Cafodd ei ordeinio gan fynd yn giwrad i Ddinas Powys am dair blynedd a bu ar staff Coleg Mihangel Sant, Caerdydd, am ddwy flynedd yn ogystal ag yn darlithio mewn diwinyddiaeth yng Ngholeg y Brifysgol yng Nghaerdydd.

Aeth Barry Morgan wedyn yn gaplan i Fangor, gan ddarlithio yn y Brifysgol yno cyn symud i Wrecsam fel offeiriad plwy. Fe'i galwyd nôl i Esgobaeth Bangor, i Gricieth, i fod yn Rheithor ac Archddiacon Meirionydd, cyn ei ethol yn Esgob Bangor yn 1993, yn Esgob Llandaf yn 1999, ac yna'n Archesgob Cymru yn 2003.