Tình yêu sôi nổi và nồng nhiệt giữa Núi và Hiền nhanh chóng sinh ra hệ lụy khi cô có dấu hiệu mang thai. Thế nhưng cả hai không thể lấy nhau do có quan hệ họ hàng gần. Hiền xấu hổ đến mức tuyệt vọng, định tự vẫn và gia đình phải đưa cô đi xa để tránh hậu quả xã hội. Lúc này Núi trở nên điên dại, đi tìm cô nhưng không thể biết cô đi đâu.

Trong những ngày sơ tán về vùng quê Kinh Môn, Núi gặp và phải lòng Hiền - cô hàng xóm dịu dàng, hiền lành. Lần đầu yêu trong đời, Núi bắt đầu cảm nhận được những rung động bồi hồi. Tình cảm ban đầu trong sáng nhưng dần dần trở nên sâu sắc hơn. Tuy nhiên, tình yêu ấy sớm gặp phải rào cản của dư luận và tập tục làng xã khi Núi và Hiền có họ hàng xa nên bị ngăn cấm khắt khe.

Khi có lệnh sơ tán do chiến tranh, các gia đình phải tản cư về quê. Tại đây mẹ Núi vẫn tần tảo nuôi con, còn Núi dù còn nhỏ đã sớm trở thành chỗ dựa của cả mẹ và các em. Cậu chăm lo mọi việc trong nhà, dạy các em học, làm ruộng, phụ mẹ giặt giũ, nấu nướng. Trong mắt hàng xóm, Núi là một đứa con ngoan, sống tình cảm và biết nghĩ cho người khác.

"Sóng ở đáy sông" là cuốn tiểu thuyết cô đọng toàn bộ cuộc đời của một lớp người sinh trưởng trong suốt thời kỳ từ khi đất nước còn thuộc Pháp, chiến tranh bảo vệ thống nhất đất nước và thời kỳ giải phóng bao cấp, đổi mới. Tác phẩm đã lột tả một thời kỳ đầy biến động của lịch sử Việt Nam và sự trớ trêu của số phận con người, đặc biệt là nhân vật chính - một người tù ở Hải Phòng tên là Núi.

Năm Binh và Phi Long, hai người bạn cũ từng chung một thế giới giang hồ nay gặp lại khi cả hai bước vào tuổi xế chiều, thân tàn và lòng cũ đầy vết sẹo. Năm Binh đến tìm Phi Long với mong muốn khuyên bạn buông bỏ quá khứ. Nhưng người đàn ông ấy chỉ còn có cái bóng của chính mình, vừa điên dại, vừa cô độc, vừa cay nghiệt với đời.

Minh Tàn, Phi Long, Huấn Tài, những tay giang hồ đã rửa tay giờ phải đối mặt với những trận chiến khốc liệt hơn, đó là nghèo đói, nghiện ngập, tha hóa và sự cô độc của tuổi già.

Sau năm 1975, Minh Tàn mất hết chỗ dựa, không còn hộ khẩu, không nghề nghiệp. Nhờ bạn bè giúp làm giấy tờ giả, ông mới được công nhận là công dân ấp Suối Đục, xã Hòa Thái. Từ đó ông cùng vợ con quay lại Sài Gòn mưu sinh. Ban đầu ông đi phụ hồ, sau được người quen giới thiệu, cho biết đến nghề đi cống. Nghề này cực khổ, hôi hám, nguy hiểm lại đầy ám ảnh.

Minh Tàn từ một gã giang hồ và võ nghệ cao cường nay làm phụ hồ ở Sài Gòn. Cùng nhóm bạn lao động nhập cư, Hiếu và Minh Tàn cùng nhau thông cống thuê, làm việc cực nhọc nhưng gian dối, cố tình bịt cống thoát để khách hàng phải thuê lại sau vài tháng. Sau hai ngày họ kiếm được vài triệu rồi rủ nhau nhậu, trò chuyện về cuộc sống tha hương, tình tiền, nợ nần và cả chuyện gái gú.

Xuân Lan, một người phụ nữ từng có thời sinh viên rực rỡ, được nhiều người theo đuổi, trong đó có Lâm một con nhà giàu của nghị viên chế độ cũ. Tuy nhiên, Lâm lại mắc chứng rối loạn tâm thần. Sau biến cố năm 1975 gia đình Lâm tan nát, tài sản bị tịch thu, mẹ chết, anh bị đưa đi trị bệnh tâm thần rồi trục xuất về nước. Sau khi trở về, Lâm kết hôn với Xuân Lan nhờ bẫy bụng cô giăng ra.

Minh Tàn cùng bạn bè như Lu, Hiếu, Công Pháo sống đời lang bạt, đốt rừng, phát nương, uống rượu và đàn hát giữa núi rừng. Trong những đêm cô quạnh, tiếng đàn của Minh vọng khắp thôn xóm khiến cô gái trẻ Thúy - em gái của Công Pháo, say mê tìm đến. Từ những buổi đàn hát chung, Thúy và Minh Tàn nảy sinh tình cảm, nhưng mối tình đó vấp phải sự phản đối dữ dội của gia đình Thúy.