飞龙号上其实没几架飞机，炸弹都落在甲板的前部和中部。甲板前边1/3完全被炸毁，升降机也被炸飞了。猛烈的大火在烧着，但是消防水龙头里面却没有水。好不容易从下层甲板拉来几根水管，但是机库后边的大火却怎么都灭不掉。

舱内的火越烧越大，通道都被烧的发红了，根本没法走人，只能放弃。损管人员一直忙到半夜11:30。舰长宣布全员集合在航空甲板上。6号的0点10分，飞龙号降下舰旗和将旗。大家在甲板上排好队，先是舰长讲话，然后是第二航空战队的司令官山口多闻讲话。山口说自己应该负全部责任。他决定和军舰一起沉没。其他人全都离开飞龙号，转到驱逐舰上去。只留下他一个人。最后舰长决定留下来陪着山口。两个人在飞龙号上目送大家离开，向大家挥手告别。

驱逐舰向飞龙号发射了鱼雷，大家就撤退了。后来凤翔号的舰载机去巡逻，发现飞龙号还歪歪斜斜的飘在水上。他们马上拍了照片，他们看到飞龙号上还有人走动。山本五十六不放心，派谷风号驱逐舰过去查看，看看能不能挽救飞龙号。谷风号去了以后啥也没看见，其实飞龙号早上8点20分就已经沉了。

既然谷风号啥也没看见，我们怎么知道是8点20分沉没的呢？那是因为飞龙号上还有人没死啊。驱逐舰向飞龙号发射的那枚鱼雷爆炸，把飞龙号给炸了个大洞。结果反倒把困在下层舱室里的39名船员救出来了，本来这些人都绝望了，出不去了，没想到一颗鱼雷打过来，舱壁上出了个大洞，这39个人就顺着大洞钻出来了。

这39个人在海上漂流了13天，期间4人死亡，也就是还剩下35个人，这些人被美国水上飞机给救起来了。当然，这些人少不得被美国媒体拉过去曝光。他们垂头丧气的样子就上了各大报纸的头版。

既然这些人垂头丧气，也就没有军国主义份子的死硬态度。美国人问什么，他们就答什么，真是竹筒子倒黄豆，全都抖嘞出来了。战后他们也没脸再回日本，全都留在了美国。

飞龙号和赤城号一起于9月25号被除籍。