本期节目，和上海睿璟生物的CTO石涵博士，一起聊一聊人工智能在医学遗传中的应用。我们讨论了AI agent用于ACMG突变解读的自动化；基因组语言模型应用于突变致病性的预测；以及甲基化分子分型在肿瘤遗传中的应用。

03:39 AI agent用于ACMG突变解读

07:25 AI agent的成本控制

12:20 全新的基于贝叶斯推理模型的ACMG框架

16:57 基因组语言模型应用于突变致病性的预测

20:30 甲基化分子分型在肿瘤遗传中的应用

ACMG guideline 4.0：https://clinicalgenome.org/tools/clingen-summer-workshop-series-2023/sept-15-2023/

基因组语言模型：

GPN（基因组预训练网络）：https://hub.baai.ac.cn/view/20211

HyenaDNA：https://hazyresearch.stanford.edu/blog/2023-06-29-hyena-dna

Evo genetic foundation model：https://arcinstitute.org/tools/evo

脑肿瘤甲基化分子分型模型Sturgeon：10.1038/s41586-023-06615-2

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朋友们圣诞快乐~

今天跟大家分享一下我个人的学术年终总结，以及在学术工作过程中的一些小故事和心得体会，希望和大家一起学习，成长，未来能和朋友们在学术和转化方向多多合作~

其中提到的生信、变成入门学习资料：

Introduction to statistical learning：https://www.statlearning.com/

Introduction to python: https://www.edx.org/learn/python/harvard-university-cs50-s-introduction-to-programming-with-python

linux入门：www.ehbio.com

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本期节目，我们请到了来自清华大学智能产业研究院的贾寅君，一起聊一聊人工智能（AI）如何助力小分子药物筛选，并学习了他最新的工作DrugCLIP，一个微秒级别的小分子药物虚拟筛选工具。应用DrugCLIP，他们完成了首个基因组级别药物虚拟筛选工程，为药物发现从单靶点时代迈向基因组时代奠定了基础。

00:42 寅君弃医从研的心路历程

02:42 清华大学智能产业研究院

03:40 DrugCLIP工作的缘起

05:23 DrugCLIP的主要功能和核心算法

16:47 全基因组级别药物筛选

18:45 大家如何使用DrugCLIP进行药物筛选

24:35 AI+小分子药物筛选的展望

预印本论文：Deep contrastive learning enables genome-wide virtual screening https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.02.610777v2

基因组级别虚拟筛选数据库：https://drug-the-whole-genome.yanyanlan.com/

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本期节目，我们请到了来自美国贝勒医学院人类基因组测序中心的郑欣畅博士，一起聊一聊三代测序在基因组结构变异分析中的重要作用，并介绍他们团队最新的工作STIX：结构变异注释工具。

01:48 郑欣畅博士在中国科学院北京基因组所的一些工作

06:29 结构变异研究的重要科学问题：如何准确计算人群频率？

09:25 STIX软件的开发

13:57 使用long-read数据对STIX进行升级

20:14 大家应该如何使用STIX工具注释自己的结构变异

国家生物信息中心数据库概览：https://www.cncb.ac.cn/

STIX preprint paper：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.30.615931v1

STIX API：https://github.com/zhengxinchang/stix_web_frontend

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本期节目，我们请到了Genetics in Medicine（GIM) open杂志的主编，来自美国贝勒医学院的袁博教授一起聊一聊GIM open杂志创办的缘起，杂志运行的日常，以及对作者的一些建议，欢迎大家多多投稿！同时，我们也交流了袁博教授在贝勒医学院人类基因组测序中心的工作方向以及对于医学遗传学新技术及人工智能应用的愿景~

00:41 GIM open杂志创办的缘起

04:15 杂志运行的日常

13:40 对作者的一些建议

18:25 贝勒医学院人类基因组测序中心

25:10 AI+遗传咨询

GIM open杂志: https://www.gimopen.org/

American College of Medical Genetics (ACMG): https://www.acmg.net/

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本周跟大家分享一篇新鲜出炉的文献：

Fair, B. et al. Global impact of unproductive splicing on human gene expression. Nat. Genet. 1–11 (2024) doi:10.1038/s41588-024-01872-x.

来自芝加哥大学的研究团队通过最新的nascent RNA-seq（naRNAseq）技术，定量分析了mRNA剪切这个重要生物学过程的“良品率”到底有多高，mRNA剪切的失误对基因表达有何影响，是否可以作为潜在药物靶点~

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本期节目，和来自美国爱因斯坦医学院的宫昌林（Charlie）博士，一起聊一聊在美国做内科住院医生的轮转计划，工作安排，以及职业发展轨迹~

00:28 考U和match经验分享

04:10 内科住院医师轮转安排

06:12 内科住院医师标准的一天生活

17:55 work life balance

19:05 医生职业发展轨迹

23:22 科研对于职业发展的重要性

25:29 不同类型医院的职业发展

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很多生物医药人儿都会考虑毕业之后从学术界跨入业界，但是因为信息不对称感到迷茫。

本期节目，和高手咨询的创始人高举先生，跟大家一起聊一聊从学术界向业界转型的方法论和注意事项。

1:00 业界可能的职业选择

03:21 如何获取职位信息

12:58 应该提前做哪些准备？

17:07 从象牙塔迈入职场的适应

22:10 职业发展路径

25:04 跳槽与工作变动，裁员

如果需要与猎头联系，欢迎联系高举先生微信GaoshouWill

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本期节目，我们请到了来自美国西北大学的赵恒强博士，一起探讨三维基因组的测序方法的由来，对于临床诊断和治疗的潜在应用，以及未来的发展方向。

01:38 什么是三维基因组？

04:50 什么是Hi-C技术

09:10 如何优化三维基因组分析的运算量

10:30 三维基因组的下游分析：染色体疆域；AB compartment；拓扑结构域（TAD）；染色质环（enhancer-promoter相互作用）

14:48 三维基因组在医学遗传中的应用

18:50 三维基因组在治疗中的应用

20:13 能否通过人工智能预测三维基因组结构

23:36 恒强实验室的最新研究进展

TAD：拓扑结构域（英语：Topological domains）或称为拓扑相关结构域（Topologically associating domains，简称TAD）是染色质亚结构的学术名称

Hi-C技术：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22652625/

从epigenetic数据直接预测三维基因组图谱的工具：

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本期节目，和来自美国贝勒医学院的遗传咨询师Nhi Ho，一起聊聊如何在美国成为遗传咨询师，及这个行业的现状和未来~

随着遗传咨询培训项目以及就业岗位的迅速发展，遗传咨询在中美都是非常有前景的职业发展选择！

00:51 What is genetic counseling?

04:52 Genetic counseling training programs

07:58 Certification exam

14:32 Requirement to apply for genetic counseling training programs

19:22 Working on research and clinical sides of genetic counseling

21:28 What makes a good genetic counselor

23:29 New technologies and AI in genetic counseling

Baylor College of Medicine Genetic Counseling Program：https://www.bcm.edu/education/school-of-health-professions/genetic-counseling-program

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