NeuroRadio

By NeuroRadioScience Life Sciences

NeuroRadio episodes

July 02, 2024#75 Dreaming of dreams
Northwestern Universityで来年1月から独立する千歳雄大さん(@yutasenzai)さんがゲスト。BuzsakiラボでのPhD、Scanzianiラボでのポスドク、ジョブハントで苦労したこと、独立後の研究計画について伺いました (6/20 収録)
Show Notes (完全版)：
千歳さんラボHP

Scanziani lab

Buzsaki lab

千歳さんに部屋を貸してもらった回

河野憲二先生

小川正先生

成宮周先生

古屋敷智之先生

Michela Gallagher

Denis Pare

ユーリ: ブザキのこと

藤澤先生

水関先生

Eran Stark

OLM cell specificなCreライン

PhD時代の論文その１：Mossy Cellの論文

DRD2-creでMossyがラベルできる、の論文

POMC-creでGCラベル、の論文

NeuroNexusのBuzsaki シリーズを含むカタログ(pdf)

電気生理的な特徴でGranuleを分離する、の論文 ”To our knowledge there are no electrophysiological characteristics with conclusively identify a neuron as a granule cell. In conclusion, it will be necessary in future work to use mode refined neurophysiological criteria combined with anatomical marking techniques for classification of dentate units.”

B2B2BになったLosonczyの論文とKnierimの論文

PhD時代の論文その２：V1で層の特徴量を見つけた論文

Antonio Fernandez-Ruiz

Shawn Olsenの論文

ポスドクでの仕事

SC-postrhinalを調べた論文

Mu-ming PooとYang DanのActivity recall論文

Adrien Peyrache

の、REM睡眠中Head Directionシステム論文

Robert Wurtz

による、サッケードを生み出す回路のレビュー

Roger Nicoll

Pontine waveとREM

Gilles Laurent

Reptileにおけるmidbrainのinterhemispheric competitionへの関与

井上夫妻のZoomミーティングに関するアドバイスの回　およびノート

Feinberg School of Medicine

2pImagingは結構decodingできる (from 大木研)

西本さん

神谷さん

睡眠中のGrid cellとHDとのcoordination

Editorial Notes:
今回はこのような機会を頂き大変ありがとうございます。僕自身、大変楽しませて頂きましたし、これまでのことやこれからのことを考え直すいい機会にもなりました。Northwestern大学で来年1月からLaunchする研究室では、一緒にサイエンスを楽しんでくださるポスドク、学生、ラボテクを絶賛募集中ですので、興味があればいつでもご連絡ください！（千歳）

日常会話で海馬の豆知識を出せるようになりたい (脇)

なんでデニパレさんのとこには行かなかったのかをきくのを忘れました (萩原)
2 hr 3 min
April 29, 2024#74 Letters to the editor
TED風トーク、DIY引っ越し、ライティングとLLM、買って良かった某アイテムについて雑談。後半は初のおたより回 (4/18収録)
Show Notes (番組HP):
雑談パート
Doudna

TEDに出た

神経科学学会にDoudnaが来た

U-Haul

DeepL Write

2021のIntercalated cluster論文

ChatGPT

Claude

Nature系列がやってる校閲サービス

Paperpile

Tushy

Totoの携帯用Washlet

シュピューラー
おたより紹介パート
押尾学

重要度と緊急度のマトリックス

ビジネス書

論文は常に書いていくもの、の出典

を書いたGeorge Whiteside

岡本太郎的な

Trachtenberg

ScanzianiがNeuronに出した

Yang DanからNature

Mriganka SurからNature

加藤さん回

のChR構造論文

佐野さん回

あやかさん回

研エン

神谷先生

発火頻度のログノーマル分布

Alison Barthのやつ

Toroidal回

GEVI回

Kilosort4論文

牧野さん回

サットン本

藤島さん回

麻しんワクチン接種について（Q７）

ロジスティック曲線ではなくロジスティック写像でした
Editorial Notets:
優しいおたよりばかりでホッととしました (脇)

健康のために12月にあるハーフマラソンにエントリーしました。スキーシーズンinしたときには既にいいコンディションという利点も。というわけで有酸素もやります。(萩)
2 hr 19 min
March 26, 2024#73 The yellow light for RdLight
健康診断、３年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録)
Show Notes (番組HP):
たち：白子 (英語メニューだとSoft Roeって書いてあってFish Spermじゃないんだな、と思うなど)

コメント募集！のGoogle Form

Querie.me

3年めのJ1ポスドクのタックスリターン

IRSのExemption 記述その１ vs 記述その２

SPRINTAX ReturnsとCalculus

税金計算ソフトのチャットボット間違えまくり、の記事

7000ドル追加徴税の回

日米租税条約第２０条廃止について：1,2年めも米国源泉所得がある場合は徴税対象っぽい？

JHUがまとめたフェローシップリスト

NIHグラントのEligibility

USCIS: 米国市民権・移民業務局のこと

Jetstreamの芯が国際規格に　６年前でした

宮脇が使っているLAMY の万年筆

Faber‐CastellのE-Motion all black

萩原さんが想定していたLAMYの万年筆　(サファリ)

ゲルト・ミュラーがデザインしたBraun sixtant SM 31とLAMY 2000

ペン回しの技一覧

さらさら系のJetstream対抗馬はゼブラのサラサでした。

ぺんてるのシャープレットクリップを取り外せるのはシャープレット"2"でした。
文献紹介パート
一報目：Bridge RNAs direct modular and programmable recombination of target and donor DNA

Arc Institute

Patrick Hsu

Silvana Konermann

西増先生

マイクロスケール熱泳動

Evo

二報目：Comment on ‘Accumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation’

Nicolas Tritsch

Mohebi et al のAccumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation

Frenemy

Bernardo Sabatini とTritschのb2b nature

Dana et al.,のjRCaMP1a, bとjRGECO1a Fig2-Supple3,4がPhoto-switchingのFig

Erratum (出版社側のミスの訂正)というよりはCorrigendum(著者側のミスの訂正)でした

SchultzのRPE

メンデル捏造？に関する議論のまとめ

赤色dLight

Mohebi & Berke のNature論文

Azcorra et al., Awatramani と Dombeckの論文

内田さんの論文

最近Stephan Lammelが出したNature Neuroの論文

一人で訂正これでこれを訂正したと思っていましたが、

自己訂正というよりかは、StuberとDAT-Cre vs Th-Cre でやり合っていた感じでした

Voltage IndicatorのPhotoswitch

IRを一緒に当てると褪色が遅くなる

Kaede

CAMPARI

X-CAMP R

RCaMP3 Nature Methodsに掲載 (3/21)

初代mScarlet

Kaesarのドパミン軸索でのaction potential initiation by Cholinergic input

Stephanie Cragg

三報目：Most axonal mitochondria in cortical pyramidal neurons lack mitochondrial DNA and consume ATP

平林先生

Bio-stationさんのポッドキャスト

Franck Polleuxラボ

田尾さんのミトコンドリア局在と軸索分岐の論文

もう一報出てたやつ：Polleuxラボからでした

本来のScanning Ion Conductance Microscopy

SypHer

iATPSnFR

Editorial Notes:
ボストン唯一の万年筆専門店がつい最近閉業したらしい。惜しい (脇)

引越し全部自分でやったので結構大変でしたが無事終わりました。まだ新居全然片付いてないですが、広くなって嬉しいです。万年筆を眼球に..はジョジョ3部ですが誰にも伝わってなさそう(萩)
2 hr 40 min
February 20, 2024#72 Collaborative professionalism in neuroscience
北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録)

Show Notes (完全版):
大久保さん個人HP

吉良さん@Chris Harvey Lab

計数工学科

Michael Fee lab

FeeラボでのNature論文

の日本語版解説

FeeラボでのNeuron論文

の日本語版解説

Rachel Wilson lab

Neuron論文

Pattern RecognitionとMachine Learning (PRML)

パターン認識の教科書の表紙

Parallel Distributed Processing (PDP): 並列分散処理で認知機能を説明しようとする1980年代に流行ったUCSDを中心とする認知科学のグループ。

Paul Churchland の本The Engine of Reason, the Seat of the Soul

Patricia Churchland

Mark Churchland

Anne Churchland

Terrence Sejnowski

The Computational Brain

Dmitriy AronovのScience論文（HVC破壊してもSubsongは残る）

COSYNE

Temperatureのやつ

鳥の歌生成に関わる脳領域、RA、HVC、LMAN の関連など

Jesse GoldbergのDopamineがPerformance errorをコードしている論文

親の歌を聴かせなかった時のHVCのシーケンス活動

Galen達がミニスコープを作ってカルシウムイメージングを始める

Genetic Dissectionのレビュー論文 2008

Andreas Luthiと David Anderson のb2b 2010

ハエはニューロンが個体を越えてIdentifiable: 仕事としては逃避を司るgiant fiber interneuronというのが古くから知られていて一番有名ですが、このニューロンは巨大なので例外で、ほとんどのタイプはsplit-Gal4のラインが整備されて以降（ここ10年）解析できるようなってきました。以下の仕事が代表的な例として挙げられます。
麻生さんのキノコ体の神経解剖、光遺伝学の仕事

並木さんの下降性ニューロンの仕事
実際split-Gal4作りがうまくいくと（２つのGal4ラインのうまい組み合わせが見つかると）、麻生さんの論文のFig. 2のように左右に一つずつあるニューロンが綺麗に取れてきます。一旦split-Gal4ラインができてしまえば、GFPを発現させてパッチしたり、オプトで活動を操作したりと、単一ニューロンレベルで解析できるのが良いところです。もちろん一つのセルタイプに複数のニューロンがあることもあるので、その場合は同じセルタイプ内では区別はできませんが（大久保）

ちなみにこのビデオがhemibrainというEMのデータから再構築されたニューロンのギャラリーで、一個のcell typeに名前がついていて、ユニークな形をしているのが分かりやすいと思います。このユニークな形のおかげで、EMのデータとsplit-Gal4を作る際に撮った光学顕微鏡のデータのマッチングは非常にうまくいっていて、同じニューロンを両方のデータで見つけられます（大久保）

髭さんのキノコ体の電気生理の仕事

並木さんの下降性ニューロンの仕事

ハエのConnectome論文 Central Brain Whole Brain

大学院生がやった行動実験の仕事（嗅覚と風を検知する機械受容覚にコンフリクトがあった場合、機械受容覚に従う）

Vivek Jarayaman

の仕事

ハエDual Patch, 隣の大学院生がやった運動に関するニューロンのdual patchの仕事

ハエのTriple Patch: このWilson研の大学院生の仕事のFig. 4ではシナプス結合している３つのニューロンからのin vivo同時記録という超絶技巧あり！

Janeliaがハエのラインをリリースした（Split-Gal4）

風間さん

Wade Regehr

Bernardo Sabatini

Chris Harvey

Michael Greenberg

北京脳科学研究所の組織図

メンフクロウの音源定位のレビューこの頃のScientific Americanは分野の第一人者が平易な文と分かりやすい図でレビューを書いており、素晴らしいです。

鳥と哺乳類で音源定位の神経回路は似ているか？

小西正一先生のobituary

Matt Wilson

Josh (Siegle)

CIBRでのPI公募

The Transmitterの神経科学における専業に関するオピニオン記事

Jakob Voigts

Open Ephys

DeepLabCut (DLC)

Advanced Technology Team

Image Analysis Collaboratory @ HMS

Institutional Knowledge

Instrumentation Core @ HMS

北京脳科学研究所のInstrumentation Core

AquiNeuro

Cyril Herry

Fixstars

OpenScope

Jérôme Lecoq

Mark Schinitzer

異なる個体においてもニューロンの集団活動のダイナミクスが似ている

Segment Anything (Zero-shotで画像のセグメンテーションを行うモデルの例）

DeeperCut

Editorial Notes
この度は貴重な機会を頂き、有難うございました！過去のNeuroRadioのゲストの方の中には一緒に語り合った仲間も多く、こういった形で近況アップデートできて良かったです。自分は、様々なタイプの科学者のちょっとした出来事に垣間見られる「現場でのプロフェッショナリズム」に大きく影響を受けてきました。そういった学会発表や論文からはなかなか見ることのできない科学者の人物像に関するエピソードを盛り込むようにしましたが、少しでも雰囲気が伝われば幸いです。後半の神経科学におけるコラボレーションの議論では、Allen InstituteやWyss Instituteでの様子も聞けて、色々と参考になりました。 (大久保)

自分もなるべく生データに近い所で働きたいです。新しい研究所で新しいキャリアの在り方を作るのは大変そうですがハマれば理想的ですね (宮脇)

生理実験がまあまあ得意、というのに要所要所で支えられてきましたが、実験はできるだけ早く引退したい…(とはいえ解析だけで生きていけるほど解析能力が高くないのであった) (萩原)
2 hr 43 min
January 18, 2024#71 My Favorite Things 2023
新年のんびり雑談回。去年の振り返りと今年の抱負、おたより回は実現可能なのか。後半は2023年お気に入りアルバム10選、お気に入りYouTubeチャンネル5選。(1/11収録)

Show Notes (番組HP):
震災関連の寄付窓口まとめ

最近のエピソード

〇〇を救いたい

NeuroRadioへのお便りフォーム

Querie Tips

研エンさん

の、おたよりフォーム

Overleaf

DiscoverabilityとEnforceabilityについて言及した記事

Science Advancesにのったやつ

について扱ったNeuroRadio回

ニコラス就職

K99/R00

去年の年始回
2023年宮脇お気に入りアルバム 10選
Favorite Album 2023まとめツイート

Sufjan StevensのJavelin

Illinois Apple Music Spotify

Call Me By Your Nameで使われてた歌

ギランバレーになった

10: Deena Abdelwahed - Flagranti (EP)
Flirt

Heba Kadry

YMOのAbsolute Ego Dance

Jbal Rrsas

9: Ricardo Dias Gomes - Muito Sol
Menos

Joao Gilberto

Stan Getz

Nara Leao

8: Laurel Halo – Atlas Apple Music Spotify
Late Night Drive

Hyperdub

Lucy Railton

James Underwood

Ryoji Ikeda

Alva Noto

7: Headache - The Head Hurts but the Heart Knows the Truth
Bucket Listener

Vegyn

Frank OceanのBlonde

Blonded Radio

PLZ Make It Ruins

6: Model/Actriz – Dogsbody
Amaranth

Steve AlbiniのBig Black

Rapeman

Shellac

Arca

5: Sanam - Aykathani Malakon
Bell

CAN

Faust

4: Ali Sethi & Nicolas Jaar – Intiha
Muddat

Nicolas JaarのTelas Apple Music Spotify

Ziggy Stardust Apple Music Spotify

3: Goat - Joy in Fear
プロモ映像

Kraftwerk Man-Machine Apple Music Spotify

Weired Fishes / Arpeggi

boomkat

KakuhanのMetal Zone Apple Music Spotify

2: Titanic – Vidrio
Anonima

Mabe Frattiの作品

ラジオのように

Life Without Buildings

1: Bendick Giske – Bendick Giske AppleMusic Spotify
Rush

Beatrice Dillon

Steve ReichのIt’s gonna Rain

Pharaoh Sanders

Albert Ayler

その後につづいたシングル曲も良いですが “See on both sides like Chanel” が秀逸すぎてハマりました

Dissect podcastのBlondeに関するシリーズ

2023年萩原おすすめYouTube 5選
1: パワーチューブ
おすすめ動画: 2023年最新！ベンチプレスの【基本】はこれで分かる！日本王者解説！

牛山選手

SBD

が主宰するシェフィールド

2: Jeff Nipperd
おすすめ動画：How To Train Like A Minimalist (More Gains In Less Time)

Broscience

Progressive Overload

今古賀翔

走ることについて語るときに僕の語ること

3: 散財小説ドリキン
おすすめ動画：「本日最終日！ゼンハイザー e935 vs e945 vs Shure MV7 仁義なきサイドバイサイド比較」第2086話

おしりが洗えるシャワー

を取り上げたNR回

U87Ai, SM7B, Beta58A, EarPods

Rebuild.fmどりきんさん回まとめ

4: ReHacQ−リハック−
おすすめ動画：【最先端！快眠の科学】Google賞金4.5億！天才睡眠学者が登場【常識覆す研究】

日経テレ東大学

菅前総理回

国民民主党の党首回

新NISA回

山崎元氏による新NISA解説

5: 小倉知巳のイタリアンプロ養成講座
おすすめ動画：ミシュラン1つ星イタリアン店の「スパゲティ・カルボナーラ」【#イタリアンプロ養成講座 vol.8】

Regalo

落合務のパーフェクトレシピ

戸羽シェフのチャンネルに首つっこんだ回

ステッカー試作品
Editorial Notes:
今回からマイクがYetiからSM7Bになりました (脇)

2024年はとりあえずZAZEN BOYSの12年ぶりの新譜を座禅して待機しています。そういえば向井秀徳がスティーブ・アルビニみたいな音像にしたくてデイブ・フリッドマンをエンジニアにしたとか言ってた (萩)
2 hr 12 min
December 19, 2023#70 Transmission
有識者会議、Seattle Hub for SynBio、マイク談義、理論系とのコラボについて雑談。論文紹介は、性周期に依存した報酬予測誤差シグナルの違い、Cas9 RNPそのものを細胞内に導入する手法、マウス用VRゴーグル、細胞種特異的なmiRNAをbulkのRNA seqで読む手法、ヒトからラットへの恐怖伝達、など (12/10 収録)
Show Notes (番組HP):
雑談パート
グローバル・スタートアップ・キャンパス構想に関する有識者会議

齋藤さんNR回 1 2

使った発表資料(pdf)

Nature Biotech のChurchラボに関する記事 (pdf)

ヴィースのHow We Work

ヴィースのしくみに関する記事

Business Development人材のリスト

Allen +UW+CZIのSeattle Hub for Synthetic Biology

Jay Shendure

David Baker

Rui Costa

浜崎さん

林さん

浜崎さんの歴史的な仕事

コンデンサマイク vs ダイナミックマイク

Blue Yeti

Brooks Brothers破産

今年のBlack Fridayはそんなに良くない？：10月からの割引が結構あったという話らしい？

Shure MV7

Shure SM58

Shure Beta 87A

イアンの回

昔の北沢さん回

MOTU M2

Shure SM7B

(Geforce RTX) 3090

Neumann U87 Ai

U47 Frank OceanがBlondeのレコーディングで使用

Jeremiah Cohen

UWのEric Shea-Brown

豊泉さん

Stefan Mihalas

MindScope終了

Shaul Druckmann

最後の方の稲垣さんの仕事

Sandro Romani

M3 Pro Max
論文紹介パート
論文１：Estrogenic control of reward prediction errors and reinforcement learning

Christine Constantinopleラボ

Randy Brunoラボ

Brunoラボ時代の仕事

Thalamo-cortical Axonのターゲットlayerは皮質によって異なる (モダリティではなく一次/二次感覚野の違いでした脇)

Bruno、ポスドク時代の超絶技巧

Larkumラボ

の上だけ止めるmanipulation：たとえばコレのBaclofen局所投与

Brodyラボ

Brodyの所で出した論文 1 2

塩野七生

ローマ人の物語

コンスタンティノープルの陥落

中島さんのCellの仕事

さやかさん回 1 2 3 4

タスクの詳細が載ったNature Communicationsの仕事

Silvia Arber

optogenetic activation assesses what a neuron can do, but not what a neuron does do

さやかさんの論文

AllenのABC Atlas

GPCRのInternalizationによる不活性化

DATのアンタゴニストGBR 12909

柳下さんの一連の仕事 – Slice: 1; Behavior:2

George Augustine

Erwin Neher

細胞内カルシウムのモデリングの仕事

論文２：Engineering self-deliverable ribonucleoproteins for genome editing in the brain

Doudnaラボ

SV40 NLSをつけるとそのまま入る、の論文

Cell Penetrating Peptide に関するレビュー

筆頭著者が同時に出していたLNPによる投与のプレプリント

Broadの人達がやっているデリバリー 1 2 3

論文３： Full field-of-view virtual reality goggles for mice

Daniel Dombeck

David Tank

２光子顕微鏡の下でマウスを走らせたNeuron論文 (2007)

海馬での応用が2010 NN

Chris Harveyの仕事

Moserとかがオーサーに入ってる、VR使用時の注意点ディスカッション

Zemax

論文４：Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types

Loisa Cochella

Mime seqその１ in Nat Meth

miRNAによるAstrocyte以外でのTransgene分解

glycolRNA Cell 2021

Bertozzi

筆頭著者のRyan Flynn

続報プレプリント

Bertozziは元々糖鎖合成の化学者でした

論文５：Rats respond to aversive emotional arousal of human handlers with the activation of the basolateral and central amygdala

ハンドラーの性によって行動が変わる、の論文

ラット、かくれんぼする

ラット、くすぐられて笑う

Brecht

Contributed Submissionがなくなった? ->嘘でした、まだあります。
Editorial Notes:
マイク沼、CPU/GPU沼、対物レンズ沼は奥が深そうで怖い (脇)

昔はひたすらマーガレットおばさんのシャツとニットを着てましたが、体がデカくなって着れなくなったので全部捨てて、以降ほぼ全部ユニクロ(か山系)です(萩)
2 hr 53 min
November 30, 2023#69 PhD programme at the Centre
University College London/Sainsbury Wellcome Centre 博士課程の黒田澄哉さん(@_sumiyakuroda)、中野誠大さん(@_mnakano)がゲスト。UCL/SWCでのPhDコース、Tom (& Tim) ラボでの仕事の様子、PhDアプリケーション時の話、ロンドン生活について伺いました (11/10収録)

Show Notes (番組HP):
中野さん

黒田さん

Optical BiologyのPhDプログラム

SWCのPhDプログラム

Tom Mrsic-Flogelラボ

Tim Behrensラボ 1 2

Lucy (Rotten Tomatoes)

黒田さんがラマンをやっていたところ

USMLE

水島研

大木研

Elective Clerkship（エレクラ）体験談いろいろ

Matteo Carandini

Kenneth Harris

Cortex lab

Isaac Bianco

Florian Engert

Andreas Shaefer

クリック研究所のNeuroscience

King’s College London

Jeffrey Erlich

Carlos Brody

Athena Akrami

LabVIEW

Bpod (中身はただのTeensy的なマイコン)

PyBpod (全然メンテされてなくて微妙)

Bonsai Harp

Gonçalo Guioma

Allen が引き抜いたBruno Cruz

の論文とか

Ivan Voitov

Ivana Orsolic et al., 2021 Neuron

Teensy (Arduinoの.inoスケッチで動くマイコン。CPUがArduinoに較べて謎に強力)

Aruduino

Maxime Rio

IBL

IBLのHarpによるBehavior control

Champalimaud (IBLの出資元)

SLM (Spatial Light Modulator) 解説

Michael Häusser

Adam Packer 2015

Deisserothが使っているAll Optical Physiology用顕微鏡

Thomas Akam

Mohamadyによるプレプリント

Timが最初にやったNose Pokeの仕事

Cambridge Probes

GPCRのInhibition PdCO

2p SLMでのGtACRを使ったinhibitionは一応あるがまだbiologyには繋がっていない

服部さんのpaAIP使った仕事

古館さん回 1 2

Sonja Hofer

SWCの顕微鏡チーム

Troy Margrie

Rob Campbell

Bruno Pichler

の会社INSS

COSYS

のDaleさん

Tiago Branco

SWCのウイルスのコア

SNTN (Systems and Theoretical Neuroscience) 20/21年版

Marcus Stephenson-Jones

Tom Otis

Angus Silver

KennethのNeuroinformaticsコースClass Page

Ken Harris のnonsense correlation

イメージングとTranscriptomeの対応

Yoh Isogaiラボ (現Allen)

Gatsy Computational Neuroscience Unit

Peter Latham

Maneesh Sahani

John O’Keefe

Tiago のSynaptic Threshold

Goal/Subgoal

SC

Georg Keller

Karl Lashley (タスクが難しすぎる&マルチモーダル過ぎたのが敗因と解釈されることが多い)

Rainer Friedrich

元々DTIをやっていた

Mark Walton

Tolman-Eichenbaum Machineの論文

James Whittington

金森さん

2011年のHo Ko論文

Ho Ko lab

Andy Murray lab

デスク含め全てが波打っている

SpareRoom

Editorial Notes:
LUCY観た人いたら連絡してください笑（中野）

Georg推し人間みたいな感じになってしまいました（黒田）

２人とも今すぐポッドキャストのホストできそうな感じで面白かったです（脇）

新海は言の葉の庭(を含む)以前派です。黒田さんがPAWorks推しと認識してるのですがShirobakoの話するの忘れました（萩）
2 hr 17 min
November 22, 2023#68 Foraging under the Sun
UF Scripps服部亮磨さん (@ryhattori, gmail) がゲスト。PIとしてフロリダで働き始めた様子、OFCメタ強化学習論文の紹介、今後の展開・手術ロボット談義など（11/10 収録）

Show Notes (番組HP)
服部ラボHP

服部さん過去NR回

最近のMetaRL論文

DEA：麻薬取締局のこと(Breaking Badのハンクが働いてるところ)

服部ラボ求人広告

Florida Atlantic University

のHonor college（FAUの成績優秀者が通うキャンパス）がUF Scrippsの隣にある

U-HAUL 大手引っ越し業者

U-box

2P-RAM

Diesel2p

First Author の Che-Hang Yu

INSS

Bruno Pichler

COSYS

Spencer Smith

さん達の会社

フロリダの魚

数回落ちてる過去出演者

SFARIのエリジビリティ

小宮山先生

最初のCell

Ken Harrisの nonsense correlation

PatchWarp 論文

Community Review (今はMulti-Journal Submission)

Heliyon　確認したらHeliyonはCommunity Review / Multi-Journal Submissionの対象外でした。 by 服部

Cell Reportsシリーズ：一応Cell Reports（生物学的発見）でカバーされない分野の論文のためのジャーナルらしい。Physical ScienceとかSustainabilityとか「細胞」関係ないやんって思いますが by 服部

これより前のNeuron論文

Matthew Botvinickが提唱したMeta-reinforcement learning

UC バークレーのグループによるもの

A2C

Jeremiah Cohen

Yasuda先生のラボ

が開発したpaAIP2

サットン本

Deisseroth のOFC論文

StuberのOFC論文

JeremiahのNeuron論文 (Bari et al)

JeremiahのbioRxiv論文

SfNのDeisserothラボ左右Foraging

David Sussilo

D-labのRetrosplenial論文

NeuroSarの手術ロボット

RWDの手術ロボット

Mackenzie Mathis

フロリダ大学のスパコン NVIDIA A100 GPUが1,120枚入っているのでAIのトレーニングに便利です　by 服部
Editorial Notes:
また呼んでいただきありがとうございました。後半のサイエンス部分は近い分野以外の人からしたらワケワカランかもですが、マニア向けということで・・・。ポスドク希望の方はメールでお問い合わせください！(服部)

手術ロボットの最適化、ある意味で強化学習の強化学習って感じがします (脇)

僕は爬虫類やや苦手です(萩)
1 hr 45 min
October 21, 2023#67 You've come a long way
Lake Conferenceレポート、DJ Clubなどについて雑談。論文紹介は、intrabodyベースの順行性モノシナプティックトレーサ、CSとUSが離れた味覚嫌悪条件づけの神経基盤、授乳期の骨形成を担うホルモンの発見、ライティング時の注意に関するエッセイ (10/14収録)

Show Notes (番組HP):
Lake Conferences

トゥーンでの開催

ASCONA

Pico Caroni

Silvia Arber

Rainer Friedrich

元ボス

ゲオルグ

Rui Costa

DeepLabCutのMathis

Brain Behavior Observatory (BBO)

IBL

Enhancer-AAV その１その２その３

千歳さん

第一回論文紹介

SfNでの発表トーラスの発達含め他のポスター群も面白そう脇

エントライナルを潰しても場所細胞は残る by ロイトゲブ・ロイトゲブムシモルじゃなくてNMDA lesionでした萩

エントライナルのグリッドの形成が場所細胞の形成より遅い

Leutgebのレビュー

NR(Nucleus Reuniens)からの場所情報コード acuteでのdisruptionはリマッピングにしか影響なさそう脇

Ilana Witten

AndreasラボのCTA論文

Zimmermanさん

Scott Sternson

Yuki Oka

Zachary Knight

一番搾りの写真

五十嵐さん

吉良さん

Hide Inagaki氏

Rajesh Raoさん

Predictive Codingの伝説的なNN論文

古館さん回 1 2

Arisの論文　2012 Neuronはゲオルグ筆頭のやつでした… 脇

DJ Club

新築の建物

Dissect Podcast

In Rainbows

High and Dry 実際の歌詞は don't leave me high/dry なのですが、なんか通じましたね笑　-確かに！

Don’t let me downのルーフトップコンサート　Let it beセッションの収録だがGet backのB面

SpotifyでPodcastの中に音楽埋め込みができる

Spotifyのドキュメンタリードラマ

戦場ポスドク氏回

Ofer Yizher

のTwitterで外人ポスドクがEvacuateしている様子

Harvardが声明文出すの遅くて抗議されていた
論文紹介パート
論文１：ATLAS: A rationally designed anterograde transsynaptic tracer

Don Arnoldラボ

AAV1

YFV-17D

NeuroRadioで扱った回

Intrabodyとは

10th Fibronection Type 3

mRNAディスプレイ(in vitro virus)の根本先生による日本語解説

FingR論文

使われているAnti-Creの抗体

AAV2-rgのトロピズム、これのTable S2

論文２：A neural mechanism for learning from delayed postingestive feedback

Richard Palmiter

Parabrachial CGRP がCTAに効いてるというNeuronの仕事

慈恵の渡部さん

の仕事

Hailan Huの2報 1 2 (と言ってたら10/18に続報がまたNに)

リチウムはこれとHailan Huが混乱してた感じが萩

ジョセリンのexcitability-based allocation selection

同じ路線の質問応答をマークのポスドクとイラーナがtw上でやってた。cAMPはありそう。萩

Mark Andermann

MarkAndermannの興味が(Sリバレスとのコラボで)そちらに向いてた

遅れて反応するVTA細胞もいるというZachKnightの仕事

論文３：Brain-Derived CCN3 Is An Osteoanabolic Hormone That Sustains Bone in Lactating Females

Ingrahamラボ

Amrosiラボ

Ingrahamラボの前報

冬眠っぽい表現型が出るセルタイプ

宮道先生

のグループによるARC Kiss1の閉経後ダイナミクス

苅郷さん

論文４：Point of View: Beware ‘persuasive communication devices’ when writing and reading scientific articles

日本の時にやってた仕事

Orchestrateしてるかは怪しい仕事

RabiesのSci Adv論文、supplementary notes

Natureのアブストの書き方指南

この前の北沢さん回
Editorial Notes:
風邪治りたてで喉がダメでした…すみません。15 Stepって一発録りだったんですね（脇）

爆発音ビビりました。銃声より全然デカかった。記念に残してます。(萩)
2 hr 43 min
October 14, 2023#66 Timestamping academic life events onto podcast sequels - Part 2
定期ゲスト北沢さん (@kitazawa_taro) のデンマーク・DANDRITE生活１年目の振り返り、ラボ立ち上げ・プロジェクトの経過、Fosの発現メカニズムに関するJC、など (10/1 収録)
Show Notes (番組HP):
北沢さんラボ

北沢さん過去エピソード 1 2 3

神経科学学会2023

FMIでの仕事

新潟の脳研

とのシンポジウムで帰った時の写真

DANDRITE

竹内さん

米原さん

三國さん

佐藤大祐さん

蚊のラボ(熱帯医学講座)

Sadegh Nabavi

最近のスイスの滞在許可の言語要件

北沢ラボ研究テーマ：vivoのmemory formationを最新ゲノミクスで+ゲノミクスの最新技術を作ろう

スナップショットを越えようとする例。その１　その２　その３　その４

Erin Schuman

Chao Sun

Chao Sun 論文、シナプスシングルタンパク質イメージング

Brain Prize 2023

Michael Greenberg

Erin Schumanの歴史

Npas4は両方やってそうこれですか？

Arcもやってそう: vivoではArcは一度上がったらずっと上がっているかも

Bito先生あたりで一度言われていた

Thomas Kim

Seth Blackshaw

Sageghが出してた

Frontier

Molecular Brain

BioRxivに出ている

OptoでLTPのnature

Fens-Kavli scholars

FKNEのコミュニティサービス業務の一つ:PhD awardにギリで落とされた萩原

Denis Jabaudon

Johannes Gaeff

Guillermina López-Bendito

Flavio Donato

Tomas Ryan

収録後に実際にボルドーのFens-Kavliカンファに参加して、Keynoteで来ていたSheena Josselynともちょっと仲良くなりました！

FENS (Federation of European Neuroscience Societies)

ボルドーニューロキャンパス

ボルドーの高橋さん

Julien

Julienの2022Science

Cyril Herry

Filippo Rijli

Nikolas Karalis

ParisBrainInstitute

オーサーシップの複雑なScienceAdvances論文

Breathingの仕事
ジャーナルクラブ: Neuronal FOS reports synchronized activity of presynaptic neurons
前回のJCで読んだGreenberg Harveryの仕事

のNR回

Thomas Oertner

DRGをモデルにつかった古典の例あと、これとか

2013年の最初のTRAP論文

カルシウムから転写までのシグナルに触れたレビュー。その１　その２

TTX存在下でのHigh Kによる転写制御のGreenbergランドマーク的論文　その１　その２　

収録中Fig4でのロジックをどうしても解読できてなかったのですが、収録後になんとなくわかりました。活動・カルシムの下流のシグナルを阻害してもFosが変化しないので活動が自律的にFosを誘導していないという風な文脈なんですね。ただ、阻害されたシグナルが活動特異的なものでは特になく、しかも活動の下流を全部つぶしたわけではない(CamKとか)ので、データだけフラットにみると有名なシグナルをcherry pickにいくつか阻害したけど結論が出ませんでした的な感じの印象が強くなってしまいました。活動だけで特異的に駆動されるシグナル (のモジュール) とかがあると助かるんですけどね。。。 (北沢)

Gi-DREADDの作用機序は結構複雑:Rothのこのreviewがわかりやすくまとまってる

リリースを阻害するテタヌストキシン軽鎖 (TeNT Light Chain)

Francesco Ferraguti

Fred Gageのところで作られたDGとCA1をFACSで分けるプロトコル

Kaz Tanaka / Tom McHughの仕事が引かれていない

DavidのGeorgの海馬の方 (4年くらいbRに放置)

DavidとGeorgのV1の方 (reviewを経て謎の新興ジャーナルに)

北沢さんらがミスったbioRxivの引用 (3人目以降のオーサーが落ちるのが共通?)

Bito先生がDeisserothと昔やった仕事

Richard Tsien

CREB周りは、0.1Hzでのリン酸化CREBの免染をしてくれるだけでだいぶ理解が深まるのになーということをコメントしようと思っていて忘れていました。MAPKやCamKシグナルに関しても同様なのですが。北沢

CREB屋さん、Josselyn
Editorial Notes:
文献検討を加えたことでだいぶ中身ができましたねー。Fens-Kavliネットのハイライトはシーナジョセリンとの初邂逅でしたが、実は彼女は僕がDANDRITEポジションに応募した時のプロポーザルを外部レビューしていて、僕の方向性はしっかり把握していたことが発覚。ERCのプロポーザルはヨハネスグラフに回っていたし、基本的に情報は漏れまくる覚悟が必要ですね！(北沢)

BTSPの刺激プロトコルより長いタイムスケールの人工的な刺激でこういうことが起こるの面白いですね。ところでSanta CruzポリクローナルのFos抗体って一回ディスコンになったはずですけど復活したんですかね…？Fig. 5,6 でSynaptic Systemsの異なるFos抗体２種類を使ってるのも若干気になります (脇)

北沢娘から2人称「あなた！」で呼ばれてたのを思い出して懐かしい気持ちに。多分”You”の直訳なんだと思う。Fosの抗体に関してはディスコン直前に買い込んでたらしい。で、使い切ってSySyのrat?に切り替えたとの談。僕は253に切り替えたけどそちらもディスコンだろうか...(萩)
2 hr 59 min