バイオステーションポッドキャスト Bio-station Podcast

UC BerkeleyのComparative Biochemistryで博士課程をはじめられた小野隆一さんをゲストにお呼びして、海外博士課程事情から最新のCRISPRや腸内細菌叢ゲノム編集などについてお話ししました。さらに豪華共同ホストとしてペンシルバニア大学博士課程の山田さんにご参加いただきました。(収録日2024.10.20)

小野さんX(Twitter)

程久美子先生ラボ

程先生のmiRNA解説記事(2024.10.31まで無料公開)

Brady Cress先生ラボHP

Bredy先生のNature Microbiology論文

Bredy先生ラボの最近の論文

SVAP

Peter J. Turnbaugh先生ラボHP 

XPLANE

Sam Sternberg先生の講義動画

CASTを見つけたPNAS論文 

Defence island

Anti-defence island(の例)

Eugene V. Koonin先生ラボHP

Jillian(Jill) Banfield先生ラボHP

BORGの論文

Jennifer Doudna先生ラボHP

Cas13の祖先の論文

Doudna研からのデリバリーの論文

Open CRISPR

東京大学医科学研究所教授の稲田利文先生をゲストにお呼びしました。博士課程の時分の大腸菌を用いた遺伝子機能ハンティングの研究から留学話に続いて現在の研究につながる翻訳異常に対するmRNAやタンパク質の品質管理機構などについてお聞きしました。(収録日2024.07.03)

中村義一先生

稲田先生の博士論文

饗場弘二先生

留学中の論文(1, 2)

Roy Parkerの論文

EMBO 2005の論文

RQCについてのレビュー(日本語) (1, 2)

ドイツで研究室を主宰されています戸田智久さんをゲストにお呼びしました。東大川崎研でのエピソードから、サンディエゴのFred Gageラボでの留学話、最近の戸田ラボでの研究からさらなる展開まで一連の神経科学研究についてお聞きしました。研究に対するメンタリティなどについてもお聞きしました。(収録日2024.05.09)

戸田ラボHP

河崎ラボ(現金沢大学)HP

戸田さんの川崎ラボでの論文の一つ(の解説記事)

Larry Katz

Fred Gage lab

Gege labでの論文

Günter Blobel

超寿命RNAの論文

Gerd Kempermann

理化学研究所で研究室を主宰されている岩崎信太郎さんをゲストにお呼びしました。泊研でのエピソードから、バークレー(Ingoliaラボ)での留学話、最近の岩崎研での研究からさらなる展開まで一連の翻訳研究についてお聞きしました。また留学アドバイスなどもいただきました。ちなみにエピソード内で言及を忘れていましたが、岩崎さんと管理人は留学先の建物が同じであるとともにボスのボスが同じ(Dr. Jonathan Weissman)という点でも共通でした。(収録日2024.03.28)

泊ラボホームページ

Nick Ingolia lab

坪山さんの回

熊本大学発生医学研究所教授の石黒啓一郎さんをゲストにお呼びしました。坂野研時代のエピソードから、留学時のエピジェネ研究の黎明期の様子、さらに減数分裂のキー因子Meiosinの発見からさらなる展開までお聞きしました。さらに職業として学問を行う心構えについてもお聞きしました。(収録日2024.02.08)

石黒研究室

坂野先生

坂野研の時の論文

留学先での論文

Meiosinの論文

東大/生産研で今年度から研究室を主宰されています坪山幸太郎さんにお話をお伺いしました。オートファジー/RNAサイレンシング機構/HEROタンパク質群の研究から最近のタンパク質の安定性を決めるアミノ酸配列ルールの研究に至るまでどれも非常に感銘を受けました。研究をうまく進めるためのヒントも盛りだくさんだと思います。(収録日2023.08.03)

坪山研ホームページ

水島研 ホームページ

水島研での坪山さんの論文

泊研ホームページ

泊研での坪山さんの論文1 (HSP)

泊研での坪山さんの論文2 (HERO)

岩崎さん(ラボHP)

深谷さん(ラボHP)

Gabriel Rocklinラボ

David Barkerラボ

Rocklinラボでの坪山さんの論文

Rocklinさんの論文

NIHでPIをされている明楽隆志さんをゲストに、メンデルの法則に従わない利己的なDNAの遺伝 (Meiotic Drive) の研究について、またアメリカでの研究事情などについてお聞きしました。さらに最近の宇宙飛行士選抜で最終候補まで残られたということで宇宙飛行士選抜についてもお伺いしました。(収録日2023.07.07)

(*冒頭の紹介で抜けてしまいましたが聞き手として東大/平林研助教の壷井さんにもご参加いただきました。)

Shownotes:

明楽さんラボHP

明楽さん(ラボ)の論文

PhD 1報目

PhD 2報目 (日本語の解説)

ポスドク 1報目 (日本語の解説)

ポスドク 2報目

最近のBioRxiv

Michael LampsonラボHP

佐藤政充先生ラボHP　

東大定量科学研究所(胡桃坂研究室)助教の鯨井智也をゲストにお呼びしました。鯨井さんはクロマチン構造分野で次々に新しい構造を決められており、特にRNAポリメラーゼ2とヌクレオソームを中心とした転写複合体の構造や、自然免疫にかかわるcGASとヌクレオソームの構造などでトップジャーナルにも多くの論文を出されています。今回クロマチン構造解析の歴史やこれまでの研究の裏話などをお聞きしました。(収録日2022.10.21)

Shownotes:

胡桃坂研究室

木村宏先生

Mintobody(例)

抗体の論文

①H3.Yの話

3.Y＝ヒストンバリアントH3.Y (最初説明も忘れた上に、3.1って言っている気がします、すいません。)

鯨井さんの論文 (NAR, 2016とNucleus, 2017)

ヌクレオソームの高分解度構造(1997)

H2A.Zを含むヌクレオソーム構造 (2001)

H3.Tの構造 (2010)

H3.Yは2010年に発見された

CENP-Aの構造

堀越さんがH2A.Z

有村さんがH2A.B

②Pol2の話

鯨井さんの論文(Science, 2018; Science, 2019; Science, 2022)

大川先生

細胞内でヌクレオソームは転写のバリアになっている(Steven Henikoffラボの論文)

関根先生

町田さん(の論文)

Grafix法

SMARCAD1-nucleosomeの構造

Cramerラボと競争になっていた

Seychelle M. Vos

③cGASの話

鯨井さんの論文(Science, 2020)

同時に出た4本の論文(1, 2, 3, 4)

船曳先生

CENP-N

Christian Zierhut (2019年にCellに論文出してる)

GFP-cGASでの局在解析

2019年のeLife

Nicolas Thoma

研究室の大先輩で現在はイギリスでポスドクをしている古舘昌平さんに出演していただきました。古舘さんは後藤研時代に成体神経幹細胞の起源を発見する金字塔を打ち立て、現在は脳の高次機能の謎に挑まれております。今回、後藤研時代の論文の表話裏話、キャリア選択のきっかけ、そして今後のビジョンなど古舘さんの熱い思いをお聞きしました。(収録日2022.09.10)

Shownotes:

*注：古舘さんは2日酔いで、変なことを言っていたらそのせいだということです。

研究室の大先輩で現在はイギリスでポスドクをしている古舘昌平さんに出演していただきました。古舘さんは後藤研時代に成体神経幹細胞の起源を発見する金字塔を打ち立て、現在は脳の高次機能の謎に挑まれております。今回、後藤研時代の論文の表話裏話、キャリア選択のきっかけ、そして今後のビジョンなど古舘さんの熱い思いをお聞きしました。(収録日2022.09.10)

Shownotes:

後藤研：東京大学大学院薬学系研究科分子生物学教室

ニューロン分化期からグリア分化期とか：たとえば１．２

*注：古舘さんは2日酔いで、変なことを言っていたらそのせいだということです。