1898 szeptemberében Erzsébet többhetes kúrán tartózkodott a Montreux melletti Territetben. Udvarhölgyével, Sztáray Irmával szeptember 9-én kirándulást tett Prégnybe, hogy meglátogassa Rothschild bárónõt. Este Genfbe utazott, az éjszakát is ott töltötte, másnap akart visszautazni Montreux-be. Mint mindig, most is álnéven, Hohenembs grófnéként vett ki szobát a Beau Rivage szállodában, hogy ne ismerjék fel. Indiszkréció folytán azonban egy másnapi genfi újságban megjelent egy hír, hogy az osztrák császárné a szállodában szállt meg. Ezt a hírt az olasz anarchista, Luigi Luccheni is olvasta, aki valójában azért jött Genfbe, hogy meggyilkolja az orléansi herceget. A herceg az utolsó pillanatban azonban megváltoztatta útirányát, és mégsem utazott Genfbe. Ez azonban kevéssé zavarta Lucchenit, hiszen a véletlen sokkal prominensebb áldozatot sodort az útjába. Szeptember 10-én délelõtt Erzsébet még vásárolgatott és felkereste kedvenc cukrászdáját is. Délben akart hajóra szállni, hogy visszautazzon Montreux-be. Luccheni a kikötõhöz vezetõ úton várta lesben, a császárnéra vetette magát, és ráspolyt döfött a szívébe. Erzsébet a földre rogyott, majd rémülten fel is állt, és abban a hiszemben, hogy csak ellökték, gyorsan a hajóra sietett, nehogy lekésse. Nem sokkal késõbb a császárné összeesett, és csak a fûzõje megnyitásakor fedezték fel az apró szúrt sebet. A hajó azonnal visszafordult, a halálosan megsebesített császárnét visszavitték a szállodába, ahol rövidesen azonban meghalt. Amikor Ferenc József megkapta a hírt, csak annyit mondott: „Nem is tudják, mennyire szerettem ezt a nõt.“.