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By NeuroRadioScienceLife Sciences
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NeuroRadio episodes

  • #35 Introduction to structural biology for neuroscientists

    東大先進科学機構の加藤英明さん(@emeKato)をゲストに、今回のChRmine構造論文やこれまでの仕事の背景、神経科学者が構造生物学について知っておくと良いこと、今後の構造生物学の展開等を伺いました。(2/20収録)

    Show Notes(完全版は番組HP):

    • 加藤研
    • 加藤さん過去インタビュー 1 2
    • ChRmineの論文
    • 濡木研
    • Brian Kobilkaラボ
    • Brianノーベル賞のページ
    • 2012年のNature論文(ChR1とChR2のキメラ、C1C2の構造解析)
    • の新着論文レビュー
    • 服部素之さん
    • タンパク質結晶化の基礎と蒸気拡散法の解説 (pdf注意)
    • 芳賀先生のNature 2012 (註:だいぶ年が間違ってましたね・・・ by 加藤さん)
    • 脂質キュービックフェーズ(LCP)法 (pdf注意)
    • Nanobodyを使ったBrianたちの論文
    • iC++の構造論文(Nature筆頭論文その3)
    • GtACR1の構造論文(Nature筆頭論文その4)
    • 上記論文の新着論文レビュー
    • 微生物型ロドプシンの作動メカニズムについての神取先生の解説記事 
    • 加藤先生のアドバンスト理科
    • Kalium rhodopsins
    • クライオ電顕の原理の解説(吉川研)
    • David Juliusが取ってた
    • NTSR1-Gi1のCanonical と Non Canonicalクライオ構造論文(N筆頭その5)
    • AlphaFold2論文
    • 死の脳内表象について(pdf注意)
    • Yusteがやってたoptogeneticsのonline meeting質問のシーン
    • KR2の構造解析(N筆頭その2)
    • の新着論文レビュー
    • 神取研
    • 木暮先生
    • 2013年のNature Communicationsの論文
    • 吉澤研
    • Editorial Notes:

      • なんか一人でベラベラ話していて、聞き直してみると非常に恥ずかしいですね。。穴があったら入りたい気分です。あと、ビタミンD不足で病院のお世話になった時は我ながらビックリしました。構造解析の比重は減らすと言いましたが、普通の構造解析の比重は減らす一方、dynamicsやin situでの構造解析は今後も続ける予定です(加藤)
      • フェイク修論発表→本丸ねーちゃー、太陽の降り注ぐかりふぉーにゃでVitD不足、などなど、ついったー経由で仕入れていた武勇伝に関して突っ込むのを失念しておりやらかしたー (萩原)
      • 思えば分子生物学にハマったのはK+チャネルのイオン選択性フィルターがK+より小さいNa+イオンを透過させない仕組みに感動したのがきっかけでした(宮脇)
      • 1 hr 54 min
      • #34 Catch-22 in code-switching

        アメリカでの運転免許取得、Mini2P、MATLABからPythonへの移行に関する雑談。フラッシュ論文紹介は海馬4重vivoパッチ、BLAドパミンREM睡眠、シータ波と歩くリズムの同期、第三世代Rabies、投射先アストロサイト標識、eVLPについて。(3/19収録)

        Show notes(完全版はこちら):

        • COTEN RADIO
        • バイオステーションゲスト回
        • catch-22
        • Koch Family
        • Zipcar
        • Mini2P論文
        • Biologyの方
        • Mini2p自体はNature Methodsに2報くらい 1 2
        • ノルウェーの会社製の(GRINじゃなくてElectrical Tunable Lens的なやつだった…)
        • ゼロから作るDeep Learning
        • vscode
        • A neuroscientist’s Python environment (Allenの同僚・伊藤さんによるpython開発環境の解説記事。Remote development extension packが便利そう)
        • spyder
        • 3090
        • 東大入試生物2022
        • 見たことのある実験系
        • Herman MillerのSayl Chair
        • フラッシュ論文紹介:

          • 論文1:Inhibition allocates spikes during hippocampal ripples
          • ForwardとReverseがあるよ
          • Pouletラボ
          • Jouhanneauの4重パッチ
          • 論文2:Rapid eye movement sleep is initiated by basolateral amygdala dopamine signaling in mice
          • 櫻井研
          • 情動脱力発作について(長谷川さんの過去仕事プレスリリース)
          • オレキシン発見
          • 長谷川さんの過去仕事一覧
          • 論文3:Dynamic Synchronization between Hippocampal Spatial Representations and the Stepping Rhythm
          • Loren Frank
          • DeepLabCut
          • 論文4:Single-deletion-mutant, third-generation rabies viral vectors allow nontoxic retrograde targeting of projection neurons with greatly increased efficiency
          • 論文5:Circuit-Specific Targeting of Astrocytes for Genetic Control
          • 論文6:Engineered virus-like particles for efficient in vivo delivery of therapeutic proteins (eはEnhancedじゃなくてEngineeredでしたね…)
          • Editorial Notes:

            • 海馬以外の論文もちゃんと読まねば。。。(宮脇)
            • 最近、職場の解析用PCを3070Tiで組みました。この辺がコスパ的にスイートスポットかなと(萩原)

            • 2 hr 23 min
            • #33 Reviewing the Art of Review

              生活立ち上げPart 2、研究所システムの便利なところと融通が利かないところ、意外と良いアメリカの飲み物事情。後半はeLifeでの査読体験と実験医学の『査読の技法』をネタにPeer Reviewのやり方について雑談(2/12収録)

              Show notes:

              雑談編

              • トーラス論文がパブリッシュ
              • ↑について話したEP2
              • CRACK論文
              • ↑について話したEP4
              • eVLP論文
              • ネットで空きを探す:基本はZillowでやりました
              • Wise (旧Transferwise):手軽かつ割と良いレートで送金できたりする
              • テイクアウト:米国でもTake Out、一部の地方(含ボストン)ではTo-go。英国ではTakeaway。イートインは for here
              • シンク:アメリカのシンクにはディスポーザル(生ごみ粉砕機)がついている
              • ソーラボ(Thorlabs) :DIY光学系のためのパーツを売る会社
              • アダム:最近Allenにジョインしたライトシート顕微鏡作成のスペシャリスト
              • Janeliaのハエを移す機械: Drosphilobot 
              • コーラゼロは国によって味が違う
              • Athletic BrewingのノンアルコールIPA
              • 先輩に買ってきてもらったビール
              • Stumptown
              • ↑のAce Hotel (NY) 店
              • Coffee County のオンラインショップ
              • ピアレビュー編

                • 今回話題にしたレビューの内容は公開され次第リンク貼ります
                • 査読の技法
                • 水島昇先生
                • Universal Principled Review
                • 中山敬一先生
                • 中山先生の本 (羊土社・実験医学じゃなくて秀潤社・細胞工学でした)
                • Paperpile:文献管理アプリ
                • 小宮山先生も
                • Natureが出してるReviewerファイル(supplementary peer review file) コレのTransparent peer reviewを参照の事
                • 萩原さんの去年の論文のpeer review file (pdf注意)
                • ORCID(Open Researcher and Contributor ID) 学術系出版物の著者のID
                • Editorial notes:

                  • 査読依頼が勝手に振り分けられて以来、迷惑メールフォルダを定期的にチェックするようになりました(宮脇)
                  • 『査読の技法』の内容紹介の正確性に関しては一切保証しません(笑)ので各自買って読んでください。ちなみに実験医学さんとのCOIはありません (萩原)
                  • 1 hr 50 min
                  • #32 Emotional intent of a PD soon-to-be a PI

                    CaltechのDavid Andersonラボのポスドクで、最近Johns Hopkinsの独立ポジションを確保された苅郷友美さん(@TomomiKarigo)にお越しいただき、これまでのキャリア、ビビッドなジョブハントの経験談、直近の論文の裏話などを伺いました(9/5収録)

                    Shote notes:

                    • 苅郷さん google scholarページ
                    • 岡良隆先生ラボHP
                    • David AndersonラボHP
                    • 2014年のLee et al.
                    • Dayu Lin 2011年の論文
                    • 苅郷さんのヒューマンフロンティア 
                    • 孤独になったら緑色に:Social Isolationでタキキニンが上がる、の論文 
                    • 苅郷さんのAndersonラボでの論文
                    • Remedios et al.
                    • アン・ケネディ
                    • NeuroRumblrのサイト
                    • ERC Starting Grant
                    • Johns Hopkins のNeuroscience Department
                    • Johns HopkinsのKennedy Krieger Institute
                    • University of Southern California のBiology Department, Neuroscience
                    • Pietro Perona ラボHP
                    • DavidとのMachine Vison系論文
                    • DavidとPietroコラボの新しいtracking & behavior classifier論文
                    • Doris Tsao (CaltechのHP, 最近バークレーに移動)
                    • 井上さんの同期
                    • Teaching Statement: 何を書くか、等はこちら(PDF)
                    • Diversity Statement: 差別や不平等に対する考え方・これまでの貢献など。書き方
                    • (その他就活関連のリソースへのリンクは番組HPに!)
                    • Deisserothの講習会 (註:ATGCと言ってしまいましたが、正しくはGTCAでした by まささん)
                    • カルテクのWriting Consulting Service: Hixon Writing Center
                    • 若い動物でplay behaviorが見られる
                    • Ann Kenedyの1stの論文 (3人co-first)
                    • PrabhatがファーストのeLIFEの論文 

                    • Editorial notes:

                      • これまで実験中にリスナーとして聞いていたNeuroRadioに、ゲストとして出演させていただけるとは。ありがとうございます!ホストのお二人、そしてゲストの井上夫妻に誘導していただき、楽しくあっという間の収録時間でした。
                      • 聞きなおしてみたら、間が多くて自分の日本語の不自由さに驚きましたw萩原さん&宮脇さん、研究をしながら、論文紹介にインタビューに編集にと、すごいとしか言いようがありません。近いうちにお会いできますように!北米オフ会とかできたら楽しそう。
                        Karigo Lab、2022年4月よりJohns Hopkins Medical school, Neuroscience department & Kennedy Krieger Institute にて始動します。Social behavior、Development、Brain-body interaction、研究留学に興味のある方、karigo[at]caltech.eduまでご連絡ください!(苅郷)
                      • オフ会いいですね〜!パンデミック落ち着いたあたりのSfNか日本神経科学会でしょうか。リスナーさんも呼んでワイワイしてみたい笑(宮脇)
                      • 公開まで時間がかかってしまい申し訳無いです。完全に僕のテンパりによるものです汗(萩原)
                      • 二度目にお邪魔しちゃいました(笑)苅郷さんがポスドクからアメリカに来た人向けに如何に最新のアメリカjob marketに対応すれば良いかを一から教えてくれてます。正座して聞く価値あります!(まさ)
                      • 乱入させて頂いちゃいました(笑)。アメリカでジョブハントを始めるにあたり、大事なことが沢山聞けて本当にためになりました。少しでもアメリカでジョブサーチする可能性のある方は、なるべく早く苅郷さんの教えを実行すると良いと思います!(後悔中)(さやか)
                      • 3 hr 11 min
                      • #31 New moves, new variants

                        大陸をまたいでの2人収録。オミクロン株が蔓延する中での新生活セットアップ、Allen Institute for Neural Dynamicsの第一印象など。後半では、最近神経科学界隈で話題のウイルスの新規変異(AAV.CAP-B10)や弱毒ワクチン(YFV-17D)について(1/4収録)

                        Shownotes:

                        • モニュメントバレー
                        • ボストン近郊のスキー場
                        • 大学の不動産
                        • レイク:Lake Union
                        • Social Security Number:マイナンバーのようなもの
                        • 全学でやっているポスドクのトレーニング(註:これは医学校だけでした)
                        • Uwajimaya:シアトルの日本食スーパー
                        • 一個目の論文
                        • CaltechのGradinaru
                        • Ben Deverman
                        • PHP.BとかPHP.eB とか
                        • PHP.eBの感染にはLy6aというタンパク質が必要 その1その2
                        • CLOVER
                        • Capsida Biotherapeutics
                        • Paul H Patterson
                        • マーモセットでやる:最近出てました
                        • Organ-on-chip:例えばこういう論文
                        • WyssのBBBを通す抗体をスクリーニングする試み
                        • Don Ingber
                        • 二個目の論文
                        • Wei Xu
                        • John Shoggins
                        • Sudof
                        • 野口英世の生涯
                        • Max Theiler
                        • Supplementary FiguresがExtended dataとは別にありました。CMEはStarter cellへの感染に必要なのではなく"Transneuronalな感染に必要"なのですね、誤読失礼しました(訂正)
                        • HSVのH129
                        • AAV1でのAnterograde tracing
                        • Pseudotyped vesicular stomatitis virus
                        • AAV2retroの経路依存性 これのTable S2
                        • Sudof研にいた頃の( プレシナプスでのリリースを見た)仕事
                        • AAVの(ゲノムへの)組み込み:犬で10年追った知見
                        • AAVは4.7kbがパッケージング限界
                        • センダイウイルスは今
                        • ボブダッタのCOVID関連の仕事
                        • 北村さん
                        • Editorial Notes:

                          • AAVの指向進化はvivoでやるファージディスプレイって感じで面白いですね。AAVのタンパク質がvirus like particleにそのまま適用可能なのか気になりますね〜(宮脇)
                          • 仕事は文句なくexcitingになると思うのですが、メリケン生活はどうでしょう...不安です。 (萩原)
                          • 2 hr 44 min
                          • #30 Being a technologist at 10x

                            初のインダストリーからのゲスト。Wyss Institute から 10x Genomics に就職された佐々木浩さん(@popeetheclown)にお越しいただき、アカデミアとインダストリーの研究スタイルや自由の違い、海外就活の詳細なタイムラインと勘所、インダストリー研究ならではの醍醐味について伺いました(11/22 収録)

                            Shownotes:

                            • 佐々木浩さん
                            • 10x Genomics
                            • Wyss Institute HP
                            • 泊研HP
                            • RISCの形成過程再構成&一分子イメージングのお仕事 論文 筆頭著者レビュー
                            • aaRS(PheRS)に関する構造生物学のお仕事
                            • DNA-PAINTの簡単な説明
                            • ぽん(Peng Yin)ラボHP
                            • DECODE-PAINTのお仕事(講演アブスト)
                            • 兵庫県立大学の吉久先生
                            • 日本RNA学会
                            • 上海科技大学の多田隈さん
                            • DNA Origami 2006の論文
                            • University of Washington の Brianラボ
                            • アカデミアとインダストリーの自由度について、 HarvardのテニュアからGoogleに行ったMatt Welsh氏のブログポスト
                            • 10xが進めているin situプロダクトの情報
                            • 10xのファウンダー:Serge Saxonov と Ben Hindson
                            • 最初のプロダクト(Chromium)
                            • Swedenにあった会社(Spatial Transcriptomics, Cartana) (10xはスウェーデンのスタートアップを2社買収していて、Spatial Transcriptomics -> Visium、Cartana -> New in situ platformというようになっています by 佐々木さん)
                            • David Hoffman
                            • Eric Betzig 超解像で2014年ノーベル賞
                            • David HoffmanのScienceの仕事
                            • Wyss時代に隣のラボにいた友達で、現在の同僚  Eswar Iyer
                            • 元々はTwitterで出会って仲良くなった友達 Sizun Jiang
                            • 10xでの直属の上司 Justin Costa
                            • Ting Wu
                            • Josie (Kishi)
                            • ストックオプション:会社の株式をあらかじめ定めた価格で将来取得する権利
                            • IPO:会社の株を初めて誰にでも取引できるようにすること
                            • 10x Genomicsのジョブオープニング
                            • Neuralinkのホワイトペーパー
                            • Melissa Moore@Moderna
                            • Melissa Mooreによるレクチャー(をまとめた記事)
                            • Editorial Notes:

                              • Wyssのスローガンの一つに “Breakthrough discoveries cannot change the world if they do not leave the lab” というのがありますが、こういうことなんだな~と腹落ちした回でした (宮脇)
                              • 録音チェックのために改めて聞き直すと、宮脇さん良い声だな……と思いました(佐々木)
                              • 自分のいない収録音源を編集するのは、いちリスナーとして新鮮に聴けてよかったです(萩原)
                              • 2 hr
                              • #29 Plasticity in engram/research-interest Part. 2

                                Part. 1に続きDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro)にお越しいただき、直近のNature Genetics論文の裏話と、今後行うEngram関連のプロジェクトについて伺いました(11/4収録)

                                Shownotes:

                                • 1st著者Bipartite 論文 Kitazawa et al., Nat Genet 2021
                                • バレレットの発生について1st 著者としての総説 Kitazawa et al., Curr Opin Neurobiol 2018
                                • 最初期遺伝子、Immediate early gene (IEG)
                                • ニューロ、エピジェネティクス、クロマチンについて総説たち 1 2
                                • ChIPseq、抗体を使って特定のタンパク質と相互作用のあるゲノム領域を同定
                                • H3K4me2= パーミッシブにアクティブなマーク
                                • H3K27ac=強く転写アクティブ
                                • H3K27me3=ポリコーム (Polycomb) 依存の抑制性マーク
                                • ATACseq、トランスポゼースを使ってオープンなクロマチンの存在するゲノム領域を同定
                                • 今までよく言われていたポリコーム・バイバレント(bivalent)→H3K27me3とH3K4meの共存
                                • 今回発見したポリコーム・バイパタイト(bipartite)→IEGのプロモーターがH3K27acでアクティブ、ジーンボディーがH3K27me3抑制性
                                • クラウンチングスタートのFMIプレスリリース
                                • JST創発的研究支援事業、破壊的イノベーション?
                                • エングラム細胞のシステムスコンソリデーション中のステートシフトの論文、レビュー 1 2
                                • リアルエングラム仮説についてレビュー、ジョセリン&利根川
                                • 再活性化されてこそエングラムという前提でのレビュー、ジェノミクスの観点から
                                • BICCN回はこちら
                                • 投射細胞発生に関してジャボドンBioRxiv、最近Natureに出ましたね。リバイス3年半。。。
                                • ムルシックフローゲルのV1投射論文
                                • キャロッサル:対側投射
                                • IEGのヘテロ性に関して、例えばこれ
                                • ヌタウナギのエンブリオの研究ができるのは世界中でRIKEN倉谷研究室だけ。参考文献 1 2 3 4
                                • エピジェネティックな記憶とかDavid Allisのレビュー
                                • グリーンバーグのYap et al., Neuron 2018 レビュー
                                • Li Huei Tsaiのところのリーセント記憶エングラム・エピジェネティック論文
                                • HDAC2論文
                                • エンハンサーのモチーフ解析から転写因子を同定するアプローチ。FMIで開発したパイプライン
                                • Editorial notes:

                                  • うちでピザ食べながら録ったんですが、今後もin-person収録定期的にやっていきたいと思いました。ただ欠点もあって、近くにマイク2本立てた事によるカブりの処理に一苦労。指向性高めのマイクじゃないと厳しいな...買うか(萩原)
                                  • 休憩でピザ食べ過ぎて苦しかったぜ。しゃべり続けるのって大変なのね。 (北沢)
                                  • スイスピザ美味しそう。。Part 1聞いてる時はまさかここまでエングラムの話題になるとは想像していませんでした(1リスナー並感)。in-person収録やってみたいですね〜 (宮脇)
                                  • 1 hr 33 min
                                  • #28 Plasticity in engram/research-interest Part. 1

                                    デンマーク・オーフス大のDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro, 現FMI Rijliラボ)をゲストに、これまでのキャリア・興味の変遷、FMI、ヨーロッパでの就活などなどについて話しました。(11/4収録 * 初のin-person収録ということで宮脇はお休み)

                                    Shownotes:

                                    • 北沢ラボ(2022夏open予定、現在メンバー募集中)@DANDRITEのHP
                                    • Aarhus大学DANDRITE (#20/21 米原さん回も参照)
                                    • Nordic-EMBL
                                    • EMBL
                                    • 長野県の松本深志
                                    • 東大医のPhD-MDコース
                                    • 栗原裕基教授
                                    • Single-cell レベルでChIPseqできるCut&Run
                                    • Hoxa2論文(Kitazawa et al., Developmental Biology, 2015)
                                    • 鼓膜進化論文(Kitazawa et al., Nature Comm, 2015) 鼓膜論文、結局内容についてちゃんと話してなかったです汗。哺乳類(=マウス)と双弓類(爬虫類・鳥類=ニワトリ)でEdn1-Dlx5/6経路を阻害して下顎→上顎ホメオティック変異を起こさせると、マウスでは鼓膜が消失するのに対してニワトリでは鼓膜の重複が起きる。これは鼓膜の発生が全く異なる発生機構の下流にあることを示し、鼓膜の収斂進化の実験的証拠となった。理研のプレスリリースがとても分かりやすい。(北沢注)
                                    • あと、日経サイエンス(Scientific American日本語版)2015年8月号でも特集されました。他にも結構新聞で取り上げられたなー(北沢注)
                                    • 神戸理研 倉谷滋先生
                                    • 怪獣生物学
                                    • 動物進化形態学 初版(2004年) 新版(2017年) 2004年Verに鼓膜は課題として述べられていて、2017年Verで僕のアンサーがアップデートされています! (北沢注)
                                    • Gauppの論文の例  Arch. Anat. Physiol. Suppl. 1, 416 (1912).
                                    • Filippo Rijli
                                    • Maryline Minoux et al., Science, 2017
                                    • ChIPmentationのNat Methodsペーパー
                                    • FMIのSAB (Scientific Advisory Board)
                                    • ERC: EU+αのグラント。PIがステージ(Starting/Consolidator/Advanced)に応じて取るprestigiousな研究費。(日本で言うとさきがけ〜CRESTに相当だが額は倍くらいある)
                                    • コンディショナルオファー: 独立するためのお金を外部から取ってきたらスペースはあげるよ、というタイプのジョブオファー。一方のオープンポジションはオファーが出たらラボを立ち上げるための資金(スタートアップ)は基本的にもらえる。
                                    • えくせれんつぁ: スイスSfNの独立用グラント Eccellenza(1,000,000CHF=1億2000万くらい)
                                    • えみーねたー: ドイツDFGの独立用グラント Emmy Norther 
                                    • *RO1に関する言及はテキトーだと思うので注意。
                                    • Editorial notes:

                                      • 出だしで北沢さんが敬語なのがおもろい。Part1では神経科学的な内容をほぼしてませんが、Part2では多少します! (萩原)
                                      • 対面でしゃべっていると段々砕けていって、ちょいちょいフランクすぎる感じになってしまったかも。こういう収録は初めてでしたが、自分の語り段取りの悪さや言葉足らずな点が目立ちますね、難しい!(北沢)
                                      • 今回の自分のcontributionはshownotes作りを5%やった程度ですw (宮脇)
                                      • 2 hr 27 min
                                      • #27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscience

                                        BICCNのNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました(10/10収録)

                                        Shownotes:

                                        • 10/20 に出る実験医学
                                        • Mesoscale Connectomeの仕事
                                        • Allen Institute for Brain Science
                                        • Allen Institute for Neural Dynamics
                                        • Tasic 2016
                                        • Tasic 2018
                                        • BICCNのサイトに載っている分かり易い対応図(このページの下の方)
                                        • BICCNやってる人たち一覧
                                        • 17報の論文:並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変

                                          1. Flagship paper:Motor cortexの論文群をまとめたやつ。
                                          2. Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel の仕事。マウスのトランスクリプームとエピゲノムをそれぞれ50万以上の細胞から取ってきて、SCFまたはLIGERっていう手法で対応付け
                                          3. AllenのEd Leinの論文ではマウスだけじゃなくてマーモセットとヒトに対してもやっている
                                          4. SalkのEckerのとこからは、マウスのDNAメチレーションについて。モーターコルテックスに限らず海馬、線条体、基底核、嗅球から。
                                          5. UCSDのBing Renのところから↑と同じサンプルでsnATAC-seq
                                          6. シャオウェイのところから、マウスMotor cortexのMERFISH
                                          7. BaylorのToliasとTubingenのBerensのマウス運動野のpatch-seq
                                          8. Leinのところではヒトからもpatch-seq。患者さん由来の90個のサンプル(主に側頭葉の一部)
                                          9. CSHL総出のCellular anatomy of the mouse primary motor cortex。マウス MOp-ulについて、細胞種特異的なCreマウスを用いつつ、バルクで順行性-逆行性ラベル、fMOSTで全脳スケールでのトレーシング。 バルクじゃなくてスパースラベリングも。
                                          10. HongkuiのところからSparse labellingとfMOSTを用いたsingle cell tracing. これはMotor cortexだけじゃなくてcortex, claustrum, thalamus, striatumから。
                                          11. SalkのCallawayとEckerのコラボで、逆行性トレーシング&メチローム:Epi-retro-seq
                                          12. CSHLのJosh Huang 皮質の興奮性ニューロンをgenetic dissectionするための新しいCre/Flpマウスラインを作ったよというお話
                                          13. カルテクのPachterがSMART-seqでフルレングスのmRNAを読んで細胞種ごとのIsoformを見ようと。
                                          14. UCLAのHong-Wei Dong、The mouse cortico–basal ganglia–thalamic network:大脳皮質ー基底核ループについてメゾスケールでのトレーシング。皮質-視床のループが6つのサブネットワークに分かれる
                                          15. UCSFのKriegsteinが胎生期のヒト脳scRNA-seqとISHで皮質の色んな領域の比較
                                          16. UCSFのNowakowskiは胎生期のヒトの脳からscATAC-seq
                                          17. BroadのMacoskoのラボがアダルトマウスとヒト死後脳の小脳のsnRNA-seqを合わせてきた

                                          18. Editorial note:

                                            • 10年後には神経科学はどうなってるんだろうなあ、と考えさせられるいい機会だったように思います。(萩原)
                                            • Cell-typeとはなんぞやといったことやvivo生理記録との対応について扱った第4回、Spatial Transcriptomeについて扱った第5回も聴いて頂けると嬉しいです。今回は上っ面をさらっただけですが、精読した上での輪読会が10/31 13-18時で行われるみたいですね。(宮脇)
                                            • 2 hr 40 min
                                            • #26 Poor is the pupil who does not surpass his master – Part 4

                                              五十嵐さん回その4。収録終了後の雑談からオムニバス的に編集。最近の海馬でのSpatial+α表象の仕事についての見解、リバッタルでのレビュワーとのやり取り、新メンバーのテーマ設定、などなど(8/31+9/1収録)。

                                              Shownotes:

                                              • Eichenbaumが2000年くらいに言ってたこと(Neuron)
                                              • あのEvidenceの論文
                                              • Aronovの仕事
                                              • Saltzmanの論文
                                              • Wallisの論文
                                              • Shoenbaumの論文
                                              • Peter Stern (Scienceのページ、工事中…?) https://www.science.org/author/peter-stern?page=2
                                              • Moserラボ出身のNNエディター、Dave(現在Nature本誌のエディター)
                                              • Grid cellのramapping/realignmentについて詳しくはこちら
                                              • 森先生のカップラーメンの賞(2007年度 安藤百福賞)
                                              • 五十嵐さんのカップラーメンの賞 (同上、2017年度)
                                              • Miura et al., 
                                              • Cury and Uchida
                                              • 色々つっこむかも
                                              • 河野大臣に拾われ:科研費の枠の件とか
                                              • Editorial notes:

                                                • たくさん話していただけただけでなく、過去エピソードをすごくしっかり聴いていただけていた面倒見の良さが印象的でした。五十嵐さん改めてこのたびはありがとうございました!(宮脇)
                                                • 今回、お世話になったみなさんをできるだけ多く登場させようとたくらんだのですが、第14-15回の井上(駒野)さやかさんを登場させ忘れたので、ここで少し。彼女は森研時代、僕の真向かいの席に座っていたのですが、昼食後いつも僕の目の前で、デスクに突っ伏してお昼寝していました。なんて肝っ玉のでかい学生さんが来たんだろうと思ってましたが、その後のご活躍はご存じの通りです。変わった学生さんを伸ばす教育が重要だということですね。僕は森先生にみられるのを気にする小心者だったので、実験に疲れると、機械室(という謎の部屋があった)に院生たちでこっそりしつらえたソファベッドで仮眠をとっていました。あの教育棟7階の仮眠室、いまはどうやって使われてるんだろうな~。(五十嵐)
                                                • これまでで一番大変だった奥山回をはるかに超える音声編集作業量でしたw 宮脇さんもshownoteお疲れ様です〜。そして企画段階・収録後に到るまで時間と労力を注いでくれた五十嵐さんに改めて感謝です。なお大木研はサーバ室に公式ベッドがあって、夜イメージングの間に寝るのが常でした。教育棟7階(左、旧森研とは逆なはず)に移ってからもあるのかな?(萩原)
                                                • 28 min

                                                About NeuroRadio

                                                From the publisher's feed

                                                米国シアトル・ボストン在住の神経科学者2人によるポッドキャスト。

                                                More shows like NeuroRadio

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                                                バイリンガルニュース (Bilingual News)

                                                226 Listeners

                                                ラジレキ 〜思わずシェアしたくなる歴史の話〜 by ラジレキ(ラジオ歴史小話)

                                                ラジレキ 〜思わずシェアしたくなる歴史の話〜

                                                6 Listeners

                                                Off Topic // オフトピック by Off Topic

                                                Off Topic // オフトピック

                                                16 Listeners

                                                歴史を面白く学ぶコテンラジオ (COTEN RADIO) by COTEN inc.

                                                歴史を面白く学ぶコテンラジオ (COTEN RADIO)

                                                245 Listeners

                                                ニュースを深く面白く 報談 【HOU-DAN】 ホウダン by 朝日新聞ポッドキャスト

                                                ニュースを深く面白く 報談 【HOU-DAN】 ホウダン

                                                8 Listeners

                                                ゆる言語学ラジオ by Yuru Gengogaku Radio

                                                ゆる言語学ラジオ

                                                64 Listeners

                                                サイエントーク by レンとエマ

                                                サイエントーク

                                                5 Listeners

                                                ゆるコンピュータ科学ラジオ by ゆるコンピュータ科学ラジオ

                                                ゆるコンピュータ科学ラジオ

                                                22 Listeners

                                                あんまり役に立たない日本史 by TRIPLEONE

                                                あんまり役に立たない日本史

                                                32 Listeners

                                                News Connect あなたと経済をつなぐ5分間 #ニュースコネクト by Chronicle

                                                News Connect あなたと経済をつなぐ5分間 #ニュースコネクト

                                                20 Listeners

                                                ゆる民俗学ラジオ by Yuru Minzokugaku Radio

                                                ゆる民俗学ラジオ

                                                5 Listeners

                                                東京ビジネスハブ by TBS RADIO

                                                東京ビジネスハブ

                                                1 Listeners

                                                ゆる哲学ラジオ by ゆる哲学ラジオ

                                                ゆる哲学ラジオ

                                                5 Listeners