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#27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscience

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BICCNのNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました（10/10収録）

Shownotes:

  • 10/20 に出る実験医学
  • Mesoscale Connectomeの仕事
  • Allen Institute for Brain Science
  • Allen Institute for Neural Dynamics
  • Tasic 2016
  • Tasic 2018
  • BICCNのサイトに載っている分かり易い対応図（このページの下の方）
  • BICCNやってる人たち一覧

    • 17報の論文：並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変

    1. Flagship paper：Motor cortexの論文群をまとめたやつ。
    2. Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel の仕事。マウスのトランスクリプームとエピゲノムをそれぞれ５０万以上の細胞から取ってきて、SCFまたはLIGERっていう手法で対応付け
    3. AllenのEd Leinの論文ではマウスだけじゃなくてマーモセットとヒトに対してもやっている
    4. SalkのEckerのとこからは、マウスのDNAメチレーションについて。モーターコルテックスに限らず海馬、線条体、基底核、嗅球から。
    5. UCSDのBing Renのところから↑と同じサンプルでsnATAC-seq
    6. シャオウェイのところから、マウスMotor cortexのMERFISH
    7. BaylorのToliasとTubingenのBerensのマウス運動野のpatch-seq
    8. Leinのところではヒトからもpatch-seq。患者さん由来の90個のサンプル（主に側頭葉の一部）
    9. CSHL総出のCellular anatomy of the mouse primary motor cortex。マウス MOp-ulについて、細胞種特異的なCreマウスを用いつつ、バルクで順行性-逆行性ラベル、fMOSTで全脳スケールでのトレーシング。 バルクじゃなくてスパースラベリングも。
    10. HongkuiのところからSparse labellingとfMOSTを用いたsingle cell tracing. これはMotor cortexだけじゃなくてcortex, claustrum, thalamus, striatumから。
    11. SalkのCallawayとEckerのコラボで、逆行性トレーシング＆メチローム：Epi-retro-seq
    12. CSHLのJosh Huang 皮質の興奮性ニューロンをgenetic dissectionするための新しいCre/Flpマウスラインを作ったよというお話
    13. カルテクのPachterがSMART-seqでフルレングスのmRNAを読んで細胞種ごとのIsoformを見ようと。
    14. UCLAのHong-Wei Dong、The mouse cortico–basal ganglia–thalamic network：大脳皮質ー基底核ループについてメゾスケールでのトレーシング。皮質-視床のループが６つのサブネットワークに分かれる
    15. UCSFのKriegsteinが胎生期のヒト脳scRNA-seqとISHで皮質の色んな領域の比較
    16. UCSFのNowakowskiは胎生期のヒトの脳からscATAC-seq
    17. BroadのMacoskoのラボがアダルトマウスとヒト死後脳の小脳のsnRNA-seqを合わせてきた


      18. Editorial note:

      • 10年後には神経科学はどうなってるんだろうなあ、と考えさせられるいい機会だったように思います。(萩原)
      • Cell-typeとはなんぞやといったことやvivo生理記録との対応について扱った第４回、Spatial Transcriptomeについて扱った第５回も聴いて頂けると嬉しいです。今回は上っ面をさらっただけですが、精読した上での輪読会が10/31 13-18時で行われるみたいですね。(宮脇)
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