1937年12月的南京保衛戰後，36師以相對完整的編制成功撤退至其軍管區江西萍鄉進行整補，並在接下來參與了包括蘭封會戰、武漢會戰；之後最著名的事蹟，便是在1942年後於雲南地區與美英兩國合作進行特種作戰，更在之後的滇西緬北反攻計畫中，擔任Y部隊的要角，成功奪回滇緬公路的控制權，為抗戰勝利奠定重要基石。