上期《时空穿梭——哈利波特新故事书之2》讲到比赛的第二个项目结束后，哈利波特的儿子和他的朋友们返回现在，但哈利波特的儿子不见了。朋友们借助时空穿梭机回到过去，试图把历史改回到原来的样子。他们努力两次，终于成功了，并找回了哈利波特的儿子。此后，他们一起要毁掉这个危险的时空穿梭机。然而一个陌生的女巫出现了，她是伏地魔的女儿！她试图利用尚未毁掉的时空穿梭机复活伏地魔。历史将因此再次被改变。伏地魔的女儿回到了哈利波特的父母死亡的时刻，她想要阻止伏地魔杀害哈利波特。哈利波特借助另一台时空穿梭机也回到了历史中。他们一起战胜了伏地魔的女儿，历史重新回到了原来的样子。