La cultura popular atribuye la causa más frecuente de diarrea a la ingesta de alimentos en mal estado, tal vez contaminados con bacterias. Sin embargo, una causa frecuente de diarrea puede ser el tratamiento de infecciones con antibióticos. El tratamiento con antibióticos puede acabar con miles de millones de bacterias de la flora intestinal que tapizan las paredes de los intestinos. Al desaparecer las bacterias de la pared intestinal, éstas dejan espacio libre que puede ser colonizado por bacterias menos amigables. Un tratamiento eficaz contra la diarrea consiste en el trasplante de heces.