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这篇文章介绍了一种名为 DeepCor 的新型功能性磁共振成像（fMRI）去噪方法，它利用对比变分自动编码器（CVAE）来有效地区分神经信号和噪声。该方法通过训练深度生成模型，将感兴趣区（ROI）特有的信号特征与非感兴趣区（RONI）共享的噪声特征分离。在对多种模拟数据集进行的广泛评估中，DeepCor 持续优于 现有技术，包括CompCor和DeNN，例如在逼真合成数据中实现了高达339%的改进。当应用于真实任务fMRI数据时，DeepCor成功地 增强了血氧水平依赖（BOLD）信号 对面部刺激的响应，其性能比CompCor提高了215%。DeepCor的优势在于其鲁棒性强、适应性广，并且能够在 单个参与者内部 进行独立训练，适用于任务和静息态实验设计。

References:

• Zhu Y, Aglinskas A, Anzellotti S. DeepCor: denoising fMRI data with contrastive autoencoders[J]. Nature Methods, 2025: 1-4.

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这项研究使用单细胞全基因组和RNA测序技术，对高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中全基因组加倍 (WGD)的动态及其后果进行了深入分析。研究证实WGD是一个持续的突变过程，能显著增加肿瘤内的染色体不稳定性（CIN）和细胞多样性，并且研究人员开发了doubleTime方法来追踪WGD事件在肿瘤进化中的精确时间。含有高比例WGD细胞的肿瘤（WGD-high）展现出独特的表型，包括细胞周期失调和微核率升高。然而，与WGD-low肿瘤中CIN与炎症信号正相关的情况不同，WGD-high肿瘤通过转录抑制STING1蛋白等机制，主动削弱了细胞固有的抗病毒和干扰素信号传导。这些发现共同确立了WGD在HGSOC中既是推动肿瘤进化的驱动力，也是导致免疫抑制微环境形成的关键因素。

References:

• McPherson A, Vázquez-García I, Myers M A, et al. Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer[J]. Nature, 2025, 644(8078): 1078-1087.

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这篇文章探讨了转移性黑色素瘤细胞如何在淋巴结微环境中进行代谢适应，从而产生了一种新的治疗弱点。研究发现，在淋巴结的低氧条件下，主要的抗铁死亡机制：GPX4-GSH轴被削弱，因为GPX4蛋白经历了泛素化-蛋白酶体介导的降解。作为对这种损失的响应，黑色素瘤细胞增加了对并行保护系统铁死亡抑制蛋白 1 (FSP1)的依赖，该蛋白在细胞核周围的溶酶体处富集。至关重要的是，作者证明了使用抑制剂来靶向 FSP1 可以有效抑制肿瘤生长，但这仅限于淋巴结内的肿瘤。这些结果确立了 FSP1 作为一种有前景的、环境依赖型单药治疗策略，用于阻止黑色素瘤在淋巴系统中的转移进展。

References:

• Palma M, Chaufan M, Breuer C B, et al. Lymph node environment drives FSP1 targetability in metastasizing melanoma[J]. Nature, 2025: 1-10.

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这篇报告对用于整合复杂单细胞多模态组学数据的计算方法进行了系统性评估。研究将40种现有集成方法归类为四种主要类型：垂直、对角线、马赛克和交叉集成。这些方法在一系列任务中得到了基准测试，包括降维、批次校正、聚类、分类和空间配准。分析结果表明，方法的性能表现高度依赖于所选择的评估指标、具体的任务以及数据集的特点。鉴于这种依赖性和性能上的权衡，该研究提供了一份实用指南，帮助研究人员根据其数据特性和分析目标选择最合适的集成工具。

References:

• Liu C, Ding S, Kim H J, et al. Multitask benchmarking of single-cell multimodal omics integration methods[J]. Nature Methods, 2025: 1-12.

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这篇研究深入探讨了在持续抗原刺激下，肿瘤引流淋巴结如何维持干细胞样CD8+ T细胞（TSL细胞）的存活和功能。研究结果表明，这些TSL细胞聚集在树突状细胞附近的特定抗原提呈生态位中，并持续接收T细胞受体信号，但同时表达高水平的PD-1抑制分子。令人意外的是，持续的抗原信号并非导致细胞走向终末效应分化，而是在抑制性PD-1通路的调控下，促进了TSL细胞的增殖和自我更新。该调控机制支持了具有最高T细胞受体亲和力的克隆选择性扩增和保留，从而确保了高效能效应细胞的持续供应。然而，研究发现PD-1检查点阻断治疗破坏了这一关键的负反馈回路，导致这些最具抗肿瘤活性的高亲和力干细胞样前体细胞过早分化或凋亡，这引发了关于免疫疗法长期有效性的重要疑问。

References:

• Hor J L, Schrom E C, Wong-Rolle A, et al. Inhibitory PD-1 axis maintains high-avidity stem-like CD8+ T cells[J]. Nature, 2025: 1-11.

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该研究利用一个包含跨越数十年的近45万狩猎记录的庞大数据集，对亚马逊地区的野生肉类消费和生产力进行了全面的地理空间评估。结果显示，野生肉类为近1100万农村居民提供了至关重要的蛋白质和微量营养素，对保障其营养安全至关重要。研究估计该地区每年可食用野生肉产量约为0.34百万吨，其中仅20个动物分类群就贡献了提取生物量的绝大部分。然而，在遭受严重森林砍伐、人口密度高或靠近城市中心的地区，人均野生肉类的可获得性显著下降，生产力降幅高达67%。因此，作者强调迫切需要维护森林生态系统的完整性，以此来保护生物多样性、维系传统的食物体系，并确保亚马逊人民的健康与福祉。

References:

• Antunes A P, de Araujo Lima Constantino P, Fa J E, et al. Healthy forests safeguard traditional wild meat food systems in Amazonia[J]. Nature, 2025: 1-9.

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本研究深入探究了人类颞上回（STG）如何处理语音，旨在区分独立于语言经验的普遍机制和依赖于学习的特定语言机制。通过对单语和双语参与者进行高密度皮层电图（ECoG）记录，研究人员发现STG对母语和外语均表现出相似的总体活动，并且一致地编码了共享的声学-语音特征。然而，只有在听母语时，STG才显示出对更高级别语言结构信息的显著增强编码，包括词边界、词频和特定于语言的音序统计信息。在双语者中，这种强大的词汇和序列信息编码则体现在所有熟悉的语言中，且使用相同的神经元群体。这些结果表明，语言经验会动态地影响STG的功能，显著增强大脑将连续语流分割成词汇的能力，以弥补纯粹声学信号的不足。

References:

• Bhaya-Grossman I, Leonard M K, Zhang Y, et al. Shared and language-specific phonological processing in the human temporal lobe[J]. Nature, 2025: 1-12.

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这篇文章提供了对克罗恩病（CD）瘘管的分子基础进行理解的高分辨率空间和单细胞图谱，该瘘管是一种导致高发病率的异常隧道结构。通过对68个瘘管的分析，研究确定了独特的细胞群，特别是瘘管相关基质（FAS）成纤维细胞，它们以同心层形式排列，驱动着瘘管的形成和持续。FAS细胞被认为是疾病的关键驱动因素，它们通过复杂的免疫-基质串扰和上皮细胞再生信号，指导着激烈的细胞外基质（ECM）重塑。此外，研究揭示了发育转录因子如TWIST1和OSR2参与调控FAS细胞功能，促进了组织的侵袭性。与溃疡中的FAS样细胞不同，瘘管中的FAS亚型显示出独特的基因表达特征，标志着从正常的修复反应转向了异常的组织入侵和稳定。作者指出，针对这些独特的FAS亚群，有望开发出新的治疗方法来阻止瘘管的出现或增强其修复。

References:

• McGregor C, Qin X, Jagielowicz M, et al. Spatial fibroblast niches define Crohn’s fistulae[J]. Nature, 2025: 1-10.

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本研究探讨了去势抵抗性前列腺癌 (CRPC) 产生耐药性的机制，尤其关注其向高侵袭性的神经内分泌亚型（CRPC-NE）演变的路线。通过对小鼠和人类类器官模型进行分析，研究人员发现组蛋白甲基转移酶 NSD2 是驱动谱系可塑性并维持这种耐药神经内分泌状态的关键因子。在机制上，NSD2通过调控 H3K36me2 组蛋白标记来维持抗性，高 NSD2 表达与患者较差的总生存率显著相关。重要发现是，基因靶向或药物抑制 NSD2 能够逆转神经内分泌表型，促使细胞重新表达雄激素受体（AR）。这种逆转有效地 恢复了 CRPC 细胞对雄激素受体抑制剂恩杂鲁胺的敏感性，为治疗晚期前列腺癌提供了联合抑制 NSD2 和 AR 通路的临床前依据。

References:

• Li J J, Vasciaveo A, Karagiannis D, et al. NSD2 targeting reverses plasticity and drug resistance in prostate cancer[J]. Nature, 2025: 1-11.

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这项研究开发了一种新颖的双源计算模型，旨在同时绘制人类大脑中躯体定位（触觉）和视野范围（视觉）的图谱。通过分析静息态数据，该模型成功揭示了经典的躯体感觉区域内固有的躯体定位组织结构。关键发现是，当参与者观看自然视频时，躯体定位的连接性显著增强，并扩展到通常被认为是纯粹视觉的背外侧视觉皮层。在这些区域内，视觉和躯体感觉的表征被发现是拓扑对齐的，揭示了一种跨模态的计算机制。这种对齐使得体感调整能够预测像素对视觉场位置或视觉身体部位类别的选择性。最终，研究提出这种视觉-体感图谱的桥接机制，是形成具身视觉体验以及支持动作、社会认知和语义处理的计算基础。

References:

• Hedger N, Naselaris T, Kay K, et al. Vicarious body maps bridge vision and touch in the human brain[J]. Nature, 2025.

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