Về mặt lý thuyết, cơ chế tự chủ được xem là chính sách “cởi trói” cho các đơn vị y tế công lập từng bước chủ động nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh. Tuy vậy, tình trạng không có bệnh nhân, không có doanh thu, khó đảm bảo đời sống cho cán bộ, nhân viên y tế đang là thực tế mà hầu hết các bệnh viện tự chủ phải đối diện.