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#79 The Wizard of Fz

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Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年１月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録)

Show Notes (番組HP):

  • 齋藤さん過去回 1 2
  • 齋藤ラボ理研ECLページでの紹介
  • 齋藤ラボ公募ページ（研究員・特別研究員）
  • 齋藤ラボ公募ページ（パートタイマー・アルバイト）
  • 理研　和光キャンパス　開拓研究本部
  • トークしたイベント
  • 濡木先生
  • 西増先生
  • 井上梓先生
  • 古館昌平さんの回 1 2

    • 論文パート

    • Fanzor論文
    • 最近のCell論文
    • Feng Zhangラボ
    • Cas9ゲノム編集論文
    • Cas9ゲノム編集＠ヒト細胞 1 2
    • Cas12
    • Cas13
    • Cas9祖先トランスポゾン論文
    • Eugene Koonin
    • OMEGA論文
    • CASTホーミングについての齋藤さん前報
    • 平野清一さんのIsrB構造論文
    • ゲノム編集で病気も治るようになってきた
    • トマトでGABAを増やす
    • 魚で白身を増やす
    • Jennifer Doudna達のFz論文
    • IS (Insertion Sequence)：転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。
    • IS200/IS605
    • IS607
    • 2013年のFanzor命名論文
    • AlphaFold
    • Omar Abudayyeh（おまー）
    • Jonathan Gootenberg（ぐーばー）
    • 合同ラボ
    • BioRxivのプレプリントHERMES
    • Samuel Sternberg
    • のHERMESイジり
    • Science Advances論文
    • TnpBのペーパー
    • Virginijus Siksnys
    • Kavli賞
    • Soumya
    • Han
    • 毛みたいなほわっとしたカビ
    • ATCC
    • ツボカビSpizellomyces punctatus
    • 濡木先生とSiksnysのTnpBの構造論文 1 2
    • 末端配列とガイドRNA(ωRNA)配列の関係：これのc
    • Spuのめっちゃ綺麗な末端配列：これのa
    • ツボカビにも一応エレクトロポレーションはある
    • PAM(Protospacer Adjacent Motif)：CRISPR-Casシステムにおいて、Cas9などのエフェクターがDNA切断を行う際に、標的配列の隣に必要とするモチーフ。SpCas9では3’側にNGG。
    • TAM(Target-Adjacent Motif)：OMEGAシステムには“Protospacer”という概念が存在しないため、このように呼ぶ。
    • TAM、トランスポゾン、ガイドとなっている：これのa
    • Peel-and-paste：これのb
    • Sam SternbergのSelfish Spreadの論文（機構はFig. 5g）
    • 転写因子(TnpB様の転写抑制因子)の論文
    • OMEGAのペーパーが出た時のNews and Views
    • Robert Desimone
    • RSIの成果報告会で受賞したのが公表されたページ
    • CSHLのCRISPR Meeting
    • HanのTnpBのペーパー
    • CRISPR nuclease-protease
    • 加藤一希先生
    • Jonathan StreckerとEsraのCRISPR associated endopeptidase論文
    • StreckerのCAST論文
    • Peiyu Xu
    • Guilhem Faure
    • COVID-19で一緒に働いた
    • Julia Joungの転写因子アトラス
    • Max WilkinsonのR2論文
    • R2レトロトランスポゾンのレビュー
    • R2を使った挿入ツール 1 2
    • David Liu
    • David LiuのtwinPE
    • Omar + Goober のPASTE
    • PASTEを基盤技術にしたTome Bioscienceの最近の動向
    • Jonathan Weissman
    • Cas活性のパラメータについての仕事の一例
    • 登さん
    • Deliveryの話、例えばコレ
    • 昔のラボメンはK99取ってた
    • マイキーのPEG10

      • ジョブハントパート

      • 小関先生
      • 医科研のUTOPIA
      • 早稲田にいた時の自分の指導教官
      • UTOPIAについて一応調べた（100日でワクチン開発でした。。。 by齋藤） 
      • 東大の真下先生
      • Cas3の論文
      • 五神真先生
      • 大阪大学の蛋白質研究所
      • 定量研と卓越研究員制度
      • 今年は加藤セチプログラムのみ
      • Max君は本当にすごい
      • Rockefellerインタビュー6人中2人がうちのラボ
      • Kalli
      • Helen Hay Whitney
      • Hanna Gray
      • Aviv Regev
      • Xiaowei Zhuang
      • Adam Cohen
      • マイキーのラボ
      • Max Wilkinsonの出身ラボ
      • Kalliの出身ラボ

        • 独立後の計画

        • Joshua Weinstein
        • DNA Microscopy
        • Patrick Hsu
        • Bridge RNA
        • 宮脇さんが有識者の回
        • 有識者会議
        • 科研費倍増への運動
        • 後藤由希子先生
        • Kendall
        • スイスで会ったギタリストの友達
        • 本田圭佑
        • HFSPミーティング
        • 長田重一先生
        • アポトーシスの写真
        • 二階堂先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤）
        • 加藤英明先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤）
        • 奥山先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤）
        • Susan Gasser
        • Patrick Matthias
        • アセチル化やってた論文
        • 吉田稔先生
        • 古細菌テーマ＠HFSP
        • 二段階になったHFSPフェローシップ申請（このReview Procedureタブを参照。Letters of IntentとFull Proposals）
        • Yi Zhang
        • 小嶋さん
        • 寺坂さん
        • 松田真弥さん
        • 松本さん
        • 古館さんのNature論文
        • 長井淳さん　飲みましょう！！！（by齋藤）
        • 齋藤さんMITのアドレス

          • Editorial Notes:

          • 夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族（TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007）（齋藤）
          • 理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原)
          • Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非！ (宮脇)
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