Algunos misioneros nestorianos llegaron a Japón hacia el año 199 d.C., y se mantuvieron en el país hasta al menos el año 400 d.C. 

El catolicismo llegó a Japón en 1549\. Francisco Javier arribó a Nagasaki con la intención de comenzar una iglesia. Al principio, la misión de los jesuitas obtuvo buenos resultados. Pero no pudieron manejar la cultura japonesa que desconfiaba profundamente de la influencia extranjera. Para 1614, las sospechas por parte de los japoneses desencadenaron un caos. El catolicismo fue reprimido y los nuevos conversos fueron perseguidos. Todos los cristianos europeos debían marcharse y los cristianos japoneses debían abandonar su fe.

La expulsión de los cristianos se dio bajo la ley del sakoku, que prohibía que nadie pudiera entrar al país, o salir de él, bajo pena de muerte. El sakoku se mantuvo más de 200 años y solo hasta 1853 Japón empezó a abrirse de nuevo a la influencia exterior.

Los protestantes iniciaron labores misioneras por primera vez en su historia en Japón en 1859 cuando llegaron a Nagasaki los primeros misioneros anglicanos y presbiterianos.

La libertad de cultos se introdujo en 1871, otorgando a todas las comunidades cristianas el derecho a la existencia y a la evangelización legal.

Con muchos altibajos, los japoneses respondieron favorablemente al evangelio para finales del siglo XIX, para luego desconfiar de él.

Un breve avivamiento después de la Segunda Guerra Mundial generó importantes conversos, pero la gran mayoría de ellos ya son viejos y algunas de las iglesias que se plantaron producto de ese avivamiento están estáticas o en decadencia.

Japón es uno de los países menos cristianos del mundo y a pesar de todos los esfuerzos, menos del 1% de la población es cristiana.