所以，菲茨罗伊刚上任一个半月，就在海上碰到了突如其来的风暴。其实这一天下午菲茨罗伊也一直关注着天气的变化。1点钟左右，从东北方向吹来稳定的微风。一个小时以后风力变得很强，但是到3点钟风基本上就停了。但是好景不长，到了4:30，突然变得风起云涌，到了5:00就已经是乌云满天了。菲茨罗伊甚至看到了西南方向的闪电。也就是说那边已经开始下大雨了。所以菲茨罗伊马上就对帆进行了调整。这是5:20的事。5:40船就突然遭到了风暴的袭击。这来的太快了。水手们正在升帆升到一半，好多人还爬在桅杆顶上呢。结果大风就来了，风一吹船一晃，有个水手就掉到了水里。

贝格尔号毕竟很小，抗风能力很差。一个大浪打来船头就埋进了水里。短短几分钟这船就被搅得天翻地覆。大雨和冰雹接踵而至。贝格尔号舰体摇晃非常严重，还被风吹断了两根桅杆，那叫一个惨啊。最后菲茨罗伊船长也不得不砍断了两根锚链，才算稳定下来。

这场突如其来的风暴给菲茨罗伊留下了深刻的印象。在30年以后他回忆起这场风暴的时候，仍然是记忆犹新，而且他也非常愧疚，因为这场大风里面死了两个船员，菲茨罗伊是眼睁睁看见他们掉进海里。马上就被大浪吞没了，根本来不及救他们。所以菲茨罗伊一直都在自责，要是早点把帆降下来，也许就不至于出这么大的事儿。