗其喝下毒酒，亲手毒死爱人，但事后太后因此事伤心不已，更为当初被隆科多利用，进宫为妃之事感到痛心。当年，乌雅·成璧与佟佳·隆科多青梅竹马，成璧进宫选秀时隆科多哄骗成璧穿先帝最讨厌的粉蓝色前去，先帝必然撂牌子，这样二人也就可以喜结良缘。然先帝其实最爱粉蓝色，隆科多此举意在让她帮助自己的姐姐佟贵妃，也就是后来皇帝的养母孝懿仁皇后。成璧受先帝宠爱，从孝昭仁皇后的侍女一路升为德妃，并生下两个皇子。孝懿仁皇后无子，只有四阿哥（后来的皇帝）一个养子，隆科多遂大力扶持四阿哥即位。

雨夜，甄嬛听见果郡王的箫声，跑去为他送伞，二人吐露真心话，开始相恋，并告诉了舒太妃。温实初发现甄嬛与果郡王二人相恋，深受打击。太后因隆科多一事病重卧床不起，皇帝却不予探望，只有眉庄天天在太后身边悉心照顾，太后感其孝心，特晋封其为惠嫔。

果郡王多次向甄嬛暗表情意，均被回绝。宫中虽然皇后独大，但皇帝仍旧不时牵挂甄嬛，皇后为此颇为头疼。甘露寺众尼不容甄嬛等人，更是秉承皇后的意志，静白发现甄嬛房里有从宫里送来的燕窝，趁机诬陷其偷盗，又硬说她得了肺痨，赶去了偏僻难行的凌云峰。甄嬛之病其实并非肺痨，实为生产后身体虚弱，忧思过度，又在寺里受尽辛苦，病情加重。果郡王允礼获悉后带阿晋冒着大雪策马赶来相救，将甄嬛送到清凉台休息，甄嬛被彻底感动。温实初牵挂甄嬛，想尽办法前来照顾，却察觉出果郡王对甄嬛有意。甄嬛病重，允礼舍身相救，只穿内衣躺在雪地里，待浑身冰凉后再去给甄嬛退烧，自己却因此染了重病；甄嬛病情稳定后找到允礼，两人的情感刚有一丝靠近时，皇帝带着敬妃、女儿胧月突然来到清凉台探望允礼；甄嬛躲在屏风后看到女儿时百感交集，断然拒绝允礼的一切好意。浣碧殷勤照顾得病的果郡王，表露爱慕之意，甄嬛病好后立即离开果郡王住处，前往凌云峰禅房。

皇后携敬妃等一干嫔妃赴甘露寺进香，甄嬛躲在立柱后不愿相见。甄嬛看到眉庄时过于激动被祺嫔发现。祺嫔故意踩在甄嬛手上，迫使其因疼痛出声而暴露；甄嬛被迫以狼狈落魄之相出来见皇后等人，皇后得意之下，嘱咐祺嫔告诉寺中住持不必善待甄嬛。陵容庆幸少了一大对手，命人毒死了自己身边伺候过甄嬛的侍女菊青，对外称是病死，草草火化。眉庄回宫后求太后庇护甄嬛，并自请入住甄嬛的碎玉轩为其守宫，甘受冷落。胧月深得皇帝喜爱，敬妃抚养得也尽心尽力，却因无意间在皇帝面前说“公主长得像莞嫔”而遭到斥责，一名宫女更因失口说出公主的生母在宫外，竟被皇帝下令杖毙。太后眼见皇帝此举，由女及母，担心甄嬛安危，暗中派遣芳若每月定期探望甄嬛。甄嬛偶遇果郡王生母舒太妃，二人十分投缘，当年舒太妃得先帝专房之宠，下赐长相思、金缕衣等珍贵之物。当今皇帝登基，剪除了数位兄弟，舒太妃担心儿子受害，主动离宫出家，在凌云峰修行。甄嬛欲撮合浣碧与王爷的侍从阿晋相好，浣碧心中早已爱上果郡王，断然拒绝了甄嬛的好意。眉庄在宫中备受冷落，唯有温实初悉心照顾；眉庄越发爱慕温实初，却发现此人一心只挂念甄嬛一人。