स्कूल के टाइम टेबल में पहली कक्षा ज्योतिष विषय की थी। जिसमें प्रोफेसर ट्रिलॉनी ने हैरी के कप में चाय की पत्तियों में ग्रिम की आकृति देख ली और इसे बहुत बड़ा अपशगुन बताया ।जिससे सभी क्लास के बच्चे दहशत में आ गए। क्योंकि उन्होंने कहा कि हैरी को बहुत खतरा है ।अगली कक्षा रूप परिवर्तन की थी ।इसके बाद तीसरी कक्षा थी- जादुई प्राणियों की देखभाल विषय की। पढ़ाने वाले शिक्षक थे रूबियस हैग्रिड। हैग्रिड ने सबसे पहली कक्षा में ही गरुड़ाश्व को छात्रों के सामने प्रस्तुत किया । हैरी ने बकबील नाम के गरुड़ाश्व के सिर झुकाने के बाद उसकी सवारी की ।इसके बाद मेल्फॉय ने उसके ऊपर हाथ फेरा और गरुड अश्व को बुरा भला कहा ।इससे बकबील बुरा मान गया और उसने अपने पंजे से मेल्फॉय को घायल कर दिया । रात के समय हैरी, रॉन तथा हर्माइनी हैग्रिड से मिलने उसकी झोपड़ी में गए जहां पर हैग्रिड चिंतित दिखाई दे रहा था। फिर वह हैरी की सुरक्षा को लेकर अधिक परेशान हुआ और उसने उन्हें अपने यहां आने से मना किया। हैग्रिड उन्होंने स्कूल तक छोड़ कर आया।

स्कूल पहुंचने के लिए सभी छात्र हॉगवर्ड्स एक्सप्रेस में बैठ गए। हैरी, रॉन तथा हर्माइनी जिस कंपार्टमेंट में बैठे, उसी में प्रोफ़ेसर ल्यूपिन बैठे हुए सो रहे थे । हैरी, रॉन तथा हर्माइनी काफी देर तक सीरियस ब्लैक के बारे में बातें करते रहे । फिर अचानक ही ट्रेन रुक गई और एक नकाब जैसा पहने हुए दम पिशाच ट्रेन के दरवाजे से अंदर घुस आया। हैरी बेहोश हो गया और उसी स्थिति में उसने अनुभव किया कि उसे एक औरत की चीख़ सुनाई दे रही है ,जो गिड़गिड़ा रही है ,रो रही है । हैरी उसकी मदद करना चाहता है परंतु उसके हाथ नहीं उठ पा रहे ।उसकी आंखें नहीं खुल पा रही। फिर कुछ देर बाद वह होश में आया तो उसने देखा कि सभी उसे घेरे खड़े थे प्रोफ़ेसर ल्यूपिन ने उसे चॉकलेट का टुकड़ा दिया, जिसे खाने के बाद उसे अच्छा लगा। स्कूल में पहुंचकर वे सब दावत में शामिल हुए ,जहां प्रोफेसर डम्बलडोर ने छात्रों को चेतावनी दी कि होगवार्ट्स स्कूल के सभी दरवाजों पर दम पिशाचों का पहरा है। इसलिए कोई भी छात्र बाहर ना निकले । सीरियस ब्लैक महल में न पहुंच जाए इसलिए जादू मंत्रालय की यह व्यवस्था है। इसके बाद डम्बलडोर ने उन्हें 2 शिक्षकों से परिचित कराया । जिनमें से एक तो प्रोफेसर ल्यूपिन थे जो गुप्त कलाओं से रक्षा विषय के अध्यापक थे, और दूसरे थे जादुई प्राणियों की देखभाल विषय के नए अध्यापक रूबियस हैग्रिड।

रिसती कड़ाही में रहते हुए हैरी पॉटर स्कूल से संबंधित अपनी किताबें तथा अन्य सभी सामान खरीद लेता है। वहां पर उसे जादुई झाड़ू का नया मॉडल फायरबोल्ट भी देखने को मिलता है। कुछ दिनों में वहां हर्माइनी तथा रॉन का पूरा परिवार भी पहुंच जाता है। वे सब भी अपनी अपनी किताबें तथा सामान खरीद लेते हैं । रॉन की नई छड़ी भी आ जाती है । हर्माइनी एक बिल्ली खरीदती है और रोल अपने बीमार चूहे की जांच कराता है जहां से वह उसके लिए एक टॉनिक लेकर आता है । मिस्टर और मिसेज वीज्ली के बीच बहस होती है- मिस्टर बिजली कहते हैं कि हैरी को सब कुछ पता रहना होना चाहिए, क्योंकि वह सावधान रह सके । किंतु मिसेस वीज़्ली का कहना था कि सभी बात सुनकर हैरी दहशत में आ जाएगा । इसलिए सीरियस ब्लैक से संबंधित कोई भी बात उसे नहीं बताई जानी चाहिए। हैरी यह सभी बातें अनजाने में ही सुन लेता है।

घर छोड़कर निकले हुए हैरी पॉटर को जादूगरों की नाइट बस मिल जाती है ,जो उसे रिसती कढ़ाही तक पहुंचा देती है ।वहां पर जादूमंत्री कार्नेलियस फ़ज उसे मिलते हैं । उसे टॉम की बीयर बार में ले जाते हैं।वहीं सराय में एक कमरा हैरी के लिए मिल जाता है। वे हैरी को बताते हैं कि उसकी आंटी को ठीक कर दिया गया है, और उनकी याददाश्त दुरुस्त कर दी गई है। अब उन्हें इस दुर्घटना के विषय में कुछ भी याद नहीं है। हैरी उनसे पूछता ही कि क्या उसे स्कूल से निकाल दिया जाएगा? या उसे अन्य कोई सजा मिलेगी? फ़ज उससे कहते हैं कि -"हम इतनी छोटी सी बात के लिए तुम्हें अज़्काबान तो नहीं भेज सकते"। तुम शायद स्कूल से निकलना भी पसंद ना करो , इसलिए हम ऐसा कुछ भी नहीं करने वाले हैं। हैरी निश्चिंत होकर कमरे में पहुंचता है जहां हेडविग उसका इंतजार कर रही है। वह निश्चन्त होकर सो जाता है।

प्रिविट ड्राइव में रहने के लिए वरनॉन अंकल की बहन मार्ज आंटी एक हफ्ते रहने के लिए आई मार्ज हैरी को बिल्कुल भी पसंद नहीं करती ।वह हमेशा उसे बुरा बोलतीं हैं ,उसके माता-पिता के बारे में बुरी बातें कहतीं हैं ।इस बार तो हद ही हो गई जब उन्होंने उसे गंदी पैदाइश कहा तथा उसके पिता को आवारा, आलसी और नालायक बताया।उसकी मां के बारे में यह कहा कि वे उस आवारा के साथ भाग गई थी। हैरी कंट्रोल नहीं कर सका और उसने उन्हें सबक सिखा ही दिया। मार्ज आंटी शराब पीकर वैसे ही बहक रही थी किंतु अचानक ही फूलने लगी। वह फूल कर छत से जा लगी । वरनॉन अंकल ने उन्हें नीचे लाने के लिए पकड़ा तो वह भी हवा में उठ गए।उनके कुत्ते ने वरनॉन अंकल के पैर में काट के लिया। हैरी जल्दी से अपने सामान को बटोरने लगा और सीढ़ियों के नीचे की अलमारी से अपने सन्दूक को निकाल लाया। वरनॉन अंकल उसके पास पहुंचे और गरज कर बोले मार्ज को ठीक करो। हैरी गुस्से में था उसने उन्हें छड़ी दिखाते हुए कहा- आप रास्ते से हट जाएं। वह इसी लायक हैं, और अपना संदूक घसीटते हुए घर से बाहर निकल गया।

इस समय गर्मी की छुट्टियां चल रही थीं। हैरी पॉटर अपने अंकल ,आंटी के घर छुट्टियां काट रहा था। यहां पर उसे जादू करने या जादूगरों की बात करने की भी इजाज़त नहीं थी। वह अपना होमवर्क रात को सबसे छुपकर करता था और उसे अपने मित्रों से पत्र व्यवहार करने की भी आजादी नहीं थी। लेकिन 31 जुलाई की रात को हैरी पॉटर ने छुप कर अपना निबंध लिखा, और इसके बाद खिड़की में खड़ा हो गया। रात के 1:00 बज रहे थे और उल्लू उसके मित्र रॉन का तथा हर्माइनी का साथ ही हॉगवर्ड्स के रखवाले हेग्रिड का पत्र तथा तोहफा लेकर आया था। इसके अलावा हॉगवर्ड्स से सूचना आई थी कि 1 सितंबर से स्कूल खुल रहा है। पुस्तकों की सूची संलग्न है, तथा हॉग्समीड में जाने की लिए अनुमति पत्र पर गार्जियंस के हस्ताक्षर आवश्यक हैं। अनुमति पत्र भी संलग्न था। आज हैरी अत्यंत प्रसन्न था, क्योंकि पहली बार उसके जन्मदिन पर अच्छे तोहफे तथा दोस्तों के ख़त मिले थे।

प्रोफेशन मैकगोनिगल के ऑफिस में प्रोफेसर डम्बलडोर और मिस्टर तथा मिसेस वीज्ली आ चुके थे। हैरी से उन्होंने पूरी घटना का विवरण सुना। डम्बलडोर ने जिनी को मिस्टर और मिसेज वीज्ली के साथ अस्पताल भेज दिया ।प्रोफ़ेसर मैकगोनिगल जश्न की तैयारियां करने के लिए मुख्य हॉल में चली गई ।फिर उन्होंने लॉकहार्ट के साथ रॉन को भी वहां से अस्पताल भेज दिया। अब कमरे में केवल प्रोफेसर डम्बलडोर और हैरी थे । हैरी ने अपने मन की बातें उन्हें बताईं- उसे लगता है कि उसकी सही जगह नागशक्ति हाउस है, क्योंकि वह सर्पभाषी है साथ ही टॉम रिडल ने भी अपनी तथा उसकी समानताओं के बारे में कहा था। तब डम्बलडोर ने उसे समझाया कि केवल योग्यताओं से कुछ नहीं होता। हम जो कुछ भी कर रहे होते हैं , यह हमारे निर्णयों पर निर्भर करता है। तुमने बोलती टोपी से गरुणद्वार की तलवार निकाली, यह एक सच्चा गरुण द्वार वाला ही कर सकता है , और कोई नहीं । तभी वहां पर डॉबी सहित मिस्टर लूसियस मेल्फॉय आते हैं, डम्बलडोर उन्हें बताते हैं कि उनके तमाम गवर्नरों ने उन्हें उल्लू भेजकर वापिस स्कूल बुलवाया है। मेल्फॉय इस पर गुस्सा होकर वापस जाते हैं। हैरी उन्हें टॉम रिडल की डायरी अपने मोजे में रखकर वापस देने दौड़कर बाहर जाता है। वे डायरी को मोजे से बाहर निकाल कर मोज़े को फेंक देते हैं ।डॉबी वह मोज़ा उठा लेता है और आजाद हो जाता है। स्कूल में जश्न मनाया जाता है जिसमें सभी शामिल होते हैं। हर्माइनी तथा अन्य बेजान विद्यार्थी ठीक हो चुके हैं। बड़ा ही खुशी का माहौल है। और फिर अंत में घर वापसी का समय आ गया सब अपने अपने घर वापस जाने के लिए ट्रेन में बैठ गए।

तहखाने में आगे बढ़ते हुए हैरी पॉटर वहां पहुंचा जहां एक मूर्ति बनी हुई थी। उसके पैरों के पास जिनी लेटी हुई थी। ऐसा लग रहा था जैसे वह मर चुकी हो। हैरी ने उसे कई बार हिलाया और कहा- जिनी ! उठो। किंतु उसके पीछे से आवाज आई ।"वह नहीं उठेगी" हैरी ने देखा कि उसके पीछे टॉम रिडल खड़ा था । हैरी की छड़ी उसके हाथ में थी। उसने अपना परिचय दिया कि वही लॉर्ड वोल्डेमोर्ट है। हैरी स्तब्ध रह गया ।इसके बाद रिडल ने उस कालदृष्टि सांप का आह्वान किया। नागेश नागशक्ति के मूर्ति के मुंह में एक विशाल छेद हो गया और उसमें से सांप बाहर आने लगा। तभी वहां डम्बलडोर का पक्षी ज्वाला पहुंच गया जो बोलती टोपी ले कर आया था। ज्वाला ने कालदृष्टि की आंखें अपनी चोंच से फोड़ दी। हैरी सहायता के लिए बुलाने लगा - कोई तो सहायता करो। तभी कालदृष्टि ने अपनी पूंछ पटकी जिससे बोलती टोपी सीधे हैरी के हाथ में गिरी , उसमें से एक तलवार निकली, जिसे लेकर हैरी ने उसे सीधे नाग के मुंह में गाड़ दिया। सांप ने अपना दांत तब तक हैरी की बाँह में गड़ा दिया था, जिसमें से खून बहने लगा । हैरी को लगने लगा कि सब कुछ धुंधला होता जा रहा है। रिडल जोर से हंसा और उसने कहा अलविदा हैरी पॉटर। ज्वाला ने आकर हैरी के घाव पर अपने आंसू गिराए, जिससे घाव भर गया और हैरी फिर से ठीक हो गया। हैरी ने कालदृष्टि का दांत उस डायरी में जोर से गड़ा दिया जिससे उसमें से स्याही की धाराएं बह निकलीं,और उस डायरी में बंद लॉर्ड वॉल्डेमोर्ट की याद जो टॉम रिडल के रूप में थी वह भी नष्ट हो गई ।हैरी जिनी, रॉन तथा लॉकहार्ट को लेकर ऊपर जाने के लिए पाइप की तरफ बढ़ा। ज्वाला उनके आगे आ गया उसके पंख पकड़कर वे सभी ऊपर की तरफ उड़े ,और प्रोफ़ेसर मैकगोनिगल के ऑफिस के सामने पहुंच गए।

हैरी और रॉन मायूस मीना से मिलने लड़कियों के बाथरूम में जा रहे थे तभी प्रोफेसर मैक्गोनेगल उन्हें मिल जाती हैं। हैरी बहाना बनाता है कि वे तो छुपकर हर्माइनी से मिलने की प्लानिंग कर रहे थे। प्रोफेसर उन्हें इज़ाज़त दे देती हैं। वे दोनों हॉस्पिटल जाते हैं जहाँ पत्थर की मूर्ति बनी हर्माइनी के हाथ से हैरी को एक किताब का छपा हुआ कागज़ मिलता है। तहख़ाने के जानवर के विषय में सब विस्तार से लिखा होता है। तभी जिनी वीज्ली को जानवर तहख़ाने में खींच ले जाता है। हैरी, रॉन और लॉकहार्ट को साथ लिए मीना के बाथरूम के सिंक से होकर पाइपों के रास्ते मीलों नीचे तहख़ाने में कूद जाता है। वहाँ लॉकहार्ट रॉन की छड़ी छीनकर उनकी याददाश्त भुलाने की कोशिश करते हैं। छड़ी पलट जाती है और लॉकहार्ट की याददाश्त चली जाती है। छड़ी में धमाका होने से तहख़ाने की दीवार से पत्थर गिरने लगते हैं। हैरी दौड़ कर आगे निकल जाता है। परन्तु रॉन लॉकहार्ट के साथ वहीं फंस जाता है।

हैग्रिड जाते समय यह कह कर गया था कि "मकड़ियों का पीछा करना तो तुम्हारे सवालों के जवाब मिल जाएंगे"। इसलिए रॉन सहित हैरी आधी रात के समय अदृश्य चोगे में छुपे हैग्रिड की झोपड़ी में पहुंचे, फैंग को साथ लिया और मकड़ियों का पीछा करते हुए अँधेरे जंगल में पहुंच गए। वहाँ घोड़े जैसे आकार की मकड़ियां उन्हें पकड़कर एरेगॉग के सामने ले गईं।एरेगॉग वही मकड़ा था जिसे हैग्रिड ने बचाकर जंगल में पहुँचाया था। उसने बताया कि तहख़ाने का जानवे कोई और है। हैग्रिड निर्दोष है। जब हैरी और रॉन वापस लौटना चाहते हैं तो मकड़ियां उन पर हमला कर देती हैं। तभी रॉन की कार अचानक वहां आकर उन्हें बचाकर अंधेरे जंगल से बाहर निकाल लाती है।