NeuroRadio

#40 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 1

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Broad Instituteの齋藤諒さんゲスト回、前編。スイスFMI時代のHDAC6のお仕事、ポスドク先探し時のエピソード、CAST I-BとV-KのHoming機構論文の背景、Fengの人柄＆ラボでの生活、等について伺いました（7/9収録）

Show Notes:

  • Jennifer Doudna
  • のThe Code Breaker
  • SHEROCKによるCOVID-19の検出
  • Broad Institute
  • Feng Zhang
  • FMI
  • 早稲田の先進理工学部の生命医科学科
  • City of Hope
  • 楽しかった研究@早稲田仙波研
  • FMI指導教官、Patrick Matthias
  • Ph.D.のプロジェクト
  • アセチロームの解析をやっているChunaram Choudhary
  • Steven McKnight
  • 加藤さんの仕事（実際にきっかけとなったのは、FUSのリン酸化ではなくGYGモチーフに関するmutagenesisの実験でした。by齋藤さん）
  • FUSのIDRがリン酸化を受けて凝集に関わる…の論文（記憶が曖昧でした。。。リン酸化について言及されたのは加藤さんのCell論文よりも5年後でした。by齋藤さん）
  • ストレス顆粒とは（wikipedia）
  • David Baltimoreのノーベル賞ホームページ
  • Human Frontier の話：Investigating archaeal horizontal gene transfer systems towards universal delivery tools
  • CAST(CRISPR-associated transposase/transposon): CRISPR-CasエフェクターがトランスポゼースをcrRNAの標的部位へと誘導して転移するトランスポゾン。
  • 最初のペーパー(CAST V-K)
  • CAST I-F
  • Sam Sternberg
  • この2つのCAST I-Bオルソログがダメだったらこのプロジェクト終わり！
  • CAST I-B: 齋藤さんらが今回の論文で報告したシステムのこと
  • Dual Modes of CAST Homingの論文＠Cell
  • Tn7: トランスポゾンの一種で、TnsA,B,Cが協働し、更にTnsDと協働することで特定の場所（glmS）に転移するか、あるいはTnsEと協働することで接合時のプラスミドへと転移する。
  • ２つのターゲットセレクター・アダプター分子（TniQとTnsD）: TniQはTnsDのホモログ。CAST I-Bには2つのTniQがあることが知られていたが、その一方は本来のTn7のTnsDと配列が似ており、同様の働きをしていることが上記論文で明らかになりTnsDに再命名。
  • Joe Peters @ Cornell
  • のCell論文
  • Cascade: Type I CRISPRシステムで見られるCasタンパク質とcrRNAからなる複合体。
  • REとLE: Tn7/CASTのトランスポゾン配列の両端に存在し、トランスポゼースに認識される、転移に不可欠な配列。
  • Inverted Terminal Repeats: DNAトランスポゾン配列の両端にしばしば見られる、似た配列が片方の末端ともう片方の末端で逆向きに存在している構造のこと。
  • （スペーサーの）獲得機構: CRISPR-Casシステムにおいて外来遺伝子をCRISPRアレイにスペーサーとして取り込むのに必要なタンパク質群。
  • DNA Microscopy
  • PEG10の論文

    • Editorial Notes:

    • バーゼルでPh.D.課程在籍時に萩原と出会い、ポスドクとしてボストンに来て宮脇さんと出会い、とNeuroRadioに出ることが運命づけられていた気がします。。。宮脇さんにスクープされないよう、引き続きCAST頑張ります！（齋藤）
    • 僕もうちのラボの人もCASTやってないですw（宮脇）
    • 久々の齋藤さんのテンションを経験して懐かしい気持ちになりました。（萩原）
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