La PNC surgió como resultado de la firma de los Acuerdos de Paz, en 1992, que pusieron fin a la guerra civil que se había extendido por más de una década en El Salvador.
En los Acuerdos de Paz se establecía la obligación del Estado de desmovilizar a los antiguos cuerpos de seguridad, Guardia Nacional, Policía Nacional y Policía de Hacienda, que habían sido señalados por múltiples violaciones a los derechos humanos antes y durante el conflicto armado, por ese motivo se acordaba la reforma constitucional para crear la Policía Nacional Civil, como nuevo cuerpo policial que debía estar basado en una doctrina civilista y democrática.
Los Acuerdos de Paz también establecieron la creación de la Academia Nacional de Seguridad Pública, para adiestrar a los agentes y oficiales de la PNC; los planes educativos de esta institución deberían capacitar al nuevo cuerpo policial en el respeto a los derechos humanos de los ciudadanos.
Pese a ese esfuerzo y a casi 31 años de esta firma, el actual gobierno parece ir contracorriente, dicen los analistas y expertos en derechos humanos que denuncian violaciones sistemáticas por parte de elementos de la Fuerza Armada que realizan tareas que son de competencia de la PNC.
Por su parte, Marvin Reyes lamentó que el director general de la PNC esté haciendo un trabajo político y pidió que se estableciera una nueva forma de elegirlo y que no dependa del presidente de la República.