腸内細菌相談室

腸内細菌相談室の鈴木大輔です。

今回のエピソードでは、腸内環境における適応進化についてお話しました！

参考文献：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31028005/

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提供：メタジェンセラピューティクス株式会社

メタジェンセラピューティクスは、腸内細菌を必要な患者さんに届ける「腸内細菌叢バンク」という仕組みを作るために、2023年4月20日 (木)～6月16日 (金) まで、クラウドファンディングに挑戦しています。「腸内細菌ドナー」や「腸内細菌叢バンク」のサポーターになってみたいという方はこちらのページをご確認ください。

●腸内細菌叢バンク/クラウドファンディングについて

https://www.metagentx.com/microbiome-bank/

メタジェンセラピューティクス株式会社について

メタジェンセラピューティクス株式会社は「マイクロバイオームサイエンスで患者さんの願いを叶え続ける」ことをミッションとして、腸内細菌研究に基づいた医療と創薬でソーシャルインパクトを生み出す大学発ベンチャーです。順天堂大学の医師と慶應義塾大学、東京工業大学の研究者が共同創業し、「腸内細菌叢移植療法（FMT）」の社会実装と、「FMT起点のリバーストランスレーショナル創薬」を推進しています。

HP：https://www.metagentx.com/

Twitter：https://twitter.com/metagen_tx

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Artist : Kiichi

マーチングスネアドラマー兼作編曲者

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腸内細菌相談室の鈴木大輔です。

今回のエピソードでは、ここ半年で盛り上がりを見せている細菌製剤の業界についてお話しました！

AnswersNews様の参考記事：https://answers.ten-navi.com/pharmanews/25214/

ご快諾ありがとうございました！

フェリング・ファーマの細菌製剤、Rebyota®のエピソード：https://open.spotify.com/episode/2nnLvTHHfALzlZonvPGM1c?si=PAedg8xWRHKPRhEHM8u6bw

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今回のエピソードでは、種同定の基礎の締めくくりとして、シーケンシングによる種同定の限界点についてお話しました！

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今回のエピソードでは、ショットガンメタゲノムシーケンシングによる腸内細菌叢の種同定についてお話しました。

16S rRNA遺伝子アンプリコンシーケンシングとの比較も含めてお話していきます！

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今回のエピソードでは、腸内細菌叢の具体的な解析手法として、16S rRNA遺伝子アンプリコンシーケンシングによる腸内細菌叢の解析についてお話します！

紹介した解析パイプラインの順序は、バイオインフォマティクスの教科書に記載されています：https://www.kspub.co.jp/book/detail/5138212.html

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今回のエピソードでは、今日の腸内細菌研究には欠かせないデータベースについてお話しました！

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今回のエピソードでは、塩基配列を用いた種同定で欠かせない相同性検索について、大まかな流れとBLASTについてお話しました！

国立遺伝学研究所, 相同性検索プログラムBLASTの内部構造: https://www.ddbj.nig.ac.jp/activities/blast-doc.html

奈良先端大, ペアワイズアライメントと配列相同性解析配列相同性解析: http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/2010/alignment_10Apr20_print.pdf

BLAST論文：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2231712/

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今回のエピソードでは、細菌の種分類と塩基配列の関係として、DNA-DNAハイブリダイゼーション、16S rRNA遺伝子、マーカー遺伝子、ANIの観点からお話しました！今日の内容はちょいムズです！

ANI vs DDHの関係論文①： https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.0409727102#body-ref-ref25

ANI vs DDHの関係論文②：https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.64483-0

ANI vs DDHの関係論文③：https://www.nature.com/articles/s41467-018-07641-9

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今週より、種同定の基礎と題して、腸内細菌の種を決定する方法についてお話します。まずは、種とは何かから一緒に考えてみましょう。

Oxford: Leaner's Dictionaries: https://www.oxfordlearnersdictionaries.com/definition/english/species

筑波大学八畑先生教員紹介の記事：https://cbs.biol.tsukuba.ac.jp/update/398

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今回のエピソードでは、配列決定後のクオリティコントロールについてお話しました！

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