جرى الافتتاح الرسمي للمتحف عام 1997، ويعد المتحف اليهودي باكورة أعمال مؤسسة التراث اليهودي المغربي، وهي مبادرة خاصة أطلقها مجلس الطائفة اليهودية في المغرب بدعم من الحكومة المغربية للتعريف بثقافة اليهود المغاربة.