鄭成功北伐兵敗，損失慘重，再無北伐能力。於是鄭成功決定接納荷蘭通事何斌的獻策，將目標轉向當時被荷蘭人統治的台灣。

永曆十五年，公元1661年初，鄭成功親率將士二萬五千、戰船三百艘，自金門出發，先攻克澎湖，然後向台灣進軍。四月初六日，鄭成功進駐普羅民遮城，改稱為赤嵌樓，設立東都承天府，並設天興、萬年二縣，屯兵墾殖，長期固守。但荷蘭台灣長官揆一仍然據守熱蘭遮城，與鄭軍對峙八個月。

永曆十五年十二月二十一日，揆一見大勢已去，率領敗軍退走，鄭成功完成收復台灣。