January 17, 2023

#51 A precise tagging of active neurons

2 hours 56 minutes

Hyungbae Kwonラボの長濱健一郎さん(@k_hammer_1001)ゲスト回。初期研修から基礎研究に進んだ経緯、狩野研でのスライスパッチャー生活、Hyungbae Kwonラボの現在の方向性、最近のST Cal-Light論文（光受容とCa2+活動による細胞の遺伝学的ラベリング手法のアップデート版）について伺いました。

Show Notes:

長濱さん

最近のST-Cal Light論文

光とCaのアンドゲートロジックによるラベリングその１Cal-Light from Kwonラボ

その２ FLARE from Alice Tingラボ

Hyungbae KwonラボHP

狩野ラボHP

この論文＝狩野研時代のSetd1a論文（注：収録時にはmentionできなかったのですが、ChIP-seqの実験・解析、RNA-seqの解析では東大薬・分子生物学・後藤研にいらした岸先生（岸雄介 (Yusuke Kishi) - マイポータル - researchmap）に大変お世話になりました。あと、ChR2-tdTomato→ChR2-mOrangeでした。by 長濱さん）

上阪さんのretrograde semaphorinのScience論文

ニューロランチ：東大医学部の神経系のラボが集まって、金曜日の昼飯時に行う背筋も凍りつくような名物セミナー

2016年のSingh et al.,論文

2014年の高田さんの論文

高田ラボ

Maria Karayiorgou

Joseph Gogos

CompetitorのSetd1a論文

iTango論文

Alice Tingラボ

オーフスの米原さんラボ（遺伝研に移行中）

Jung Ho Hyun

Dongmin Leeラボ（注：”Nat. Biotechnol.のCal-Light論文でvalidationを全部行った”と行ってしまったのですが、正しいcontributionはCal-Lightの設計・in vitroのvalidsation→Dongmin、in vivoのvalidation→Jung Hoでした。by 長濱さん）

Guopingが使った例

Josh Gordonが使った例

Matthew LarkumがCAMPARIと比較したFrontier論文

Tina Kim

FLiCRE（フリッカー）論文

SoCoChR論文

StCoChR論文についてのOferと萩原の見解

LiqunのところのTRAP その２

CAMPARI

CAMPARI2

rsCAMPARI

Photoactivatable Cre 例えばコレ

Editorial Notes:

いちリスナーの自分がまさかゲスト出演することになるとは思っていませんでした。お二人との議論とっても楽しかったです！色々とbackgroundの前置きが長くなってしまいましたが、これから海外でポスドクしようとしている大学院生やポスドクの方に、こんな人もいるんだなぁ、と思って頂けるといいなと思います。またメインプロジェクトの論文出たら、ぜひ呼んでください！（長濱）

最初期遺伝子では神経活動を捉えられない、という見方と、遺伝子発現変化に繋がらない神経活動はエングラムではない、という立場があるのかな…何がノイズで何がシグナルなのか、とかの検証が色々できそう（宮脇）

出だしの導入で記録と操作が...とか言って始めていますが、「おい、(形態)観察は？」というツッコミが解剖寄りの人から来るのは想定済みです汗 (萩原)

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