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#59 Minds Meet Weeds - Part 1

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Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録)


Show Notes (番組HP):

  • 登さんHP
  • NRのトランスクリプトーム回 EP4 EP5
  • Eckerラボ
  • オンライントーク その１ その２ その３ (おすすめby登)
  • 津田ラボ（現華中農業大学大学）
  • 津田先生
  • 放射線植物生理学研究室
  • セシウム蓄積に関する研究 その１ その２ その３
  • フランス政府の給費留学
  • 留学したフランス原子力庁のラボ
  • Max-Planck Institute for Plant Breeding Research
  • Köln (Cologne)
  • ケルシュ
  • PhD時代の植物-微生物相互作用三部作その１：植物免疫による微生物への影響、RNA版
  • 登さんによる植物の免疫系に関するレビュー その1 その2
  • IlluminaのRibo-Zero (ディスコン：植物用のものが製造終了)
  • 根腐病
  • PhD三部作その２：Multi-omics版
  • PhD三部作その３：異なる微生物への植物の応答と、微生物への影響の違い
  • 野性のシロイヌナズナから単離した微生物のコレクション
  • 植物と動物のマイクロバイオーム
  • 鉄（栄養）を使った免疫
  • 葉っぱは疎
  • 細胞壁
  • III型分泌装置
  • 植物の共生
  • EMBOの新米PI用ワークショップ
  • Eckerラボからマウス脳でsingle nucleusメチローム、Science 2017
  • ポスドク応募時に書いたメールについて
  • 脳メチローム その１ その２その3 その4 その5 他多数
  • UPennでやったエチレン研究 その１ その２ その３ 他多数
  • シロイヌナズナ全ゲノム解読論文
  • 植物へのMicroarray
  • シロイヌナズナのT-DNA変異体ライブラリ、Salk Line
  • Eckerキャリアインタビュー（2007年時点）
  • ゲノムワイドなメチル化アッセイ in 植物
  • In Human
  • ENCODEでのJoeのトーク
  • Ecker in HHMI
  • Ecker in BICCN
  • Ecker in BICAN
  • プロトプラスト
  • Full ProfessorのStudy
  • Salk InstituteでのSymphony
  • ポスドク三部作その１：Seed-to-seed single nucleus
    • atlas
  • ポスドク三部作その２：感染時の植物のMulti-omics + MERFISH
  • ポスドク三部作その３：PHYTOMap
  • Bing Renラボ
  • のBICCN論文
  • 転写物分布だけで細胞のセグメンテーション、先行研究
  • 植物の細胞セグメンテーション
  • vizgen
  • MERSCOPE
  • SeqFISH
  • Long Cai
  • BacteriaをターゲットにしたSeqFISH
  • STARMap
  • Xiao Wang
  • Sten LinnarssonではなくMats Nilssonでした！
  • HybISS
  • Sequence-by-ligation、例えばこれ
  • Sequence-by-synthesis
  • アムホテリシンB
  • Expansion Microscopy +
    • Spatial Transcriptomicsの仕事
  • FISSEQ
  • Harvard Fellow
  • NanoString
  • 10x Genomics
  • EASI-FISH
  • Paul Tillberg
  • EEL-FISH
  • 各神経の投射をバーコードで標識してSpatial Transcriptomics
  • Slide-seq
  • Evan Macosko
  • Fei Chen
  • Slide-Tags
  • INSTA-seq
  • Je Lee (現Ultivue)
  • DBiT-seq
  • CUT&Tag
  • 開発したRong Fan
  • 最近の無双 Spatial ATAC-seq, Spatial CUT & Tag, Spatial CITE-seq
  • Pixel-seq
  • Stereo-seq
  • 最近NanoStringを10xが訴えた
  • 登さん新ラボのアナウンスメント from TSL
  • Janelia Fluor
  • Quantum Dot

    • Editorial Notes:

    • これまでの短いキャリアを振り返って、月並みですが人・環境に恵まれていたなと感じさせられました。宮脇さん萩原さんともそのうちリアルでお会いしたいです。ケルシュ飲みいきましょう！（登）
    • 次会えそうな時は感染症に気をつけます！ (脇)
    • そういえばNanoString本社の隣に住んでます (萩)
      • ...more
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