יש הטוענים כי לדעת הרמב"ם דין מלחמת מצווה שייך רק בזמן שבית המקדש קיים, ומוכיחים זאת מדבריו בספר המצוות, שפשוט לכול שמלחמה תלויה במלך, בעצת סנהדרין, בכוהן גדול ובבית המקדש. לפי זה, המלחמות שלנו היום מוגדרות אינן מלחמות מצווה!
אולם, ברוב הדפוסים של הרמב"ם לא נזכרת מלחמת מצווה בעניין זה, אלא רק: מלחמת רשות, כך שהרמב"ם דיבר דווקא במלחמת רשות, ואליה אפשר לצאת רק בזמן המקדש ורק על פי סנהדרין וכוהן גדול, אך למלחמת מצווה – יוצאים תמיד! ובאמת, היעלה על הדעת שמלחמת מצווה תהיה תלויה במשהו? וכי אם יבואו אויבינו להילחם בנו, לא תהיה עלינו מצווה להילחם חזרה כי אין לנו מקדש, סנהדרין וכוהן גדול?!
כמו כן, על פי ההלכה יש מצווה לצאת ולהילחם, אפילו בשבת, בגויים הבאים על עיר סְפַר, כדי שלא יפלשו לארץ, והלכה זו נפסקה ב"שולחן ערוך", שהוא ספר הלכה לימינו, ומכאן ברור שהמצווה להילחם קיימת גם בימינו ואינה תלויה בדבר.