NeuroRadio

１人雑談、１人宣伝、１人お便りフォーム回収回。 (8/15-18 収録)

Show Notes (番組HP):

• お便りフォーム

• ボストンのティラミス屋

• カルマコーヒー

• ファイバーフォトメトリ自作プロトコル 1 2

• iGluSnFR4 プレプリント

• Amo et al. 2024

• Warren Alpert Distinguished Scholar

Editorial Notes:

• ギラデリの塩キャラメル割と好きなのでかりふぉーにゃの人はお土産に下さい。ダークヒーローといえばコードギアスのルルーシュなんですが、今の若い人は知らねーだろーなー。(萩)

定期ゲスト北沢太郎さん(@kitazawa_taro) 回。直近に公開した自身のHisTrac-seqプレプリントと(と競合LagTagプレプリントの)解説回 (8/17 収録)

Show Notes (番組HP):

• HiTrac-seqプレプリント

• LagTagプレプリント

• 北沢ラボ 

• Elowitz lab

• DANDRITE

• Yodai Takei et al. DNA FISH with Long Cai (Caltech)

• DNA Typewriter first author (Choi)

• Dam 元論文とかReviewとか 1 2 3 4

• Dam m6A は DNA replicationまで数時間は残る 1 2

• Jay Schendure

• やちえさんNozomu Yachie

• DNA Typewriter (CRISPR)

• ENGRAM (Enhancer-driven genomic recording of transcriptional activity in multiplex)

• DCM-TM (DNA cytosine methyltranferase time machine)

• Vas ban Steensel

• Jop Kind

• ban Steensel & Kind DamID paper

• dTAG degron

• Dam-Intein protein level translation

• PEST sequence

• Andrea Brand

• Dam protein level regulation with translation reinitiation in vivo

• VVF (AAV)

• Dam single cell paper (plate-based) 1 2 

• 10x ATAC-seq

• single-cell CUT&Tag (10x platform) 1 2

• m6A-tracer live imaging

• nanoCT (nanobody single cell CUT&Tag) 1 2

• Gonçalo Castelo-Branco (Karolinska Institute)

• Plate scDamID (できる人が来た)

• DANDRITE Symposium

• Chao Sun (元Erin Schuman lab)

• Michael Greenberg

• Alex Schier

• Fiona Mullner

• Sadegh (Sadegh Nabavi)

• FMIはERC 75%!

• Thomas Kim

• Seth Blackshaw

Editorial Notes:

• 今年は帰国せず北欧の快適な夏を過ごしてしまいましたが、来年はNeuro (神戸?) 行こうと思っているのでよろしくお願いします！　(北沢)

• 論文が出るから公開タイミングを合わせる、というのはやってきたけど、競合プレプリントが出たから急いで収録・公開というのは初パターン (萩)

• 3年でこんなに進むもんなんですね…ってコメントしようとしたら、去年のエピソードの時点で「2年でこんなに進むもんなんですね」とびっくりしていた。来年はいくら進んでいても驚きません！(脇)

University of South Carolinaで独立した小川優樹さん(@YukiOgawaPhD)ゲスト回。AISに興味を持つようになるまでの過程、ポスドクを行ったBaylor Collegeでの研究、ジョブハント体験記、最新作Hide-and-seekに関するディスカッション、今後の展望について (2/22 収録)

Show Notes (番組HP):

• 小川さんラボHP
• 岡野ジェイムス洋尚ラボ（再生医学研究室）
• Matthew Rasband lab
• 星でやっていた薬物依存の研究
• 岡野ジェイムス洋尚先生
• 慶應の岡野栄之先生
• パーキンソン病患者の脳内に胎児からの幹細胞を打って改善？
• 薬物依存における神経変性： 1 2
• 岡野ジェイムス洋尚先生が昔からやっていた研究の例
• 院でやっていたHuCの研究 (院での研究その1, KIFの内容は論文に出してました by 小)
• Robert Darnell lab
• HITS-CLIP
• KIFレビュー
• Ankyrin Gがなくなると軸索がなくなる (より正確には、「軸索が樹状突起っぽくなる」でした by 小)Neuronの突起はデフォルトが樹状突起になっているようで、軸索へのspecificationにAnkyrinGが関わっています by 小
• 小脳だとHuCが多いのtable2
• 胎児期と大人で変わってくる (院での研究その2)
• 軸索にはDNAがないミトコンドリアが集積する、のプレプリント
• Axon carrying dendriteの報告論文とリップル参加率の違い
• Paclitaxelを培養ニューロンに処理すると軸索が増える：1 2
• 以前に留学していた吉村武先生
• International Society of Neurochemistry (日本神経化学会の国際学会)
• の合宿、advanced school
• 神経化学会の雑誌で記事を書いています by 小
• 山本先生ラボ (その後ゲストとして登場して先に公開されてます)
• MD Anderson Cancer Center
• AISのタンパク質をBioID法で網羅的に解析した論文
• BioID法、元論文
• UCLAでの共同研究先：UCSFでした、間違えました(泣) by 小
• Adelson Foundations
• Mattラボで最初に出したRanbp2論文
• 抗体のクオリティ問題に関するエッセイ
• AAV crude prepのAllenのプロトコルHide-and-Seek論文ではHEKを凍結融解しない方法を採用しています。細胞を壊さないためToxicな成分が少ないのかなと思ってはいますが比較したことはないです。 by 小
• HiUGE法 (HDR非依存ノックイン)
• Mattラボでのメインワーク 日本語の記事
• SLENDR (HDR依存ノックイン)
• vSLENDR (HDR依存ノックイン)
• HITI (HDR非依存ノックイン)
• Split Cas9
• smFP
• スパゲッティ・モンスター教
• 宮脇敦史先生の蛍光タンパク質の本
• TurboID
• UltraID
• 日本で開発されたAirIDは直接相互作用しているタンパクの同定に適しているそうです
• 論文中で使った抗体依存的なビオチン化 1 2 3
• 同時期に出た、permeabilitzation後にラベルした論文 (共同研究その1)
• Split TurboID
• 高野さん
• 高野さんの三者間シナプスでのSplit-TurboID
• Subhojit Roy
• 共同研究その2
• 共同研究その3
• 五十嵐先生
• 井上さんご夫妻
• Outlookでエキスポートする方法
• Carolina Autism and Neurodevelopment (CAN) Research Center
• University of South CarolinaのDepartment of Biological Sciences
• The Medical University of South Carolina
• Hide-and-Seekのプレプリント（が論文になったもの）
• Gephyrinはどこまで重要か、の議論
• Taniguchiさんのシャンデリア論文
• MADM
• Cilia
• セロトニンレセプターが良く出ている
• 池谷研からBLA axo-axonic cell のgenetic labeling
• Intersectional な方法でのaxo-axonic cell labeling
• 興奮性に働くAxo-axonic synapse
• development中のGABAは興奮性
• 大学側がNIHを書くなと言ってくる例
• Zillow (普通留学中はアパートを借りると思いますが、一軒家を借りようとしたので手間取りました。アパートなら普通に借りれたと思います。前ボスからは「5年以上住むなら家を買うのはあり」と言われました。 by 小)
• 羊土社の留学本

• 近接依存性標識プロトコルの本
• 分生でのシンポジウム

• この度は呼んで頂きありがとうございました！ジョブハントは業績も大事ですがマッチングも大事です。論文がトップジャーナルに載らなくても採用のチャンスは十分にあると感じました。またこのラジオで神経分子研究の面白さが少しでも伝わっていれば嬉しいです。研究内容などに興味・ご相談のある方はお気軽にご連絡ください (小川)
• 使ったことはないものの学びたかった手法が盛りだくさんだったので役得感ありました(萩原) 追記:公開までに半年空いた(revisionお疲れ様でした)ので聴き直してみましたが、全然内容覚えてなかったので再び学びがありました。
• 使用しているメソッドの特徴が「これを解析するために作られた！」というくらい興味対象にピッタリとハマっているのが印象的でした (脇)

Klecknerラボ、この秋からUMass アマーストで独立予定、Researchat.fmのTadasu Nozaki (@tadasu443)さんがゲスト。大学の近況、ジョブハント経験談、独立後の研究の方向性、染色体ペアリング馴れ初め、授業計画、遺伝研での生活について (5/25 収録)

Show Notes (番組HP):

• Researchat.fm
• Klecknerラボ … Nancy Klecknerは本当に偉大な研究者だと思う。一緒に仕事できてよかった (tds)。
• 博士の時の代表的な仕事 1 2 …前島先生、そしてたくさんの方にお世話になりました(tds)
• ポスドクの仕事：Rapid homologue juxtaposition
• tadasuの留学紀
• 五十嵐さん回 1 2 3 4
• の就活ノート … 本当にすばらしく参考になりました 。ありがとうございました。(tds)
• 安田さん回 … 背中をおしていただいた回。Ryoheiさんの「アメリカで研究続けるの？」というストレートな問いに、NRの二人がもにょっているのがいい (tds)
• Jeff Lichtman … 名前ど忘れ&読み方分からなかった... (tds)
• NeuroRadio聴いたほうが良いっすよ … 本当にNRの人気が高い (tds)

• ハンナグレイフェローシップ辞めるか否か
• コロンビアは謝ったけど結局予算止まっている

• 永島さんラボ
• Stadtman
• UMass Department of Biology … tadasuの就職先
• ハエはテストチューブ、山本さん回 1 2
• キバハリアリは染色体が１本 … 遺伝研今井先生の研究
• アリとかハチは半倍数性
• シダの一種だと1000以上 … Ophioderma pendulum L (n= c. 630) Ninan 1958 Cytologia, 日本メンデル協会のキトロギアから出版されていた。
• ウチダザリガニ300とか … 2n=376 by Niiyama
• カモノハシはXY染色体はたくさん … X1,X2,X3,X4,X5, Y1,Y2,Y3,Y4,Y5
• ホエザルの性染色体
• クモの性染色体
• Trillium (ブルワリー)
• エンレイソウ
• 北大の校章
• 相同ペアリング中の染色体の絡まり
• コムギは85%がリピート
• 染色体のばらつきと適応度  … 折角ふっていただいたのに、適当な議論だったかもしれないと反省。帰国後、やっと読むことができた鶴崎先生のご著書の中で、ザトウムシと染色体のばらつき、適応度、移動性に関する議論がしっかりされていた。もうちょっとよく考えたい。鶴崎先生のザトウムシ本、面白すぎるので皆様にぜひ読んでいただきたい (tds)
• Hi-C
• dCasでのラベリング
• 石黒さん
• CloneSelect
• 齋藤さんNR出演回 1 2 3
• 前島ラボ … 前島先生には本当にお世話になりました。世界最高峰のクロマチン・染色体研究ラボの一つだと思いますのでご興味がある方はぜひ訪問してみてください(tds)。
• 30 nm ファイバーはアーティファクト、2008年論文、2012年論文1、2012年論文2
• 少数性生物学 … あまりにも最高すぎてよかった。未だに少数性について考えている。少数性reunionやってほしい。今ならいろいろ議論できることもありそう。(tds)
• 永井先生
• ディクティの面白い生態 … このニュースレターのP.17で堀川先生が議論されている、細胞何個で子実体ができるのか問題。実はディクティは減数分裂に非常に重要なSpo11とRec8というタンパク質のホモログを持っておらず、その実態は謎に包まれている (tds)。
• Denoisingの論文
• 平岡先生
• Horsetail Movement論文
• 分裂酵母と出芽酵母の減数分裂方法の違い … 分裂酵母は染色体が少なくてみやすい。が、真核生物で広くみられるsynaptonemal complexがない（似たような構造はある)。そして、crossover interferenceも分裂酵母にはない。出芽酵母にはsynaptonemal complexとcrossover interferenceの両方がある。組換えの分子メカニズムは良く保存されている。
• 岡田先生
• 野地先生
• 少数性生物学トレーニングコース … 最高だった(tds)
• Woods Hole MBLのトレーニングコース
• AlphaFold3のコード公開に関するゴタゴタ
• DDBJ
• アメリカの気象情報が無くなる？
• Cas9と配列は似てないが構造が似ているもののスクリーニング … LLMで生成してAlphafoldで予測、その中から良さげなものを人力でチェック！といいつつこれも一年前の論文なのでその後の動向をチェックする必要がある。50%ではなかったかも...
• Foldseek
• Jerry Chenの論文
• について扱ったNR回
• 浜ホトのORCA-Quest (最新型の2)
• ORCA-Fusion BT
• AndorのiXon EMCCD
• ORCA-Flash (最新型の4 v3)
• W-View Gemini
• 木下Jr: 安田さんの大学院時代の指導教官、故・木下一彦氏
• Gemini を使った仕事(再掲)
• ScanImage
• 8個同時パッチ in vitro のコンフィグレーション
• 酵母のTetrad dissection
• GitHubをラボノートにする
• リサーチャット蛇口回
• Towards an understanding of the mechanism of heredity by Whitehouse … 読み比べた中では、メンデルからChromosome theory, crossover, linkage, mutation, geneまでの導出がすばらしい。クセが強すぎるのは間違いないが、遺伝学は実験に裏打ちされた論理的推論の学問であることを感じさせられる。論理的推論による遺伝学の研究系譜をちゃんとまとめたい (tds)。
• A history of genetics by Sturtevant 
• PierceかGriffiths の教科書が、一般的なものの中では良さそう (tds)。
• 物語　遺伝学の歴史 … 宮脇書店をぶらぶらしていたら見つけた平野先生の本。本当に内容がすばらしい。参考になるとおもったら上記のSturteavantの本を一部参考にしているとのことでした。入門として、そして研究者にも知識の整理としておすすめの本です。京都大学吉川秀夫先生の解説もとても参考になった(tds)。
• 遺伝 … 1947年刊行。遺伝学普及会が作成している(隔？)月刊誌。某大学でバックナンバーを読んでいる。あまりにもおもしろすぎてまだ遺伝研が設立(1949)する年まで到達していない。遺伝学者がこれだけ自由闊達に議論している長期雑誌は世界にも類を見ないのではないだろうか。日本帰国時にちまちま読んだとして、最新号に到達するまで何年かかるのやら...1948年のどこかに書かれていた東北のあっぴ様（方言であひるらしい）という短脚の家系に関する調査はあまりにもおもしろくて圧巻だった。ルイセンコ騒動下の議論も生々しい。いつかセレクション集をつくりたい (tds)。
• 菅野さんNR回
• 小さいオンラインセミナーMAYosis 2023 … 小さいといっても参加者は数百人(?)ぐらい。このセミナーで私の研究の話を初めて聞いたという人も多く感謝している。運営の方々に感謝です (tds)
• COSYNE
• 遺伝研
• 総研大
• Vanderhaeghen lab
• 岩田さん
• 鐘巻ラボ
• 西村さん
• 渡瀨 成治さん

NYU Long/Buzsakiラボの、藤島悠貴さん(@yfujishima_) さんがゲスト。近況アップデート、最近出た唄うマウスの行動解析論文、Krakauerのオピニオン論文を元にした議論、など (6/15 収録)

Show Notes (番組HP):

• Michael Long
• Gyuri Buzsáki
• Paul Glimcher
• Dmitriy AronoがHHMIとった
• Attila Losonczy
• Alex Williums
• Flatiron Institute
• Eero Simoncelli
• ダグラス・ウェバーのコーヒーミル
• Simonsさん亡くなった
• Simonsのブリッジグラントが再編成されてFellow-to-Faculty (FtF)に
• Time warpingのメソッド
• International Brain Laboratory (IBL)
• Caleb Kemere
• 唄うマウスの行動解析論文: Fujishima and Long, 2025
• （補足）サーマルカメラを直接SLEAPに突っ込む: 16bitで保存された生データに対し、背景除去などいくつかのヒューリスティックな前処理を行った上で、8bit動画に変換し、SLEAPに流しています。詳細はメソッド欄をご参照ください。（藤島）
• コスタリカでのフィールドリサーチ
• ティンバーゲンは、species-specific behaviorを、その種に特有の本能的な行動と定義しており、学習を必要とせず、生得的に備わっている（ただし、学習によって全く変化しないという意味ではない）定型化された行動パターン（action patterns）を指している。一連のパターン化された動きは、特定の外界刺激（releasing stimuli）によって“解放”（release）されることで引き起こされるとされている。また、これらの行動は外的刺激だけでなく、ホルモン状態などの内的要因にも影響を受ける。1951年に刊行された『The Study of Instinct』において、ティンバーゲンは自身の代表的なイトヨの研究をはじめとした具体例を通じて、これらの現象について詳述しており、この本は、1940〜50年代の英語圏において主流であった実験心理学、特にパブロフらの影響を受けた行動主義（内的状態に依拠せず、観察可能な行動のみを実験室で科学的に扱う立場）に対して、一種のアンチテーゼを提示するものとなった（らしい）。(藤島)
• 歌い返すのにneocortex (orofacial motor cortex)が必要ということを示した論文 
• Arkarup Banerjee lab
• 2wkだまるのcitation
• 歌う姿勢（YouTubeビデオ)
• David Schneider
• のポスドク時代のcollorary dischargeに関する論文
• Neuroscience needs behavior: correcting a reductionist bias
• John Krakauer
• Marrの3つのレベル — computation, algorithm, implementation
• Hubel and Wiesel
• 68年〜などと言ってますが、正確には方位検出の初出が1959論文、 algorithm (+implementation予測)の提示が1962論文 (Fig19)。
• (補足)computationが線を検出すること、algorithmがいくつかの丸型の受容野を持った細胞が一つの細胞に入力することで線に対応する受容野を作りうるという模式図、そしてimplementationが丸型需要野を持つLGNの細胞がV1L4にconvergeすること。(萩)
• ImplementationのH&W予測が凡そ正しいことを示せた2018年のScanziani論文
• Degeneracy: この文脈では同じcomputationを成り立たせるalgorithmが複数ありうること、もしくは同じalgorithmを成り立たせるimplementationが複数あること。Eve Marderはよく、あるneuronのoutputのパターンが同じでもそのneuronにinputする細胞群のパターンが異なりうる、という文脈でよくcircuit degeneracyと書いている。
• Neuroscience needs evolution
• Neuroscience needs behaviorのオマージュ: evolution(先述)、psychology, Network science 
• 全然違うNeuroscience needs behavior
• Cris Niell
• 哺乳類とは全く独立して進化したタコの目の仕組み
• Eve Marderが”toleranceと”mechanism”の粒度について語るポッドキャスト回 (Night Science)
• Johnson-Lindenstrauss Lemma: 高次元のデータを低次元に写しても、データポイント間のpair-wise distanceはほぼ保たれるという定理。(Chen and Pesaran, 2021 に軽くmentionあり)
• Krakauer兄弟同時出演ポッドキャスト回 (Brain Inspored)
• Current Biology: John and David Krakauer
• Schultz, Dayan, Montague - ドーパミン界の金字塔(ほぼreview)論文
• の裏話 (JNSのシュルツの自伝、pdf直リンク)
• Hodgikin-Huxley model論文
• 結果としてNaとKチャネルのサブユニット数や機能を予測していた
• Yael Niv氏の似た趣旨の論文
• Nathaniel Daw
• NIHの論文をオープンにしないといけないという新しいポリシー
• Allen Instituteのbehavior & ephysオープンデータセット
• Ken Harris
• 日本がメリケン脱出組に700M
• HHMI Hannah Gray Fellowshipやめた
• Ang Leeさん（映画監督）
• ハルクに変身した主人公が怒りに任せて研究所を破壊するシーン
• DeepMindのLLMが医者AIがリアルな医者の診断能力を超えたという論文: text chatという点は留意
• 海馬の表彰はgoal directedなaction planであることを示した論文
• Tank研の論文
• Dick Tsien

• ディスカッションとても楽しかったです。物事を理解するとはどういうことなのか、それこそジョンがどこかで「科学者は哲学し続けなければならない」と言っていたのを思い出しました。またオフラインでも議論できることを楽しみにしてます。 (藤島)
• などといっていたら中東+メリケン戦争みたいになってしまい大変残念。Weizmannではミサイルでラボが7-8個(物理的に)消し飛んだとのこと。やれやれ。壁か卵のどちらかでいうと常に卵の側でいたい、という気持ちはあるのだが、100%の壁も、100%の卵も、そんな完璧な物はどこにも存在しないのだろう。ピース。(萩)
• グラントの評価ではHypothesis drivenな研究が好まれるらしいのでNatural behaviorの研究を書くのはより挑戦的な印象。でも探索的な研究はもっと増えてほしいですね(脇)

Allen Institute, D3の伊藤慎也 (@shixnya)さんゲスト回、後編。釣り生活、SC (superior colliculus)での音表象の仕事、Allenに移ってからの仕事、LLMの発展による日々の仕事への影響、など  (6/20 収録)

Show Notes(番組HP):

• Walmart なんでも売ってる全国チェーンのスーパー。銃も売ってる。
• Rockfish メバル(?)
• SCの音のspatial map論文 (Ito et al., 2020)
• 頭部輸送(伝達)関数、Head-Related Transfer Function, HRTF
• 音のタイミングの差で音源定位、トリは脳幹のディレイラインでやっているが、マウスはどうやら違う、というコメンタリ論文。 解説:バットなどの小さな哺乳類でInteraural Tining Difference (ITD)が定位に機能しないのはわかっていて、その外挿としてマウスもITDを使用しないだろうということは言われていました。2020の論文はITDがSCの Spatial RF および空間マップに寄与しないことを言っていて、behaviorの実験はしていないので、他の脳部位の活動にITDが寄与する可能性は排除しません。SCのマップに関してはマウスでの最初の論文になるのでそれに対してどの要素(ILD, ITD, Spectral)が影響しているかについても最初の報告となります。(伊藤)
• Tucker-Davis Technologies (TDT) 
• マルチセンサリー論文
• SCのvision mapを崩すEph genetic manipulationモデルとその応用
• Camplanola, Seeman et al. 2022 大規模にマルチパッチしてconnectivityを調べたAIBSのin vitro electrophysiology部隊のflagship論文
• 去年出た伊藤さんのvisual-behaviorのcell-typeモデル解析論文
• Change detection task
• Marinaのplatform paper、VIPのsurprise表象が主なfinding (気づけば最初のプレプリントから既に2年経っている)
• Stabilized supralinear network by Ken Miller
• Alexの同データセットをHMM-GLMで解析した論文
• MarinaのeLife (Visual Behavior部隊の1st Gen Flagship論文)
• Shohei Furutachiの論文、上記のplatform paperとコンセプトがやや被った
• Simuationでマルチパッチと対をなす元データの一つ:EMでconnectivityを大規模に調べた仕事 (MICrONS)
• Billeh et al., 2020 元になったAntonのグループの大規模シュミレーション仕事の前作
• Scanziani-Lienモデル: Lien&Scanziani 2013, 2018
• Mrsic-Flogelのlike-to-like connectivityを実験的に示した一連の仕事 1,2,3
• Wolfgang MaassのTensorflowトレーニング論文
• NVIDIA A100
• ADAMオプティマイザ
• Exponentiated ADAM Exponentialと言い間違えていましたが、正しくはExponentiatedですね(伊藤)
• Transformerの初出は2017年
• Matthew Botvinick 気づいたらなぜかYaleのLaw Schoolにいる
• Antonは小説家A. Brain
• Age of Cindy
• ユヴァル・ノア・ハラリ
• 21 Lessons for the 21st Century
• Nexus: A Brief History of Information Networks from the Stone Age to AI
• サピエンス全史
• 銃・病原菌・(鉄) ジャレド・ダイアモンド
• 伊藤さんの新潟での登壇予定:

1. Advances in Brain Modeling and AI applications (7/25に本学会)

2. Connecting Digital Brains Across the World (7/23のサテライト)

Editorial Notes:

• 収録した話を聞いてるとこの人NeuroscienceそのものよりNeuroscience周辺の技術の方が好きなんじゃないの、と思いました。Neuromorphic chipに触ってみたいです。(伊藤)
• スマブラ強化学習とNVIDIAの株価の話をするのをすっかり忘れてました。あと”北大卒で音源定位”というとどうやってもマークKonishiなわけですが、その話をするのも忘れました。また次回のお楽しみということで (萩)
• Blue Brain Projectみたいなのを想像していましたが、それとは違ってプロジェクト毎に目的が設定されていく感じが新鮮でした。シンポジウム楽しそう (脇)

Allen Institute, D3の伊藤慎也 (@shixnya)さんゲスト回、前編。Allenの理論・計算部隊の実態、札幌での高校〜大学学部時代、インディアナ〜サンタクルズでの理論素粒子物理から実験神経科学への転身、科学哲学、など(6/20 収録)

Show Notes(番組HP):

• SfN@SanDiegoは2013年でした
• MindScope
• Christoph Koch
• Camplanola, Seeman et al. 2022 大規模にマルチパッチしてconnectivityを調べたAIBSのin vitro electrophysiology部隊のflagship論文
• D3: Center for Data-Driven Discovery
• D3のDirector公募中
• Uygar Sümbül (はD3ではなくてAIBSであることに初めて気がついた)
• Stefan Mihalas
• Michael Buice
• Anton Arkhipov
• Learning mFISH
• Marina Garrett
• Peter Groblewski
• 札幌南高校
• 響け！ユーフォニアム
• ソクラテスの弁明
• ソフィーの世界
• 能をつかんとする人 from 徒然草(吉田兼好)
• 英語は絶対勉強するな！
• Peter Higgs
• ユーイング装置によるヤング率測定
• John Beggs
• Alan Litke
• Sotris Masmanidis
• UCLA Silicon probe 萩原が昔使っていたのは128”D”Nでした。
• Nano-Z
• Intan
• David Feldheim
• Niel and Stryker 2008
• Jianhua Cang
• Marcus Meister
• Fu/StrykerのVIPの論文(2014)
• Michael Styrker
• Kilosort: spikesortingのアルゴリズム+softwareパッケージ 最新版の4の論文
• Neuropixels1.0の最初の論文(2017)
• 伊藤さんのUCSC時代の最初の論文(2017)

Editorial Notes:

• 人生を大きく左右したキーワードの一覧を見ると、なんとなく心をつっつかれるような気持になります。他の人には何でもないものなのかもしれませんが。(伊藤)
• 東京支部・海外支部があるぐらい高校のOBOG会(六華同窓会)が強力なのですが、卒業後に登録等一切してないので行方不明者扱いだと思います。大学の同窓会もそうですが。(萩)
• ローテーションで別分野の研究や様々なラボの文化を体験する、というのはやってみかったことの一つ。やる側は大変だとは思いますが。(脇)

予算カット、２年ルールWaiver、資産運用への影響、メールでのコミュニケーションなど。論文紹介は、実装が簡単な高速FLIMと、Sequeincing by expansion (4/9収録)

Show Notes (番組HP):

• 渦中のハーバード(pdf)

• コロンビアのNIHグラント停止

• Hiring Freeze Announcement

• デモに参加したらビザ停止

• Stand Up For Science

• Twitterで告知

• 2年ルールのWaiver

• 濱崎さん回

• 401(k)

• iDeCo

• Reddit: Fire Flow Chart Version 4.3

• Reddit: 401(k) max vs mortgage payment

• 三権分立の憲法への反映はアメリカが先

• 五十嵐さん回 1 2 3 4

• NSFはFellowshipを出す数が半分に

• Redditに降臨

• ２ちゃんに柳沢先生ご本人登場

• マウスも毛むくじゃらに

• のプレプリント

• 狼復活

論文紹介

• 論文１：Absolute measurement of fast and slow neuronal signals with fluorescence lifetime photometry at high temporal resolution

• Sabatini (弟) ラボ

• 安田さん回

• Jablonski図

• Time DomainでのFLIM計測のわかりやすい図 (pdf, これの7ページ目)

• Frequency Domainとの比較に使った図 (pdf)

• 注:PMTからのシグナルも位相をズラすと返答してしまっていますが間違いです。(萩)

• Fiber Photometry を流行らせたのはDラボ

• ロックインアンプ

• FLIM用のcAMPセンサー

• Wash UのYao Chen

• CholinergicセンサーFLIM転用

• Becker & HicklのFLIM

• Instant FLIM

• 前にSabatiniラボのプレプリントを読んだ回

• David AndersonのState論文、たとえば 1 2 3

• 脳の温度は結構変わる

• pHも睡眠とかで変わる

• 未来予想回

• 齋藤さん回 1 2 3

• 論文２：Sequencing by Expansion (SBX) – a novel, high-throughput single-molecule sequencing technology

• ナノポアレビュー

• Dpo4

• CMOSによる並列化の例

• ONTのNanopore

• ONTを使ったリード精度benchmark研究

• 階段状の建物

• 元根さん

• Protein Sequencing

• 日本語解説

• 本社のプレスリリース

• 動画

Editorial Notes:

• The Apprentice の参加者になった気分です (脇)

• 大学の自治を守るのは大変重要ですが、ファカルティは大学側の政府への抗議をどう受け取ってるんでしょう。しかし、9 billionだったり2.2 billionだったり、桁が大き過ぎてもうよくわからなくなってきました(萩)

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。後編。ハエの疾患モデルとしての限界、凍結保存ができない問題とそれが育んだコラボレーション文化、留学を選択肢と考えるための本の執筆、PhDを取った機関でポスドクを飛ばしてPIになることについて (3/28収録)

Show Notes (番組HP):

• 山本さんNR回　前編

• 非哺乳類モデル動物の臨床応用

• ハエの疾患モデル一覧

• パーキンソン病モデルハエの例(α-Synuclein)

• ハエの脳にはドーパミン作動性ニューロンが数百個しかない (Table 1にHemisphereあたり~282個と書いてあるので成虫の脳で550個くらいみたいです。by山)

• アルツハイマー病モデルハエの例(Aβ42)

• 自閉症モデルハエに関するReview 1 2 3

• ハエの求愛行動

• ハエの攻撃行動

• ハエのパーソナルスペース

• ハエのグルーミング

• Julie Simpson

• ハエの嗅覚と痛覚を介した記憶のT-mazeアッセイ

• ハエで精神疾患モデルは作れるか？ 1 2

• ハエのがんモデルでcachexiaが起こる

• ハエのBMP(Bone Morphogenetic Protein)シグナリング

• ハエのノルアドレナリン受容体はタイラミンやオクトパミンに反応する

• 手間がかかるので誰もやってないハエの凍結保存プロトコル 1 2 3

• ハエ系統の自由なやりとりの伝統と現状

• Indiana大学のBloomington Drosophila Stock Center

• 京都工繊大のストックセンター

• 遺伝研のストックセンター

• ウィーンのストックセンター

• Drosophila Information Service

• FlyBase

• JaneliaのSplit GAL4リソース　データベース

• ハエゲノムプロジェクト(2000年にドラフトが完成、線虫は1998年でした。by 山)

• 羊土社から出した『研究留学実践ガイド』

• 連載、研究留学の技法２０２３

• 実験医学：羊土社から刊行されている雑誌。現行。

• 細胞工学: 学研メディカルから刊行されていた雑誌。廃刊。

• 蛋白質・核酸・酵素: 共立出版から刊行されていた雑誌。廃刊。

• たまたま取れたNotchの特殊なmutationに着目したScience論文　日本語での要約

• NotchはDeltaとJagged(ハエではSerrate)というリガンドを見分けている(訂正：FringeはNotchのDeltaとの結合を強め、Jagged/Serrateとの結合を弱めます。by山)

• News & Hot Paper Digestではなく、カレント・トピックスでした(by 山)

• The Notch Meeting

• Gordon Research Conference(GRC)とGordon Research Seminar(GRS)

• NotchのGRS

• GRSの座長をした際の体験談(Campus & Conference探訪記)

• 実験医学のNotchシグナル特集

• どうする？コロナ禍での海外研究留学 1 2 3 4 5 

• 日本における雇い止め問題に関するNatureとScienceの記事

• ベイラー医科大学って知っていますか？

• ヒューストンのNASAはロケットを打ち上げてない

• 『研究留学実践ガイド』のテーマ：はじめに(pdf)

• 留学特集の座談会記事 1 2

• 中田大介先生

• 安田先生NR回

• 五十嵐先生NR回 1 2 3 4

• 留学前後・ラボでの立ち居振る舞い：立ち読みサンプル 1 2

• 失敗したけど、こうして切り抜けましたエピソード：特にコラム4-5から4-8

• ラボレポート、留学編・独立編

• 留学をしないという「選択肢」：コラム4-10

• 藤島さんNR回　コラム3-3(立ち読みサンプル) 

• DEI政策の激変

• テキサスはDEI停止を先取り

• ハーバードにおけるAffirmative Action訴訟

• Texas Children’s Hospital

• Duncan NRI(faculty list)

• Huda Zoghbi(HHMI)

• Rett Syndrome

• SCA1(Ataxin)

• Atoh1(Math1)

• DP5(Early Independence Award)

• 独立して最初のR01が取れたPIの平均年齢は43歳(2010年 NIH調べ)

• Hugo Bellen(元HHMI)

• 博士の時にやったスクリーニングからプロジェクトがたくさん生まれた 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 etc  

• ハーバード、UCSF、Janeliaのフェロー制度

• ドーパミンの産生・放出・代謝

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。前編。ツールとしてハエを使うNeuroscientistと脳を見ているハエGeneticistの違い、ハエForward geneticsからヒト希少疾患研究に繋がった経緯、Living test tubeとしてのハエの魅力、Reverse geneticsによるヒト化ハエのRare disease・Common disease・感染症研究への応用について (3/28収録)

Show Notes (番組HP):

• 山本さんラボHP(更新が滞りがち) LinkedIn

• ベイラー医科大学

• 動物育種繁殖学教室

• 今川和彦先生

• 着床現象は種特異的

• 臍帯形成などに異常があるVps26a(Hβ58)の変異マウス 1 2

• Hugo Bellen

• Jan and Dan Duncan Neurological Research Institute

• Hugoによるレビュー

• Scott Emr

• 武田洋幸先生

• 多羽田哲也先生

• 後藤聡先生

• Retromer ComplexとWnt signalingに関する論文(４本じゃなくて５本でした：Dev Cell x3 + NCB x2) 1 2 3 4 5

• Gerry Rubin

• Allan Spradling

• Thomas Cech

• Seymour Benzer追悼記事 1 2

• Thomas Hunt Morgan

• ハエ研究の黎明期

• メンデルによる遺伝子の提唱と再発見

• 津田梅子先生がMorganのところでやった仕事

• メンデルの法則

• Hermann Muller

• 放射線による遺伝子の破壊・改変を発見

• Marie Curieの死因

• 発生生物学者と遺伝学者は仲が悪かった

• 最初のNotchミュータントの欠けている翅

• HomozygousだとNeurogenic phenotype

• AntennapediaとUltrabithorax

• ハエの記憶に関する最初の報告

• この系をつかった最初のL&Mの変異体、dunceの論文(cAMPの分解酵素)

• サーカディアンリズムのperiod変異体の論文

• ShibireはDynaminに関する変異体

• Kir2.1

• NaChBac

• 遺伝学的手法を用いてハエの神経活動を操作する(リンク先Table2)

• GSAによるショウジョウバエの学会

• CSHLのNeurobiology of Drosophila

• Janeliaのconference

• NRでショウジョウバエを扱った回

• Forward genetics(順遺伝学)とReverse genetics(逆遺伝学)

• Chemical mutagenesisではEMSやENUがよく用いられる

• armadillo (arm)＝ハエのβ-Catenin 

• Christiane Nüsslein-Volhard

• Eric Wieschaus

• The Heidelberg screen回顧録

• MARCM

• 利根川先生のCaMKII-Creを用いたconditional KO (訂正：CaMKIIをcKOしたんじゃなくて、CaMKII-Creを用いて別の遺伝子をcKOしてましたね。 by 山)

• Flp/FRTとEMSを組み合わせることによるモザイク・スクリーニングの初出論文　レビュー

• ハエのElectroretinogram(ERG) 1 2

• ｍusashiとハエの感覚毛の４細胞感覚ユニット

• 岡野先生らによるmusashi発見

• 博士の時にやったスクリーニング

• 結果をヒト希少疾患と結びつけたCell論文

• ApoE2とE4: 逆でした (by 山)

• ヒトゲノム計画におけるBaylorの貢献

• HapMap project

• 1000 Genomes project

• Center for Mendelian Genomics

• Richard Gibbs

• James Lupski

• Synteny(シンテニー)

• Complementation test(相補性検定)

• LiqinのMARCM EMS Screenの例

• Hippo signaling pathway レビュー

• このPathwayのコアのhippoという遺伝子は４つのラボで同時期にFLP/FRTスクリーニングなどを通じてみつかりました（Cell２本、NCB２本）  1 2 3 4

• ハエのin vivo RNAiのライブラリ 1 2 3

• RNAiとEMSで見えてくる遺伝子が違う：Cell論文のFig. 2

• CRISPRも含めて、Mammalの例 1 2

• Rett Syndromeの原因遺伝子はMECP2

• Huda Zoghbi

• ハエ遺伝子のヒト化

• T2A-GAL4

• Kozak-GAL4

• Mutationの機能的分類(Muller's morphs)

• Undiagnosed Diseases Network(UDN)

• NIH Commonfund

• BRAIN initiative

• UDN Model Organisms Screening Center