Ancien soldat de la Coloniale, Ali Saïbou est reversé dans l'armée nigérienne peu après l'indépendance du pays. En avril 1974, il participe au coup d'État mené par Seyni Kountché contre le président en place Hamani Diori. Kountché arrivé au pouvoir, Saïbou est nommé ministre de l'Économie rurale et devient chef d'état-major général, deux ans plus tard. Homme de confiance du régime ayant la sympathie des populations rurales, il est pressenti comme le successeur de Kountché.