We wrześniu 1898 roku Elżbieta udaje się na parotygodniową kurację do Territet koło Montreux, zaś 9 września wraz ze swoją damą, hrabiną Irmą Sztaray, wyrusza na wycieczkę do Prégny, aby odwiedzić baronową Rothschild. Wieczorem wracają do Genewy, gdzie nocują, aby następnego dnia powrócić do Montreux. Ponieważ Elżbieta podróżuje jako prywatna osoba, używa także tym razem, jak już wielokrotnie to czyniła, nazwiska hrabiny Hohenembs, będącego jednym z jej tytułów. Pod tym nazwiskiem melduje się również w genewskim hotelu „Beau Rivage”. Jednakże następnego dnia, w wyniku niedyskrecji właściciela hotelu, genewski dziennik informuje, że w tym hotelu zatrzymała się cesarzowa Austrii. Notatkę tę czyta także Luigi Lucheni, włoski anarchista, który właściwie zamierzał zamordować w Genewie pretedenta do francuskiego tronu, księcia Orleanu. Jednak w ostatnim momencie książę zmienił trasą swojej podróży i nie zjawił się w Genewie. Nie przeszkadza to wszakże Lucheniemu – los zrządził, że nadarzyła mu się naprawdę prominentna ofiara. Przedpołudniem dziesiątego września Elżbieta udaje się w Genewie na zakupy i odwiedza swoją ulubioną cukiernię. W południe zamierza udać się na pokład statku liniowego, by tą drogą powrócić do Montreux. Na drodze do przystani czycha na Elżbietę Lucheni, rzuca się na nią i pilnikiem zadaje jej cios w pierś. Elżbieta upada na ziemię, ale zaraz po uderzeniu wstaje, gdyż nie chce spóźnić się na statek. Jest przekonana, że obcy tylko ją przewrócił, i szybko wsiada na statek. W parę chwil później mdleje. Po rozpięciu gorsetu pokazuje się malutka kłuta rana. Statek natychmiast zawraca, śmiertelnie ranną cesarzową przenoszą do hotelu, gdzie Elżbieta wkrótce potem umiera. Gdy Franciszkowi Józefowi przynoszą wiadomość o śmierci żony, cesarz mówi do swojego adiutanta: „Hrabio, pan nie wie, jak bardzo kochałem tę kobietę.“