Είναι αποφάσεις που παίρνουμε δικές μας; Υπάρχει ελεύθερη βούληση; Και τι είναι το συναίσθημα; Ο Ηλίας Κούβελας εδώ και αρκετά χρόνια μελετά τον μηχανισμό αλλαγών του ανθρώπινου εγκεφάλου. 

Οι πρόσφατες ερευνητικές του δραστηριότητες εστιάζουν στη μελέτη της επίδρασης των εμπειριών κατά τα πρώτα στάδια της ζωής στη μοριακή δομή του εγκεφάλου και της συμπεριφοράς εφήβων και ενήλικων πειραματόζωων, στις μεταμοσχεύσεις βλαστικών κυττάρων στον εγκέφαλο πειραματικών μοντέλων της νόσου Parkinson, καθώς και στη μελέτη των διαταραχών του λόγου σε ασθενείς που πάσχουν από τη νόσο Parkinson.