NeuroRadio

Washington University in St. Louis でそれぞれ独立PIになる井上昌俊さん（@feynman1104）と井上清香さん（@s_k_inoue）がゲスト。最新ジョブハント事情、パートナーとのジョブハント、WashUでの研究プランなど（9/5 収録）

Show Notes (番組HP):

ジョブハント編

新ラボ宣伝編

Editorial Notes:

UF Scripps Institute で独立する服部亮磨さん(@ryhattori,  gmail)がゲスト。Harvard MCBでのPhD生活、UCSDでのポスドク生活と研究内容の概説、ジョブハントの話、独立後の研究方針、ブリッジンググラント情報など（8/27 収録）

Show Notes (番組HP):

Ediitorial Notes:

古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、サイエンスメインの後編。感覚予測誤差タスク時のV1 L2/3活動とVIP＋LP (Pulvinar) 入力の協調的な影響を調べた最新プレプリントについてのディスカッション、今後の展望など（9/2 収録）

Editorial notes:

Sainsbury Wellcome Centreの古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、雑談メインの前編。留学時に分野を大きく変えた動機とそれに伴う苦労、PI（TomとSonja）のスタイル、SWCの雰囲気やロンドン生活について伺いました（9/2 収録）

Show Notes (番組HP):

Editorial Notes:

一時帰国とオフ会、オフィスのデスク削減方法、総合誌に載るマニアックな論文談義。論文紹介は、磁場によるタンパク質の蛍光強度調節、マウスの眼優位性カラム？、新タイプの近赤外Caセンサー、等 (8/27 収録)

Show Notes (番組HP):

論文紹介パート

Editorial Notes:

登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)ゲスト回、後編。Cell-type談義、あったら嬉しいツール談義、Assistant Features エディター経験、ジョブハント、新しく開くラボについて。(6/22収録)

Show Notes (番組HP):

Editorial Notes:

Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録)

Show Notes (番組HP):

ラボマネ・プロマネ事情、クラウドでのデータ管理・解析、マウス/キーボード談義。論文紹介は、AAV搭載可能な最小プロモーター、AAVのBBB通過に関与する受容体の同定、高所恐怖症の回路、嗅内皮質活動の回転対称性の変化、必要十分の不必要性、について (6/25収録)

Show Notes (番組HP):

論文紹介パート

Editorial Notes:

Pieribone + Chen の in vivo 膜電位イメージング論文を題材に、遺伝学的膜電位センサー(GEVI)、広視野+高速２光子顕微鏡、U-Netベースのノイズ除去手法について掘り下げました (4/30収録)

Show Notes (完全版)：

GEVIパート

黎明期のプローブ

ただし、黎明期プローブは膜上に移行しづらく使いにくいという問題があり、使いづらかった。

GEVI開発で気を付ける点は以下（St-Pierreによるレビュー⁠を参照）

1. Voltage sensitive phosphataseのVSDを使った系列

1-1: VSDの末端に２つの蛍光タンパク質をつけてFRETするタイプ

ただしkinetics遅め

1-2: VSDのC末に蛍光タンパク質を入れるタイプ（特にpHluorine改変体）

VSDのC末に入れるタイプは、FRETもArcLightもキネティクスが遅い。しかしArcLightについては未だにGEVIの中で一番大きい蛍光強度変化を示す。

予備知識：

2. ロドプシン系列

予備知識：

2-1: ロドプシンそのものの蛍光を見る

ただしロドプシン系は二光子では使えない。

2-2: ロドプシンのC末端に蛍光タンパク質/色素を融合し、ロドプシンとFRET

ロドプシンのC末端に蛍光たんぱく質をつけて励起。電位依存的な構造変化が起こって、蛍光たんぱく質がロドプシンに近づいた時にFRETが起こり、暗くなる。つまりロドプシンが電位センサーかつFRETアクセプターとして働く。ロドプシンより励起に必要なレーザー強度が少なくて済み（1/50~1/100程度）、ロドプシン単体のものほどではないがキネティクスが速い（ASAP系よりも速い）。

おまけ：

顕微鏡パート

広域顕微鏡開発で使われたTemporal Multiplexing
単純な仕組みとはいえ、<10nsの時間解像度でシグナルを処理するFPGAの設計は結構トリッキーらしい(Kaspar談)。
2x

4x

Spatial MultiplexingはそれこそPeter Soが先駆け
GFPの蛍光が2~3nsなので8nsのtemporal delayではcross-talkないのでは...と言っていますが、これは光子数が1/eになる時間なので、e^3~=20から、ざっくり全蛍光の5~10%くらいは漏れ込んでもおかしくないことになります。

Denoisingパート

Self-supervisingの説明を簡略化のためにDeepCADを例に用いて行いましたが、DeepVIDではspatialなinterpolationも行われています。ターゲットにするフレームの10%(この値はハイパーパラメタサーチの結果empiricalに決めている)をblindにしておいて、L2の計算をこのblind pixelsのみに対して行うことで、spatialな情報も利用するようになると考えられます。Shot-noiseはtempora/spatialともに独立なノイズになりますが、signalはspatialにもlocal correlationが高いことが多いので、ノイズだけが主に消えることになると考えられます。
元になったアーキテクチャ・フレームワーク
RonnebergerらによるU-Netと3D-U-Net
U-Netを元にしたノイズ処理の元ネタ: Noise2Void

Editorial Notes:

理研BDR宮道ラボの田坂元一さん aka 戦場ポスドクさんがゲスト。Adiラボ＠ヘブライ大学での仕事の背景、イスラエルでの生活、最新プレプリントのディスカッション (5/8 収録)

Show Notes:

Editorial Notes: