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By NeuroRadioScienceLife Sciences
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NeuroRadio episodes

  • #85 Prediction models

    新年の抱負、第二回おたよりコーナー、2025年に起こる神経科学まわりの出来事予測 Top 5 (1/5収録)


    Show Notes (番組HP):

    抱負

    • イーロン・マスクはH-1Bに賛成
    • 米国PhD持ちにはGC?
    • バイデンがやってること
    • J1 の2 years rule waiver
    • おたより

      • おたよりフォーム
      • 前回のおたより回
      • 佐野さんの回
      • 小川誠二先生
      • ベル研究所
      • あの論文 1 2
      • 松井さん
      • 柳下さん
      • Neuroでの北沢萩原シンポジウム
      • 吉良さん
      • Huberman Lab Podcast
      • Night Science Podcast
      • George回
      • Yanai
      • アメリカでラボを持つことになったYukiさん
      • 千歳さん回
      • Addgene
      • Penn vector core の transfer
      • UNCのvector core
      • Kimberly Ritola
      • Adam Hantman
      • MouseLight
      • Jayaram Chandrashekar
      • Armamentarium
      • Iodixanolだと空ベクターが多くセシウム遠心だと少ない
      • Rafael Yuste
      • Sydney Brenner
      • の有名な言葉: "Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order" の出典に関するシドニーブレナーのぼやき
      • 齋藤さん回 1 2 3
      • 齋藤さんラボHP
      • 2025年に起こる神経科学周りの出来事予測 5選

        • えめさん回
        • Three photon imaging ventralでもなかった
        • In vivo透明化 パプリカパウダー
        • ボイデンラボから
        • 今井ラボから
        • 根本ラボから
        • JaneliaでCultureをやっているAbraham Beyene
        • mStayGold 1 2 3 Comparison
        • StayGoldは照射方式によってパフォーマンスが落ちることがある
        • 場所細胞のhyperbolic geometry
        • Torus論文
        • まささん
        • microRNAのTarget Sequence
        • Allenとかで顕著なenhancer AAV
        • CellReadr, RADAR, RADARS
        • ITRのプロモーター活性
        • ミニマルプロモーターの話をした回
        • CRACM
        • 千歳さんの新しい現象キャラクタライズ 1 2 3 4
        • バインダー設計、例えば 1 2 3 4
        • AI Scientist
        • Waymo
        • Craniotomy robot
        • 牧野さん回
        • ポッドキャストも置き換えられるかも

            • みなさんの予測のおたよりをお待ちしております (脇)
            • アグる(aggregateする)は使うけどバリコる(varicosityつくる?)は初めて聞いた(萩)
            • 1 hr 38 min
            • #84 Synthetic developmental biology

              University of Washington の浜崎伸彦さん(@Nobu_Hamazaki)がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録)

              Show Notes (番組HP):

              • 浜崎ラボHP
              • 博士課程(の後半)での所属ラボ:中島欽一ラボ
              • 日本での所属ラボ:林克彦ラボ (現在は阪大)
              • 日本にいたときの卵子形成転写因子論文
              • かぐや論文
              • Parthenogenesisのレビュー
              • 留学先の所属ラボ:Jay Shendureラボ
              • 留学先でのHuman RA-Gastruloid論文
              • 最初にあったマウスGastruloid論文
              • Matrigel
              • おすすめの発生生物学の教科書ギルバート発生生物学、ウォルパート発生生物学とラングマン人体発生学とそのムービー
              • JayのGestalt
              • イベントのレコーディング
              • シュペーマンのオーガナイザー (pdf)
              • Turner Syndrome
              • Wntアゴニストのカイロン
              • 下流のBrachyury (T)という転写因子
              • 最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文
              • bioRxivに最初に出た論文
              • とその数日後にアップロードされた競合論文 その1 2 3 4
              • の出版論文としての結果 1 2 3 4
              • 最近溜まっているEmbryonic single cell data 1 2 3 4 5 6 7
              • 10x
              • sci-RNA-seq3
              • Smart-seq3
              • Wei Yangさん(Jayラボメンバーページ)
              • マーカージーンをGPTに入れると予測してくる
              • Mappingする方法 
              • UMAPのco-embedding
              • Foundation modelを作っていく例
              • 今村さん
              • とやっていたgene regulation
              • Zygotic genome activation
              • 精子のヒストンがプロタミンに置き換わる機構
              • 残ったヒストンがinter-generationalなepigenetic memoryに関与する?(pdf)
              • 父が肥満だと子が肥満になりやすい、母だとそうでもない
              • ダーウィン vs ルイセンコ
              • iPSで精子作成している例
              • 減数分裂?に関するプレプリント パキテンで止まっている
              • 山中論文は24から4へ
              • 卵子が大きくなるためにはアクアポリンが必要。<- Glycineチャネルを介した浸透圧による水分流入のことでした。
              • 卵子形成に伴ってゲノムが徐々に無秩序にする 1 2 
              • 卵子のヒストンはモノユビキチン化が盛ん 1 2 
              • 不妊治療でホルモン注射や針を刺す場合
              • Polony Sequencing
              • 最近宇宙とか言ってる
              • I-5: 東海岸を縦に貫く道路
              • At the Helm: Leading Your Laboratory
              • Westlake University
              • 前回の政権でのES細胞についてのポリシー:新しい株は作れない
              • ブッシュ政権の時はES細胞研究はほぼできなかった
              • 培養ニューロンにゲームさせてる論文
              • Retinaからのprojectionを再現
              • ヒントンらによるBackpropagationと脳に関するレビュー
              • Backpropagationが実装されていうるかも、という最近の論文
              • 海馬とTransformerの関連を議論した論文
              • 目の実装、イカとの違い
              • 流行ウイルス予測の研究
              • エクトダーム単体でほっとくと神経になる 1 2 
              • 臨界期窓リオープン 抗生物質ではなくてバルプロ酸でした。(抗てんかん薬)
              • Anhedoniaの論文
              • 加齢と記憶力、最近出た
              • Bipolarのモデルマウスを作るような研究
              • 小頭症オルガノイド
              • Direct reprogrammingによって作成したらAgeは残ったまま
              • 4因子発現による若返りベンチャー 1 2 
              • Seattle Hub for Synthetic Biology
              • Cole Trapnell lab
              • 冬眠するげっ歯類から作ったiPS細胞からケミカル同定の論文


                  • 発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎)
                  • “早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩)
                  • ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)
                  • 3 hr 30 min
                  • #83 Emo

                    ハーフマラソン参加を通じたコンディショニングの変化、Bluesky移行など。論文紹介は、valenceに応じた伝達物質放出の変化、生きた細胞からのトランスクリプトミクス、空腹による恐怖表象の変化 (12/15収録)

                    Show Notes (番組HP):

                    • UW medのハーフマラソン
                    • 村上春樹のエッセイ
                    • 腸脛靭帯炎
                    • ボストンマラソンのエントリー基準
                    • Garminのスマートウォッチたち (割と山に特化したfenix 7を使ってます 萩)
                    • 萩原(暫定)おすすめデカフ1: Sightglass Coffee
                    • 萩原(暫定)おすすめデカフ2:Linea Coffee
                    • 宮脇おすすめKarma Coffee
                    • V60
                    • 手で押すタイプのエスプレッソマシン
                    • アーロンチェア
                    • Sayl
                    • Logitechの575
                    • Mx Ergo S
                    • Logitech Lift
                    • エレコムのベアリングトラックボールマウス 日本では謎に高い
                    • NIH Armamentarium
                    • NatureでもBluesky移行の記事が出ていた
                    • Nikolas KaralisによるBluesky移行ガイド
                    • NeuroRadioのBlueskyアカウント
                    • American Football
                    • Cap'n Jazz このへんのバンドはより正確には”midwest emo”らしいです 
                    • Hiatus Kaiyote - Red Room
                    • Robert Glasperの生歌が下手すぎるRed Room
                    • Robert Glasper Experiment の Smells Like Teen Spirit
                    • Robert Glasper Trio - LIVE at The Village Vanguard
                    • Darkside
                    • Tyler, the Creator
                    • Kendrick LamarとSZA
                    • トム・ヨークのツアー
                    • 観光客に成り下がっている写真
                    • The Smile
                    • 論文紹介パート

                      • 論文1:Encoding opposing valences through frequency-dependent transmitter switching in single peptidergic neurons
                      • Sung Han (気づいたらAssociate Profになってました)
                      • Richard Palmiter
                      • ポスドクにおける仕事
                      • 先に出たリソース論文の仕事
                      • 五十嵐さんが最初に出たとき
                      • Synapto pHluorine
                      • GabaとDopamineが一緒に放出されるケース
                      • Central Amygdalaはめちゃくちゃヘテロ
                      • Plateau Potential
                      • NNに出てた呼吸の論文
                      • 論文2:Live-cell transcriptomics with engineered virus-like particles
                      • Paul Blainey
                      • ピペットでちょっと吸うタイプのlive cell transcriptomics
                      • Exosomeを使ったケースについてのレビュー
                      • Gil Westmeyerラボから同じ時期に出た類似プレプリント
                      • CellNet
                      • CROP-seq
                      • Evan Macosko
                      • Synapse-seq Synaptosomeを分けてシーケンスするのではなくBarseqみたいな感じですね汗
                      • 最近出ていたTissueからの経時的intactサンプリング
                      • Jerzy Szablowski
                      • 論文3:Hunger modulates exploration through suppression of dopamine signaling in the tail of striatum
                      • Sabatiniラボ
                      • ケータイのラボからのプレプリント
                      • GRAB
                      • 今回使っているdLight3.8はRoshgadol et al., in preparationとのこと
                      • Robert Datta
                      • MoSeq
                      • Tail of Striatumのaversive stimulus coding
                      • Dattaがclosed loopでrewardingなdopamineを叩く
                      • この前のSaunders
                      • ポスドクのときにいたJanakラボ
                      • 似たタスクを作ったのは院生の頃っぽい
                      • RealTimeLinux
                      • Editorial Notes:

                        • ハーフ2時間は切れましたがベンチ100kg上がらなくなりました (萩原)
                        • このあと背中攣りました。そしてSteelcaseのThinkを拾いました (脇)
                        • 2 hr 39 min
                        • #82 The Art of Communicating

                          鹿児島大学の菅野康太さん(@canno696show)がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録)

                          Show Notes (番組HP):

                          • 菅野さん 個人HP 学部HP
                          • 菅野さんラボHP
                            • 奥山氏のNR回 1 2
                            • 鹿児島大学 法文学部人文学科 心理学コース
                            • 鹿児島大学 人文社会学研究科
                            • 公認心理師
                            • アカデミックグルーヴ本
                            • から派生した法人
                            • 清水修さんインタビュー
                            • SYNAPSE lab
                            • 臨床心理士
                            • 公認心理師と臨床心理士の違い
                            • 東大のサイエンスコミュニケーション副専攻
                            • 田尾さん
                            • 国立大学の中期計画 3期 4期
                            • 文系学部不要論の背景(pdf)
                            • 文科省の釈明(pdf)
                            • 九大のデジタルヒューマニティズ
                            • 半分co-メンター:田川さん
                            • 早稲田大学人間科学部
                            • 山元大輔先生
                            • Satori遺伝子
                            • 山元先生達によるSatori関連の続報
                            • 長谷川眞理子先生
                            • 長谷川寿一先生
                            • 山内 兄人先生
                            • 性分化の研究
                            • 石浦 章一先生
                            • による一般向けの本いろいろ
                            • 菊水先生
                            • 星野先生
                            • 岡ノ谷先生
                            • 苅郷さんの NR回
                            • 丸山工作先生
                            • 遺伝研の小出先生
                            • 高橋阿貴さん
                            • 武田先生
                            • 博士の頃のDAT研究 1 2 3
                            • 音声グルーミング仮説
                            • Robin Dunbar
                            • ダンバー数
                            • Nirao Shah
                            • ICRだと二匹が同時に鳴く、を明らかにした音源定位USVCAM論文
                            • 大隅先生
                            • 個性創発脳の新学術
                            • 揚妻先生
                            • 富山大の松本先生
                            • 産総研の橘さん
                            • と一緒に書いたUSVSEG論文
                            • DeepLabCut
                            • 九工大の柴田さん
                            • 苅郷さん論文で引用された
                            • Social DefeatはIntruderにICRを使う 1 2
                            • エンハンサーAAVの論文群 1 2 3 4
                            • AAV関連の巨大グラント
                            • 学生向けのスクラップボックス
                            • 石山さん
                            • Brecht
                            • の研究 1 2
                            • 嫉妬?の鳴き声
                            • 動物心理学会
                            • タッチモニタを用いたマウス実験系(pdf)
                            • 編集長である後藤さん
                            • 九州のアミュプラザ
                            • 3710Lab
                            • SILASU
                            • かごしま文化情報センター(KCIC)
                            • メディア芸術祭
                            • 山口のYCAM
                            • ゲンロンのシラス
                            • かごしま環境未来館
                            • くらげのTシャツを着た潮合のインタビュー
                            • 担当している講義の一覧
                            • スタンフォード監獄実験
                            • ミルグラムの罰を与える実験
                            • 注:これら研究に関しては、結果の解釈に異論があったり、不適切な手続きの疑義があったりと、様々な議論があります。また、近年盛んに議論されている心理学の再現性問題との関連では、以下の文献など。心理学のデータと再現可能性(菅野)
                            • マンハッタンで暴動
                            • 文系のための生命科学
                            • 岡ノ谷先生の書籍
                            • 渡辺茂先生
                            • 脳神経科学イラストレイテッド
                            • 脳科学辞典
                            • ベストティーチャー賞
                            • 近藤滋先生が自邸で行った研究
                            • 高木正勝
                            • 風に色が見えるvery uniqueなTakagiさん (appleのクリエイターインタビュー動画)
                            • 高木正勝と竹市先生のイベント
                            • 坂井克之先生
                            • 高木正勝と坂井先生のトークイベント
                            • 東北大の長神さん
                            • 情報学環の佐倉先生
                            • toe
                            • サイエンスアゴラ
                            • 2 hr 25 min
                            • #81 Through the Wire

                              研究所やプロジェクトの外部アドバイザー達とのオンサイトコミュニケーション、SfNポスター、 K99体験談、LLM課金、電子実験ノート談義など。論文はハエ嗅覚系における結合形成作業の“次元削減”、FlyWireの変化球について。 (10/27収録)

                              Show Notes (番組HP):

                              • NotebookLM
                              • 元ラボのポスドクのTweeprintとNotebookLM
                              • のBioRxiv
                              • Neural DynamicsのScientific Advisory Council
                              • Bernard Sabatini
                              • Peter Dayan
                              • Lin Tian
                              • Yao Chen
                              • Mark Anderman
                              • Jeremiah Cohen
                              • Jeremiah が内田さんのところでやった最後の仕事
                              • に対するPeter Dayanの文章:"These data nicely muddy the theoretical waters"とかすごい (萩)
                              • Schultz と一緒に仕事してる
                              • Theoretical Neuroscience: Computational And Mathematical Modeling of Neural Systems
                              • SfNにプレリミナリーなアブスト
                              • Nathaniel Daw
                              • Illana Witten
                              • Fedexでポスター印刷するサービス
                              • SfNの特別割引がある(pdf)
                              • 元D-labの井上さん
                              • 千歳さんラボ
                              • PO: プログラムオフィサー
                              • K99: Pathway to Independence
                              • Kグラント
                              • Rutgersが燃えていたツイートの一例
                              • 五十嵐さんリターン回
                              • 毎月ミーティングやってるK99出そうとしている人向けのグループ:k99-peer-mentoring-group[at]googlegroups.com
                              • この前録った古館さん回
                              • スクールによってはOpenAIのChatGPT Eduが無料
                              • Cython
                              • Mex
                              • MatlabはバージョンのアップデートでForループが速くなった
                              • PyQt
                              • %##じゃなくて#%%ですね汗
                              • Neurodata Without Borders
                              • GitHubをラボノートブックに
                              • Benchling
                              • ELNの議論
                              • 最近のEvernote
                              • DP2
                              • DP5
                              • DP5はVISAは大丈夫そう
                              • 論文パート

                                • 論文1:Dimensionality reduction simplifies synaptic partner matching in an olfactory circuit
                                • Liqun Luoラボ
                                • 種による嗅覚系の違いと共通点に着目したレビュー。違いの原因に関するディスカッションは特に見つからず… (脇)
                                • 過去のSema2b発現量操作による軸索の投射経路操作の論文
                                • Toll発現量のグラデ―ションに関する論文
                                • この系で使われている軸索の誘導因子の例、例えばTeneurin
                                • マウスのHippocampusの激シブdevelopment論文
                                • この先報:Teneurinのやつ
                                • 宮道さんの昔の仕事
                                • 論文2:The fly connectome reveals a path to the effectome
                                • Jonathan Pillow
                                • FlyWire祭り
                                • Motor Cortex祭り
                                • BICCN祭り
                                • 2018年にデータ取得は終わっている
                                • Davi Bock (今はThe University of Vermont)
                                • Clay ReidのところでV1のEMリコンストラクションをやっていた
                                • Editorによる序文
                                • Flagship論文 1 2
                                • Neurotransmitterの推定 なぜかCellに先に出てた
                                • MorphologyからCell Typeの推定
                                • 構造から機能を推定
                                • Sebastian Seung
                                • FlyWireのゲーム
                                • EyeWire論文
                                • Anthony Movshon
                                • にボコられている動画
                                • Samsungにいった?
                                • Mala Murthy
                                • のトラッキングの仕事、例えばこれ
                                • JaneliaのFly Hemi Brain
                                • C Elegansのコネクトーム
                                • *2万5千はJaneliaのHemi Brain、今回は140,000.
                                • 8000個のCell Type
                                • *今回のハエはオスでは無くメス
                                • Instrumental Variableの論文
                                • 2021年のノーベル経済学賞
                                • 0.01%の”Pair”なので、ある細胞に対して他のニューロンが繋がっている確率としてはおよそ1%、と解釈するのが正しそう。 (萩)
                                • SVDはMatrixがNbyNかつsymmetric (Wij = Wji)のとき、eigenvector decompositionとSVDは数学的に完全に等価になります。なので要はSVD、という説明は間違ってなさそうです。(萩)
                                • Light Fieldでハエ全脳の活動を見る
                                • BuzsakiのLog-dynamicl brain
                                • Songさんのシナプス強度のLognormal分布
                                • 線虫で全細胞をイメージングしながらオプトで操作 普通にNatureでした(萩)
                                • DMDM
                                • IBL
                                • David Rowlandのツイート 1 2
                                • Editorial Notes:

                                  • NotebookLMがXのことをTwitterって言ってるのちょっとおもしろい (脇)

                                  • K99は通ったわけではない(おそらく落ちてリビジョンする)ので、内容に関しては話半分できいておいて下さい。(萩)

                                    2 hr 59 min
                                  • #80 Beyond a predictive machine

                                    古館さん(@ShoheiFurutachi) in-person収録@Allen Institute。直近の論文リバイズ中の出来事、最近の興味、ネタ被りに関する様々な考え方、ジョブハントの様子、東大での某失敗談の詳細 (10/13 収録)

                                    Show Notes (番組HP):

                                    • 古館さん
                                    • 前回のNeuroRadio古館さん回 Part 1 Part 2
                                    • 古館さんのNature論文
                                    • Illana WittenのCognitive Demand論文
                                    • 茨城県の県立医療大学
                                    • パーキンソン病リハビリにおけるキューの利用 (pdf)
                                    • Mark Andermann
                                    • Hypothalamusに変なドーパミンニューロンがいて、性衝動のコントロールが知られている
                                    • Parkinson病患者にL-DOPAを投与すると性衝動が上がる
                                    • L-DOPAで幻覚
                                    • 千歳さん のNR回
                                    • 河西・柳下ラボ
                                    • Over-Associationを示唆する論文
                                    • Georg Keller
                                    • 自閉症だと自分をこそばせられる 統合失調でした(萩)
                                    • 自閉症と統合失調症はスペクトラムの逆側?
                                    • Positive Prediction ErrorとNegative Prediction Errorについてのレビュー
                                    • Oliver Sacks
                                    • 妻を帽子と間違えた男
                                    • 五十嵐さん
                                    • Wellcome Career Development Award
                                    • Dmitriy Aronov
                                    • Vijay Namboodiri
                                    • Moserラボ
                                    • DMDMの論文
                                    • のレビュワーコメント(pdf)
                                    • Karel Svoboda
                                    • Steinmetzの仕事
                                    • 尾藤先生
                                    • ASCONA
                                    • Lake Conference
                                    • Visual CortexのConnectivity 例えば:1 2
                                    • FENS
                                    • Massimo Scanziani
                                    • Cyril Herry
                                    • Letzkus
                                    • 内田さん
                                    • 天羽さん
                                    • SfN 2024
                                    • PrincetonのTigerBrain
                                    • SWCもやってるEmerging Neuroscientists Seminar Series
                                    • Carlos Brody
                                    • David Tank
                                    • Jonathan Pillow
                                    • Nathaniel Daw
                                    • Annegret Falkner
                                    • Tatiana Engel
                                    • グローバルCOE(pdf)
                                    • 石川冬木らによるテロメラーゼ遺伝子TLP1のクローニング
                                    • Krakauer
                                    • Sherringtonian vs Hopfieldianのレビュー
                                    • UCL Ophthalmology
                                    • Carandini
                                    • Andy Peters
                                    • Ace Hotel
                                    • Gilles Laurent
                                    • MPI Collective Behavior
                                    • Iain Couzin
                                    • 100匹くらいの魚とか
                                    • Median Rapheの仕事
                                    • Matt Lovett-Baron
                                    • Deisseroth
                                    • Losonczy
                                    • 魚を始めた
                                    • 伊藤さん
                                    • Chris Harvey
                                    • Noah Pettit
                                    • Selmaan Chettih
                                    • Christopher Zimmerman
                                    • Science Eppendolf Prize
                                    • Zachary Knight
                                    • CTAの仕事
                                    • について話した回 番組で扱ってたのを忘れていた(萩)
                                    • 宮道先生
                                    • のTRAP(初代)
                                    • 五十嵐さんのタスク
                                    • Nelson Spruston
                                    • のタスク
                                    • paAIP2
                                    • 稲垣さん
                                    • 小宮山ラボ
                                    • 服部さん(現Scripps)
                                    • のNN2023
                                    • 大木研
                                    • 村上さん
                                    • 医学部の機能生物学セミナー
                                    • ドイツの戸田さん
                                    • 伊丹十三
                                    • のエッセイ:この2つのどちらか 1 2
                                    • 黒田さん
                                    • と中野さんのNR回
                                    • 大木研のLP
                                    • 林-高木先生
                                    • ダルメシアンの図

                                    • Editorial Notes:

                                      • ドッキリ収録含めAllen Institute visit最高に楽しかったです。(古)
                                      • dmdmのReviewerコメント読んだ。”monumental effort”とかのいいまわしが確かにカレルっぽい(萩)
                                      • 超まじめな話と笑い話が同じトーンで行われていて面白かったです (脇)
                                      • 2 hr 12 min
                                      • #79 The Wizard of Fz

                                        Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年1月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録)

                                        Show Notes (番組HP):

                                        • 齋藤さん過去回 1 2
                                        • 齋藤ラボ理研ECLページでの紹介
                                        • 齋藤ラボ公募ページ(研究員・特別研究員)
                                        • 齋藤ラボ公募ページ(パートタイマー・アルバイト)
                                        • 理研 和光キャンパス 開拓研究本部
                                        • トークしたイベント
                                        • 濡木先生
                                        • 西増先生
                                        • 井上梓先生
                                        • 古館昌平さんの回 1 2
                                        • 論文パート

                                          • Fanzor論文
                                          • 最近のCell論文
                                          • Feng Zhangラボ
                                          • Cas9ゲノム編集論文
                                          • Cas9ゲノム編集@ヒト細胞 1 2
                                          • Cas12
                                          • Cas13
                                          • Cas9祖先トランスポゾン論文
                                          • Eugene Koonin
                                          • OMEGA論文
                                          • CASTホーミングについての齋藤さん前報
                                          • 平野清一さんのIsrB構造論文
                                          • ゲノム編集で病気も治るようになってきた
                                          • トマトでGABAを増やす
                                          • 魚で白身を増やす
                                          • Jennifer Doudna達のFz論文
                                          • IS (Insertion Sequence):転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。
                                          • IS200/IS605
                                          • IS607
                                          • 2013年のFanzor命名論文
                                          • AlphaFold
                                          • Omar Abudayyeh(おまー)
                                          • Jonathan Gootenberg(ぐーばー)
                                          • 合同ラボ
                                          • BioRxivのプレプリントHERMES
                                          • Samuel Sternberg
                                          • のHERMESイジり
                                          • Science Advances論文
                                          • TnpBのペーパー
                                          • Virginijus Siksnys
                                          • Kavli賞
                                          • Soumya
                                          • Han
                                          • 毛みたいなほわっとしたカビ
                                          • ATCC
                                          • ツボカビSpizellomyces punctatus
                                          • 濡木先生とSiksnysのTnpBの構造論文 1 2
                                          • 末端配列とガイドRNA(ωRNA)配列の関係:これのc
                                          • Spuのめっちゃ綺麗な末端配列:これのa
                                          • ツボカビにも一応エレクトロポレーションはある
                                          • PAM(Protospacer Adjacent Motif):CRISPR-Casシステムにおいて、Cas9などのエフェクターがDNA切断を行う際に、標的配列の隣に必要とするモチーフ。SpCas9では3’側にNGG。
                                          • TAM(Target-Adjacent Motif):OMEGAシステムには“Protospacer”という概念が存在しないため、このように呼ぶ。
                                          • TAM、トランスポゾン、ガイドとなっている:これのa
                                          • Peel-and-paste:これのb
                                          • Sam SternbergのSelfish Spreadの論文(機構はFig. 5g)
                                          • 転写因子(TnpB様の転写抑制因子)の論文
                                          • OMEGAのペーパーが出た時のNews and Views
                                          • Robert Desimone
                                          • RSIの成果報告会で受賞したのが公表されたページ
                                          • CSHLのCRISPR Meeting
                                          • HanのTnpBのペーパー
                                          • CRISPR nuclease-protease
                                          • 加藤一希先生
                                          • Jonathan StreckerとEsraのCRISPR associated endopeptidase論文
                                          • StreckerのCAST論文
                                          • Peiyu Xu
                                          • Guilhem Faure
                                          • COVID-19で一緒に働いた
                                          • Julia Joungの転写因子アトラス
                                          • Max WilkinsonのR2論文
                                          • R2レトロトランスポゾンのレビュー
                                          • R2を使った挿入ツール 1 2
                                          • David Liu
                                          • David LiuのtwinPE
                                          • Omar + Goober のPASTE
                                          • PASTEを基盤技術にしたTome Bioscienceの最近の動向
                                          • Jonathan Weissman
                                          • Cas活性のパラメータについての仕事の一例
                                          • 登さん
                                          • Deliveryの話、例えばコレ
                                          • 昔のラボメンはK99取ってた
                                          • マイキーのPEG10
                                          • ジョブハントパート

                                            • 小関先生
                                            • 医科研のUTOPIA
                                            • 早稲田にいた時の自分の指導教官
                                            • UTOPIAについて一応調べた(100日でワクチン開発でした。。。 by齋藤) 
                                            • 東大の真下先生
                                            • Cas3の論文
                                            • 五神真先生
                                            • 大阪大学の蛋白質研究所
                                            • 定量研と卓越研究員制度
                                            • 今年は加藤セチプログラムのみ
                                            • Max君は本当にすごい
                                            • Rockefellerインタビュー6人中2人がうちのラボ
                                            • Kalli
                                            • Helen Hay Whitney
                                            • Hanna Gray
                                            • Aviv Regev
                                            • Xiaowei Zhuang
                                            • Adam Cohen
                                            • マイキーのラボ
                                            • Max Wilkinsonの出身ラボ
                                            • Kalliの出身ラボ
                                            • 独立後の計画

                                              • Joshua Weinstein
                                              • DNA Microscopy
                                              • Patrick Hsu
                                              • Bridge RNA
                                              • 宮脇さんが有識者の回
                                              • 有識者会議
                                              • 科研費倍増への運動
                                              • 後藤由希子先生
                                              • Kendall
                                              • スイスで会ったギタリストの友達
                                              • 本田圭佑
                                              • HFSPミーティング
                                              • 長田重一先生
                                              • アポトーシスの写真
                                              • 二階堂先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします!(by齋藤)
                                              • 加藤英明先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします!(by齋藤)
                                              • 奥山先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします!(by齋藤)
                                              • Susan Gasser
                                              • Patrick Matthias
                                              • アセチル化やってた論文
                                              • 吉田稔先生
                                              • 古細菌テーマ@HFSP
                                              • 二段階になったHFSPフェローシップ申請(このReview Procedureタブを参照。Letters of IntentとFull Proposals)
                                              • Yi Zhang
                                              • 小嶋さん
                                              • 寺坂さん
                                              • 松田真弥さん
                                              • 松本さん
                                              • 古館さんのNature論文
                                              • 長井淳さん 飲みましょう!!!(by齋藤)
                                              • 齋藤さんMITのアドレス
                                              • Editorial Notes:

                                                • 夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族(TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007)(齋藤)
                                                • 理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原)
                                                • Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非! (宮脇)
                                                • 3 hr 18 min
                                                • #78 It's all mental

                                                  神経科学会と関連ソーシャル振り返り、Paperpileの運用、Figを作るためのソフトウェアについて雑談。後半は、任意の抗原をトリガーとして働くGPCR、“Placebo”による鎮痛を担うかもしれない神経回路について (9/1収録)

                                                  Show Notes (番組HP):

                                                  • 日本神経科学会奨励賞
                                                  • 一個下の後輩、村上さん
                                                  • 元ボス(大木先生、が授賞式に来ていた)
                                                  • 元ボス(アンドレアス、が裏枠でトークしていた)のシンポジウム
                                                  • Neuroscience Researchに出した論文
                                                  • 長谷川さんの前例
                                                  • Andrew Holmes
                                                  • 北沢さんとのシンポジウム
                                                  • 北村さん
                                                  • 尾藤先生
                                                  • Michael Greenberg
                                                  • のBrain Prize Lecture
                                                  • 後藤先生
                                                  • 五十嵐さんが言ってた回
                                                  • 今井さん
                                                  • が見つけてきたお店
                                                  • 長崎の平和会館
                                                  • 佐藤達雄さん
                                                  • Carandini
                                                  • 佐藤さん主催のサテライト企画
                                                  • Greg Stuart
                                                  • 安田さん
                                                  • Letzkus et al. 2011
                                                  • Kampa and Stuartの論文
                                                  • 田川さん
                                                  • 奥野さん
                                                  • 知覧特攻平和会館
                                                  • 虎に翼 NHKオンデマンドをAmazonプライム経由で観てます。(VPN必須) (萩)
                                                  • 日本初の女性裁判官、三淵嘉子さんについて 
                                                  • 宮台真司先生 が悪いというわけではなく、ミサンドリー感情(+α)をフェミニズムと自称して活動する流れが問題なのであって、それを本来のフェミニズムと明確に区別して排除しよう、という意図での"クソフェミ"呼称であったという理解。 (萩)
                                                  • Jay Shendure
                                                  • NeuroTree
                                                  • George Churchのページ
                                                  • ボストンでもオーロラが見えた
                                                  • オーロラを観にこの温泉に行きたい (萩)
                                                  • Paperpile
                                                  • SigmaPlot
                                                  • 文献紹介パート:

                                                    • 文献1:Synthetic G protein-coupled receptors for programmable sensing and control of cell behavior
                                                    • Alice Ting
                                                    • Yulong Li
                                                    • KORD
                                                    • SPARK
                                                    • CAR-T
                                                    • SynNotch
                                                    • TRUPATHアッセイ
                                                    • TurboID
                                                    • 文献2:Neural circuit basis of placebo pain relief
                                                    • Grégory Scherrer
                                                    • 数年前のPainに関するミニスコープの仕事
                                                    • Analgesia: 鎮痛
                                                    • プラセボと治験についてのレビュー
                                                    • Fos TRAP初代 二代目
                                                    • von Frey試験含め疼痛評価法いろいろ (pdf)
                                                    • PnはCortexと小脳を繋ぐ重要な中継核
                                                    • Stress Induced Analgesiaはオピオイドが関与
                                                    • NPAS4 TRAPの論文
                                                    • Spontaneous ActivityによるHebbian Plasticity
                                                    • EmillianiのScanlessでオプシン型GEVIでも2p イメージング
                                                    • Adam Cohenの方
                                                    • MECのLeft-right-alternating theta sweeps
                                                    • LECのイベントストラクチャー表象
                                                    • Editorial Notes:

                                                      • 朝ドラ、ちなみにリーガルハイの2期を観ていた人には要注意。岡田将生が近しい文脈で全く違うキャラで出現するので混乱します。(萩原)
                                                      • 掛け算ができない…小学生からやり直します。Pontine Nuclei, 麻酔賭けた時にこの領域が活動しているのかちょっと気になります (宮脇)
                                                      • 1 hr 59 min
                                                      • #77 Timestamping academic life events onto podcast sequels – Part 3

                                                        定期ゲスト、デンマーク・オーフスの北沢太郎さん(@kitazawa_taro )。Neuro2024での記憶シンポジウムの宣伝、ラボ立ち上げから2年での進捗、初FENS参加など (7/11 収録)

                                                        Show Notes:

                                                        • 北沢さんラボ

                                                        • Neuro2024のシンポ (2S06a, 7/25 木曜日 16:00-18:00, 第6会場)

                                                        • Yingxhi Lin (“UTさうすうえすたん”ね。”てきさすさうすたん”てなんや...)

                                                        • 北村貴司さん

                                                        • 北西祐貴さん (後藤研メンバー)

                                                        • Michael Greenberg御大

                                                        • ERC

                                                        • さきがけ (PRESTO)

                                                        • LinのBiorxiv

                                                        • Lin のNpas4 Cell 2020 論文

                                                        • Sheena Josselyn / Paul Frankland

                                                        • Sadegh Nabavi

                                                        • 伊藤夏穂さんのポスターは初日 (7 月24日午前 1P-179)

                                                        • DANDRITE Scientific Advisory Board (SAB) Meeting

                                                        • Greenbergの2014 (Malik et al.)

                                                        • Seattle Hub for Synthetic Biology

                                                        • Jay Shendureの論文(Choi et al., 2022)

                                                        • Jesse Gray この人もGreenberg系列。一瞬独立してKCl-IEG実験(Tyssowski2018)とかやってたが気づけばなぜかAllenにいる。

                                                        • Chao Sun

                                                        • エリンシューマン

                                                        • Anna Klawonn

                                                        • 米原さん

                                                        • フィリッポ

                                                        • オーフス大学

                                                        • BGI

                                                        • Greenberg Fos engram 論文 1, 2

                                                        • Fens Kavli Network of Excellence

                                                        • Ryohei Yasuda

                                                        • Peter Scheiffele

                                                        • Yang Dan

                                                        • Ole Kiehn

                                                        • FENS2024 ウィーン 

                                                        • Alice Ting

                                                        • Brain Conference

                                                        • 古館さん

                                                        • いまスペインに旅行いくと水かけられる Barcelona anti-tourism protesters fire water pistols at visitors (CNN)

                                                        • FENS2026はMadridらしい

                                                        • 池の平ホテル

                                                        • Editorial Notes

                                                          • 「白樺リゾ~ト~池の平ホテル♪」のCMでおなじみの池の平ホテル、実家のわりと近くですが行くのは初めて。涼みながらデスクワーク出来そう (北沢)

                                                          • シンポジウム盛会を祈念しております!しかし2年でこんなに進んでるの流石すぎます(脇)

                                                          • 福岡でお会いしましょう。「NR聴いてます」ではなくて「論文読みました」(隠語)といって声かけてください(萩)

                                                          • 1 hr 38 min
                                                          • #76 Getting Out of the Comfort Zone

                                                            UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)再登場。転職活動振り返り、次に出る論文のSneak peek (詳細はNeuro2024のセッションにて)、R01グラント審査の実際&それを踏まえた書き方戦略講座、若い人へのメッセージなど (7/6 収録)


                                                            Show Notes (番組HP):

                                                            • 五十嵐さんラボ
                                                            • 五十嵐さん回 1 2,3 4
                                                            • Richard Tsien
                                                            • Paul Glimcher Neuroeconomicsの教科書に結構影響をうけたので残念...(萩)
                                                            • Nicolas Tritsch
                                                            • この前Nature出てた
                                                            • 坂野先生
                                                            • 2020と2021に出た論文
                                                            • 尾藤先生@Committee Chair
                                                            • Hannah Monyer
                                                            • 北村さん
                                                            • 最初の大学院生がPhDを取った
                                                            • Heechul Jun
                                                            • Jason Lee
                                                            • 横山先生(pdf)
                                                            • 山本先生
                                                            • 吉田豊さん
                                                            • 内田さん
                                                            • 加野真一さん
                                                            • 森下博文さん
                                                            • Attila Losonczy
                                                            • Hard money vs Soft money (pdf)
                                                            • ノルウェーのボス
                                                            • 学士院の賞
                                                            • 訴訟に関する記事 訂正:BrandeisではなくTufts
                                                            • 井上夫妻回 1 2 3 4
                                                            • 千歳さん回
                                                            • 五十嵐さんのジョブハントメモ
                                                            • Bonhoefferの論文
                                                            • Earl Miller
                                                            • 五十嵐さん達のNeuro2024でのセッション
                                                            • Rbp4-creなどについてのGENSAT論文
                                                            • MECからのPerforant PathをLesionするとCA1のPlace Cell場所受容野が曖昧になる ※ただしGrid Cell阻害実験の解釈は分かれている?:Leutgebのこの辺りの論文 1 2
                                                            • 海馬からの興奮性入力がGrid cellの発火パターン形成に必要
                                                            • 伊藤さん
                                                            • のNucleus Reuniensの仕事
                                                            • MECの恐怖記憶への関与を調べた北村さんの仕事 その続報  prefrontalの関与
                                                            • Hongjun Song
                                                            • 藤澤さん
                                                            • Antonio Fernandez-Ruiz
                                                            • Noah Gray
                                                            • ASCONA meeting
                                                            • Robert Datta
                                                            • Shohei Furutachiさん回 1 2
                                                            • Lake Conferences
                                                            • Gordon の Basal Ganglia
                                                            • 彦坂先生
                                                            • 金子先生
                                                            • 松田先生
                                                            • のJN
                                                            • 柳下先生
                                                            • 北欧のドーパミン学会IBAGS
                                                            • Dayan
                                                            • Gordon の Frontal Cortex
                                                            • Bruce McNaughton
                                                            • 40 Hzの話
                                                            • アナベル
                                                            • Li-Huei Tsai
                                                            • Buzsakiが出したああいう論文
                                                            • Gordon のNeurobiology of Cognition
                                                            • Desimone
                                                            • 宮下先生
                                                            • Brain Initiative 40 % カット
                                                            • NIA
                                                            • NIMH
                                                            • Early Stage Investigator (ESI) Policies
                                                            • LMDNのスタディセクション
                                                            • NIH RePORTER
                                                            • 小宮山先生
                                                            • CDIN
                                                            • NSF
                                                            • Lake ConferenceのDisease focusedな回
                                                            • Menno Witter
                                                            • Ted Jones
                                                            • 安田先生のブログポスト
                                                            • NIHのeRA commons
                                                            • 参考:R01で査読者から貰うサマリーステートメントの例 (某ラボの公開gdocs)
                                                            • 参考:R01アプリケーションのサンプル (pdf)
                                                            • PO: Program Officer
                                                            • U01
                                                            • P
                                                            • Ivan Soltesz
                                                            • Gary Lynch
                                                            • 海軍のグラントOffice of Naval Research
                                                            • 神経科学の達人での講演
                                                            • 薬理行動薬理若手研究者の集いでの講演
                                                            • 本庶先生の私の履歴書
                                                            • 羊土社の留学対談その1 その2
                                                            • 日本学生支援機構の海外留学支援制度
                                                            • Editorial Notes:

                                                              • 前回話させてもらったのがついこの前のように感じるのですが、3年も経ったとは。月日が過ぎるのはあっという間ですね。宮脇さん萩原さん、NeuroRadio三年間お疲れさまでした。研究者というのは楽しくも、つらく苦しい人生だと思っていましたが、テニュアがもらえると心の安寧が得られ、見える景色がだいぶ変わってきます。でも、人生で一番ダイナミックだったのは大学院生・ポスドク時だったのも事実です。みなさん、今を頑張ってください!Carpe Diem!! (五十嵐)
                                                              • 非公開アフタートークも楽しかったです、五十嵐さんありがとうございました!(脇)
                                                              • カレルは「俺は人生で一度もテニュア持ったことないぞ」っていつも偉そうに言ってます(萩)
                                                              • 3 hr 11 min

                                                              About NeuroRadio

                                                              From the publisher's feed

                                                              米国シアトル・ボストン在住の神経科学者2人によるポッドキャスト。

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                                                              43 Listeners

                                                              Rebuild by Tatsuhiko Miyagawa

                                                              Rebuild

                                                              50 Listeners

                                                              バイリンガルニュース (Bilingual News) by Michael & Mami

                                                              バイリンガルニュース (Bilingual News)

                                                              226 Listeners

                                                              ラジレキ 〜思わずシェアしたくなる歴史の話〜 by ラジレキ(ラジオ歴史小話)

                                                              ラジレキ 〜思わずシェアしたくなる歴史の話〜

                                                              6 Listeners

                                                              Off Topic // オフトピック by Off Topic

                                                              Off Topic // オフトピック

                                                              16 Listeners

                                                              歴史を面白く学ぶコテンラジオ (COTEN RADIO) by COTEN inc.

                                                              歴史を面白く学ぶコテンラジオ (COTEN RADIO)

                                                              245 Listeners

                                                              ニュースを深く面白く 報談 【HOU-DAN】 ホウダン by 朝日新聞ポッドキャスト

                                                              ニュースを深く面白く 報談 【HOU-DAN】 ホウダン

                                                              8 Listeners

                                                              ゆる言語学ラジオ by Yuru Gengogaku Radio

                                                              ゆる言語学ラジオ

                                                              64 Listeners

                                                              サイエントーク by レンとエマ

                                                              サイエントーク

                                                              5 Listeners

                                                              ゆるコンピュータ科学ラジオ by ゆるコンピュータ科学ラジオ

                                                              ゆるコンピュータ科学ラジオ

                                                              22 Listeners

                                                              あんまり役に立たない日本史 by TRIPLEONE

                                                              あんまり役に立たない日本史

                                                              32 Listeners

                                                              News Connect あなたと経済をつなぐ5分間 #ニュースコネクト by Chronicle

                                                              News Connect あなたと経済をつなぐ5分間 #ニュースコネクト

                                                              20 Listeners

                                                              ゆる民俗学ラジオ by Yuru Minzokugaku Radio

                                                              ゆる民俗学ラジオ

                                                              5 Listeners

                                                              東京ビジネスハブ by TBS RADIO

                                                              東京ビジネスハブ

                                                              1 Listeners

                                                              ゆる哲学ラジオ by ゆる哲学ラジオ

                                                              ゆる哲学ラジオ

                                                              5 Listeners