Giovanni Pierluigi da Palestrina se narodil v obci Palestrina nedaleko Říma, která byla v té době součástí Papežského státu, a to kolem roku 1525. Jeho rodiče byli poměrně zámožní, vlastnili dům, vinice a pole. Někteří hudební historikové tvrdí, že Giovanni dost možná vyrůstal u své babičky Jacobelly v Římě, a existuje i teorie, že se právě tam i narodil. Další verze říká, že Giovanni Pierluigi da Palestrina Řím poprvé navštívil až v roce 1537, kdy tam byl poslán otcem po smrti matky a kde se stal sboristou v bazilice Panny Marie Sněžné, Santa Maria Maggiore.