La théorie microbienne considère que la survenue de certaines maladies est due à la contamination du patient par des micro-organismes appelés "microbes". Jusqu'à la fin du XIXe siècle, et aux travaux décisifs de Pasteur en la matière, les médecins ne refusaient pas forcément le principe même de cette théorie.

Mais, pour la plupart d'entre eux, les micro-organismes responsables de la contamination ne provenaient pas de la reproduction, d'insectes par exemple. Pour ces médecins, en effet, ils apparaissaient plutôt par génération spontanée. Autrement dit, ils naissaient de la matière inerte.

L'un des premiers à apporter une preuve expérimentale de l'absence de génération spontanée fut le médecin italien Francesco Redi, à la fin du XVIIe siècle. Ayant laissé de la viande dans des bocaux, dont les uns étaient laissés ouverts et les autres fermés, il montra que les asticots n'étaient apparus que dans des endroits accessibles aux mouches.

En parallèle à cette réfutation de la génération spontanée, s'affirme de plus en plus le rôle joué par des micro-organismes dans la transmission des maladies. D'abord parce qu'on peut les voir, notamment grâce aux travaux du savant hollandais Leewenhoek qui, à la fin du XVIIe siècle, apporte des perfectionnements décisifs aux microscopes.

Plus tard, au milieu du XIXe siècle, les observations empiriques d'un obstétricien hongrois, Ignace Semmelweis, contribuent à préciser le rôle de ces agents pathogènes dans le processus de contamination.

En effet, il remarque que la mortalité des femmes accouchées par des médecins qui venaient de pratiquer des autopsies était nettement plus élevée que celle des femmes ayant fait appel à une sage-femme. Il en déduit que des micro-organismes, présents dans les cadavres autopsiés, et responsables des fièvres puerpérales mortelles, ont été transmis aux patientes par les mains des médecins.

À la fin du XIXe siècle, Louis Pasteur démontre, de manière définitive, la théorie microbienne. En prouvant que les micro-organismes apparus dans des bouillons de culture ne pouvaient provenir que de l'extérieur, il montrait l'inanité de la thèse de la génération spontanée, qu'aucun scientifique sérieux ne défendra plus.

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