Một buổi sáng sớm năm 1907 đầy biến động, sau một đêm thức khuya trò chuyện với ông Phạm Khắc Doãn về thời cuộc, ông Sắc được gọi đi làm sớm với yêu cầu mặc thẩm phục đầy đủ. Không khí trong kinh thành Huế bỗng chốc trở nên căng thẳng khi quân Pháp và binh lính thuộc địa diễu hành rầm rập khắp nơi. Trong lớp học, thầy trò đều bàng hoàng vì một biến cố lớn đang âm thầm xảy ra. Sau giờ học, Côn về nhà và thấy cha đang ngồi lặng lẽ trước bàn thờ, hai mắt đỏ hoe. Ông Sắc nghẹn ngào báo tin đau lòng với Côn.

Ông Sắc gặp lại ông Đặng Thái Thân - một người bạn cũ cũng là người được cụ Phan Bội Châu cử đến vận động cho Côn sang Nhật du học. Trên một chiếc thuyền nhỏ có đàn hát, hai người trò chuyện, ông Thân truyền đạt tâm ý của cụ Phan và những người đồng chí mong ông Sắc cho Côn đi Nhật để theo đuổi con đường cứu nước. Ông Sắc xúc động nhưng vẫn muốn hỏi ý kiến con trai trước vì tôn trọng sự trưởng thành và quyết định của con.

Tại Làng Sen, Thanh cùng các cô gái trong xóm chăm chỉ học chữ Quốc ngữ như một phong trào tự học. Họ học để biết viết, để có thể viết thư cho người thân và để không bị coi thường trong xã hội. Trong lúc ấy, ông Đội Quyên, một cán bộ cách mạng bất ngờ ghé thăm nhà ông Sắc. Cuộc gặp gỡ giữa ông và Thanh diễn ra bí mật, nhanh chóng nhưng đầy xúc động. Trong khi đó tại Huế, Phượng Quý bị công tử Tôn Thất Bá theo đuổi một cách thô lỗ và ép buộc. May mắn, Côn xuất hiện kịp thời bảo vệ cô khỏi bị kéo lên xe cưỡng ép.

Thành phố Huế dường như bừng tỉnh sau một mùa hè dài với không khí tươi mới và nhộn nhịp. Cổng trường chào đón học sinh, phụ huynh và thầy cô, mỗi người đều mang trong mình một câu chuyện riêng, một dáng vẻ khác biệt phản ánh những lớp xã hội đa dạng. Côn tuy háo hức nhưng cũng đầy trăn trở khi đối diện khẩu hiệu Tự do - Bình đẳng - Bác ái.

Trong một buổi sáng sớm, bên dòng Hương Giang, những người bạn trẻ: Hùng, Côn, Khiêm, Cần, Phượng, Quý và Diệp Văn Kỳ lại hẹn nhau rong chơi nhưng không chỉ để ngắm cảnh hay vui đùa. Mỗi bước chân, mỗi lời nói của họ đều mang theo những khát vọng thầm kín, những hoài bão đang lớn dần trong một giai đoạn đầy biến động của đất nước. Những câu chuyện tưởng như chỉ để giải khuây dần hé mở tâm thế của cả một thế hệ thanh niên đang thao thức trước vận mệnh dân tộc. Trong tiếng cười trong trẻo, trong giọng hát ngọt ngào của thiếu nữ xứ Huế và cả trong ánh mắt rực sáng của người bạn tên Côn thấp thoáng hình hài một tương lai mà họ đều đang chờ đợi, đang muốn góp phần đổi thay.

Ông Nguyễn Sinh Sắc cùng hai con trai là Khiêm và Côn chuẩn bị vào Huế nhận chức quan do triều đình bổ nhiệm. Cô Thanh được giao ở lại quê nhà để trông coi nhà cửa, ruộng vườn và hương hoả. Ông Sắc xúc động, day dứt vì những thiệt thòi mà đứa con gái của ông phải chịu đựng. Giữa lúc chuẩn bị lên đường, một tin dữ lan truyền khi vua Thành Thái bị thực dân Pháp bắt, kinh thành Huế có biến. Cả nhà ông Sắc hoang mang chưa rõ nên đi tiếp hay dừng lại nhưng rồi họ vẫn quyết định tiếp tục hành trình.

Khoảng thời gian tháng 9 năm 1905, Côn và Khiêm được gửi lên Thành Vinh theo học Trường Tiểu học Pháp Việt. Trong buổi khai giảng đầu tiên, cả hai choáng ngợp trước không khí trang trọng và bài diễn văn ca ngợi nước Pháp với ba khẩu hiệu "Tự do - Bình đẳng - Bác ái". Những lời lẽ ấy khiến Côn băn khoăn khi so với thực tế, đất nước vẫn đang bị đô hộ. Vào lớp, cậu nhanh chóng bộc lộ khả năng vượt trội khiến cô giáo không khỏi bất ngờ và tính đến việc chuyển cậu lên lớp trên.

Đầu thế kỷ XX, giữa thời cuộc đảo điên khi lòng người phân tán và kẻ sĩ chia đôi ngả vẫn có những bước chân lặng lẽ chọn đi ngược dòng xu thế để giữ lấy chí khí. Ở một căn nhà nhỏ nơi đất khách, ông Sắc bộc lộ mong muốn rời nơi trú ngụ tạm thời tiếp tục cuộc hành trình học hỏi, kết giao, tìm đến những sĩ phu cùng chí hướng trải dài khắp ba kỳ đất nước. Côn nay đã lớn, không giấu nổi sự háo hức trong ánh mắt cậu bé. Những chuyến đi không chỉ là cơ hội mở mang tri thức mà còn là con đường nối dài lý tưởng mà cha và các bậc tiền bối như cụ Phan Bội Châu đã từng theo đuổi.

Sau một hành trình dài, Khiêm và Côn đặt chân đến nhà ông bà Tưởng. Tại đây, họ được đón tiếp bằng tất cả sự nồng hậu và chân thành. Ông Tưởng quý Côn bởi sự lễ phép, điềm đạm và tài chơi cờ khiến bao người nể phục. Dân làng cũng dành cho cậu bé một ánh mắt thiện cảm vì cách cư xử luôn đúng mực và chừng mực hơn tuổi. Những tưởng có thể ở lại lâu hơn để cùng cha yên ổn sống những ngày tháng thanh bình nhưng một linh cảm chẳng lành khiến ông Sắc luôn bồn chồn nóng ruột. Hiểu được nỗi lo của cha, Côn đã rủ anh trai quay về thăm nhà, nơi dường như đang có điều gì đó bất ổn chờ họ ở phía trước.

Tình hình ở làng Sen vẫn diễn ra phức tạp khi người đi cửa rào trở về với thân thể bầm dập, mắt không còn ánh nhìn, có nhà chẳng thấy con em đâu nữa. Không khí u ám nặng nề bao trùm từng nếp nhà, từng bữa cơm của người dân. Giữa lúc đó, triều đình cử giấy mời ông Sắc nhậm chức quan phó bảng. Trong cảnh khó khăn, vinh dự ấy như ánh sáng le lói giữa đêm tối, không chỉ là niềm tự hào của riêng gia đình ông mà còn là niềm an ủi hiếm hoi cho cả làng Sen.