El programa investiga uno de los grandes asuntos que investigan las fuerzas de Seguridad del Estado. En nuestro país son muchos los casos de desaparecidos que por su extrañeza son catalogados como inquietantes. Personas que de la noche a la mañana se esfuman como si se les hubiese tragado la tierra, sin dejar ni pistas ni huellas. El niño Pintor de Málaga, el niño de Somosierra, el terrible caso de Aurora Mancebo…. ‘Cuarto Milenio’ recorre la geografía española en busca del testimonio de los principales afectados y de alguna pista que pueda esclarecer estos misteriosos sucesos. El investigador y policía nacional -fundador de la brigada de homicidios- Salvador Ortega, expondrá cual es la forma de actuar de las autoridades ante estos enigmáticos casos.

El extraño Ser de Évora. La increíble historia de un sorprendente hallazgo. Un extraño ser, para muchos de origen extraterrestre, fue noticia hace unos años en Portugal. Los testigos y principales implicados en el caso recuerdan ante las cámaras del programa el tremendo impacto que tuvo la aparición del espécimen. El escritor y periodista Javier Sierra, que investigó el asunto, y el subdirector del Museo del Museo de Ciencias Naturales Oscar Soriano analizarán este asombroso encuentro con lo desconocido.

El manuscrito de Villafranca. Un espeluznante suceso que llegó a ser investigado por la Iglesia. Un bebé que dejó estupefactos a los presentes al decir unas palabras en latín. Muchos le tomaron por santa, otros sin embargo llegaron a decir que estaba endemoniada. El sacerdote José Francisco Guijarro, y el psiquiatra forense Dr. José Cabrera darán las claves de esta terrorífica historia.