#23 To be a Mad Scientist (ゲスト：荻沼政之先生 / 理研)

理研ECLから荻沼政之先生をゲストにお呼びしました。遺伝研/相賀研究室でのPhD生活から、フランスからアメリカにわたったポスドクでのpH/解糖系の勾配プロジェクト、ご帰国後のキリフィッシュ研究を含めた将来の展望などについてお聞きしました。(収録日2025.8.25)

荻沼先生ラボHP(理研)

荻沼先生ラボHP

相賀裕美子教授

荻沼先生の相賀研での論文

Olivier Pourquié研究室

荻沼先生の解糖系論文

荻沼先生のpH論文

ヘビの体節の論文

キリフィッシュの論文(1, 2)

大阪大学微生物病研究所 生体統御分野 石谷研究室

pH応答生物学の確立

ヘルシンキ大学の研究所HiLIFEのNeuroscience Centerから難波隆志さんをゲストにお呼びしました。神経幹細胞研究の黎明期の様子から、ヒトらしい脳を作る仕組みや大人での神経新生など、さらにヨーロッパ/フィンランドでの研究事情などについてお伺いしました。(収録日2025.07.11)

難波さんラボHP

HiLIFE (Helsinki Institute of Life Science)

松野健治先生

石龍徳先生

アストロサイトからニューロンができる

Radial Gliaからニューロンができる(宮田先生のグループ, 玉巻先生のグループ, Noctor and Kriegstein)

JessbergerがやっているNeurogenesisの可視化

アストロサイト的な細胞からニューロンが生まれている(難波さんの論文)

スライスcultureで神経新生が起きるか(難波さんの論文)

タイムラプスで神経幹細胞の挙動を見る(難波さんの論文)

2019年の難波さんの論文

塩田清二先生

中嶋先生

高坂新一先生

貝淵研究室

榎本篤先生

CaMKの論文

PAR3の論文

パイオニア軸索との相互作用の論文

Wieland Huttner lab

Simone Fietz et al (Wieland Huttner group)

HansenとKriegsteinの論文

ARHGAP11Bの最初の論文(Marta Florio et al)

難波さんのARHGAP11B論文

Christos Chinopoulos 

戸田さんゲスト回

Jacqueline Tabler

Lei Xing

Lei Xingとの論文

2018年のArturoの論文

成体神経新生はあると主張する論文(の一例)

Federico Calegari

Pierre Vanderhaeghen Lab

岩田さん

畠山さん

北海道大学遺伝子病制御研究所准教授の岡崎朋彦先生をゲストにお呼びしました。学生から助教まで14年過ごした後藤由季子研究室での研究生活、15年越しのプロジェクトであるトポロジー反転による細胞質カルボキシル化、北大でのPI生活とこれからの展望などについてお話しました。(収録日2025.06.05)

Shownotes:

岡崎朋彦研究室(北海道大学遺伝子病制御研究所分子細胞生物研究室)

岡崎さんのカルボキシル化の論文

バイステポッドキャスト古舘さん回(パート1, パート2) 

*言及を忘れていましたが、岡崎さんと古舘さんは学部からの同期です。

馬渕先生

後藤由季子研究室

岡崎さんのASKの論文

一條秀憲先生

ASKがMAPKKK

一條研のASK1と2の使い分けの論文Azad Bonni

谷口維紹先生

河岡義裕先生

ペルオキシソームの論文

NUDT21の論文

MAVS同定の論文(の一つ)　

吉種光先生

TM4SF20のTopology論文

Jonathan Kipnis

Kipnisの論文

北海道大学遺伝子病制御研究所

村上正晃先生

ジョンズホプキンス大学から古川夏輝さんをゲストにお迎えしました。がん細胞を選択的に細胞死させるペプチドの発見とその改良、またそのペプチドによるアメリカでの起業などについてお聞きしました。(収録日2025.05.5)

Shownotes:

坪山さん回

本田さん回

同期ゲスト(井上さん回、小坂元さん回)

UJA

二本垣さん

OSUとミシガン大学

古川さんの論文

古川さん所属ラボ(Aleksander S. Popel lab)

アメリカンナイトGOLD

UCSFのDavid Julius(TRPチャネルで2021年ノーベル賞)ラボでポスドクをされている東原幸起さんをゲストにお呼びしました。博士課程を過ごしたRoderick MacKinnon(Kチャネルで2003年ノーベル賞)ラボでの様子を含め、ノーベル賞受賞者のメンタリングスタイルやチャネル研究のトレンド、最近Publishされた東原さんの論文を含めた東原さんのご研究についてお伺いしました。(収録日2025.04.22)

東原さんResearch map

萩原さん(NeuroRadio)

濡木研究室

伏信研究室

David Gadsby先生 

Hodgkin-Huxley論文

Roderick MacKinnonラボ

DavidとYifanによるTRPチャネルの構造

Thomas Walz

東原さんの論文１

東原さんの論文２　

共著の構造の論文

David Juliusラボ

Yulong Liラボ

Ardem Patapoutian Lab

東原さんの論文

名古屋大学教授の松本有樹修先生をゲストにお呼びして、翻訳されるノンコーディングRNA、リボソームの多様性、中山敬一ラボでのPhD生活、ハーバード大学Pandolfi研での留学、これからの研究の展望などについてお話をお聞きしました。(収録日2025.03.11)

Shownotes:

松本先生ラボHP

中山敬一先生

中山研での松本先生の論文(p57 1, 2: Fbx7 1, 2)

Howard Chang

HOTAIRの論文

John Rinn

Pier Paolo Pandolfi

松本先生のSPARの論文

JmjC domain

Dark Proteomeと呼ばれている

Upstream ORFが翻訳されると下流の翻訳が抑制される(の例)

翻訳されている位置をより正確に検出する手法

PhyloCSF

翻訳されるノンコーディングRNAの論文(TINCR, KastorとPolluks)

鍋島陽一先生

Klotho遺伝子

C末端の疎水性と分解

元根さんのナノポアの論文

アストラル(質量分析器)

吉種先生

心筋リボソームの論文

胸腺プロテアソーム(Thym-Proteasome)

精巣特異的リボソーム

Maria Barna先生のリボソーム多様性の論文

David Baker(2024年タンパク質デザインでノーベル化学賞)ラボでポスドクをされています本田信吾さんをゲストにお呼びしました。本田さんはアサヒビールを経て東大野地研で学位を取られ、その後現在のBakerラボに所属されています。今回は本田さんのこれまでのキャリアからタンパク質デザインの現在、本田さんの現在の研究などについてお聞きしました。さらにBakerラボの雰囲気やシアトルの生活の様子など研究以外のトピックも盛りだくさんでお届けします。(収録日2025.01.18)

Shownotes:

野地研

本田さんの野地研での論文

デジタルバイオアッセイ

David R. Walt

Simoa (Degital ELISA)

Alkaline Phosphataseのheterogeneousな画分を検出して診断に応用

David Bakerラボ

プローブのデザイン

古賀先生　

David Agard

Top7

古賀先生のデザイン原則

NAISTの小林先生

VILYA

RoseTTAFold (Minkyung Baek et al.)

RFdiffusion

RoseTTAFold All-Atom

AlphaFold 3

Boltz-1

Deepmindがenzymologistを募集している

Serine hydrolasesのde novoデザイン

Florian Praetorius

Danny D. SahtoeとFlorianの論文

DynamicなHingeのデザイン

Adam Broermanの論文

AlphaProteo

BindCraft

Kejia Wuが設計していた

De novoデザインタンパク質で作られたCOVID-19ワクチン

分子デザインはじめました

今回はワシントン大学セントルイスで2025年から研究室を主宰されている牛木亜紀さんをゲストにお迎えしました。牛木さんは筑波大学・谷本研究室で学位をとられたのち、UCSFのNadav Ahituv先生の研究室でエンハンサーと疾患のかかわりで重要な成果を出されております。今回はこれまでの研究の背景やジョブハント事情、これからの牛木ラボの方向性などについてお聞きししました。(収録日2024.12.29)

牛木ラボHP

筑波大　谷本研究室

レニンの論文(1, 2)

生物と無生物のあいだ

ミトコンドリア・ミステリー

Nadav Ahituvラボ

牛木さんの無手足性の論文

牛木さんの側弯症の論文

井上詞貴先生

ヘビのCell

Len Pennacchio, Axel Visel

UC BerkeleyのComparative Biochemistryで博士課程をはじめられた小野隆一さんをゲストにお呼びして、海外博士課程事情から最新のCRISPRや腸内細菌叢ゲノム編集などについてお話ししました。さらに豪華共同ホストとしてペンシルバニア大学博士課程の山田さんにご参加いただきました。(収録日2024.10.20)

小野さんX(Twitter)

程久美子先生ラボ

程先生のmiRNA解説記事(2024.10.31まで無料公開)

Brady Cress先生ラボHP

Bredy先生のNature Microbiology論文

Bredy先生ラボの最近の論文

SVAP

Peter J. Turnbaugh先生ラボHP 

XPLANE

Sam Sternberg先生の講義動画

CASTを見つけたPNAS論文 

Defence island

Anti-defence island(の例)

Eugene V. Koonin先生ラボHP

Jillian(Jill) Banfield先生ラボHP

BORGの論文

Jennifer Doudna先生ラボHP

Cas13の祖先の論文

Doudna研からのデリバリーの論文

Open CRISPR

東京大学医科学研究所教授の稲田利文先生をゲストにお呼びしました。博士課程の時分の大腸菌を用いた遺伝子機能ハンティングの研究から留学話に続いて現在の研究につながる翻訳異常に対するmRNAやタンパク質の品質管理機構などについてお聞きしました。(収録日2024.07.03)

中村義一先生

稲田先生の博士論文

饗場弘二先生

留学中の論文(1, 2)

Roy Parkerの論文

EMBO 2005の論文

RQCについてのレビュー(日本語) (1, 2)